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2023 Fiscal Year Annual Research Report

単細胞生物の複雑性:有孔虫サブシングルセル遺伝子発現と超微細構造解析で迫る

Research Project

Project/Area Number 21H01202
Research InstitutionJapan Agency for Marine-Earth Science and Technology

Principal Investigator

野牧 秀隆  国立研究開発法人海洋研究開発機構, 超先鋭研究開発部門(超先鋭研究開発プログラム), 上席研究員 (90435834)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) HUSNIK Filip  沖縄科学技術大学院大学, 進化・細胞・共生の生物学ユニット, 准教授 (30886130)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords真核単細胞生物 / 細胞内機能分化 / 細胞小器官 / 遺伝子発現解析
Outline of Annual Research Achievements

2023年度は、2021-2022年に相模湾深海底で採取、各種用途に固定した有孔虫と、浅海で採取した有孔虫種のRNA解析、MXCT、TEM観察を行った。また、これらに加え、共同研究者とともに有孔虫細胞を凍結固定しSEM-EDS解析を行うことで、有孔虫細胞の房室ごとにどのような細胞小器官があり、その中にどのような元素(可溶成分を含む)が局在しているのかについても解析を行った。
TEM観察では、典型的な石灰質の多室有孔虫とは異なる磁器質殻をもつ多室有孔虫について解析し、細胞質に明確な区切りがなく、細胞小器官の局在の様子も限定的であるなど、多室化の程度が大きく異なることが示された。
Cryo-SEM-EDS解析の結果、特定の種の初室においてのみ存在する液胞様構造ではNaが枯渇しKが局在していること、TEM観察では観察できなかった細胞小器官の分布にも房室ごとの偏在の様子が確認でき、細胞内での細胞小器官局在、元素の局在を複数の有孔虫種で明らかにすることができた。さらに、これらの有孔虫のゲノム解析から上記の細胞内で偏在する細胞小器官についてその機能を推定し、これらの結果について複数の論文にまとめて投稿中、投稿準備中である。
さらに、超大型単細胞生物であるXenophyophoreの細胞構造、細胞小器官局在、細胞内元素マッピング、遺伝子解析も行い、生息場により非常に多様な種組成と細胞構造を持つこと、細胞質の様子も細胞部位ごとに異なることなどを明らかにし、これらの結果について複数の論文にまとめて投稿準備中である。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 5 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results)

  • [Int'l Joint Research] ハンブルグ大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ハンブルグ大学
  • [Int'l Joint Research] マルケ工科大学(イタリア)

    • Country Name
      ITALY
    • Counterpart Institution
      マルケ工科大学
  • [Int'l Joint Research] ヘルシンキ大学(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      ヘルシンキ大学
  • [Int'l Joint Research] 国立海洋研究所(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      国立海洋研究所
  • [Journal Article] Fungal Abundance and Diversity in the Mariana Trench, the Deepest Ecosystem on Earth2024

    • Author(s)
      Varrella Stefano、Barone Giulio、Corinaldesi Cinzia、Giorgetti Alessio、Nomaki Hidetaka、Nunoura Takuro、Rastelli Eugenio、Tangherlini Michael、Danovaro Roberto、Dell’Anno Antonio
    • Journal Title

      Journal of Fungi

      Volume: 10 Pages: -

    • DOI

      10.3390/jof10010073

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Rapid Freezing and Cryo-SEM?EDS Imaging of Foraminifera (Unicellular Eukaryotes) Using a Conductive Viscous Cryogenic Glue2024

    • Author(s)
      Okada Satoshi、Richirt Julien、Tame Akihiro、Nomaki Hidetaka
    • Journal Title

      Microscopy and Microanalysis

      Volume: ozae026 Pages: -

    • DOI

      10.1093/mam/ozae026

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Composite calcite and opal test in Foraminifera (Rhizaria)2024

    • Author(s)
      Richirt J, Okada S, Ishitani Y, Uematsu K, Tame A, Oda K, Isobe N, Ishimura T, Tsuchiya M, Nomaki H
    • Journal Title

      EGUsphere

      Volume: egusphere-2024-60 Pages: -

    • DOI

      10.5194/egusphere-2024-60

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A deep-learning automated image recognition method for measuring pore patterns in closely related bolivinids and calibration for quantitative nitrate paleo-reconstructions2023

    • Author(s)
      Govindankutty Menon Anjaly、Davis Catherine V.、N?rnberg Dirk、Nomaki Hidetaka、Salonen Iines、Schmiedl Gerhard、Glock Nicolaas
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41598-023-46605-y

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] A deep abyssal natural wood fall in the Northwestern Pacific and its associated fauna2023

    • Author(s)
      Chen Chong、Isobe Noriyuki、Nomaki Hidetaka
    • Journal Title

      Marine Biology Research

      Volume: 19 Pages: 556~563

    • DOI

      10.1080/17451000.2023.2291579

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Abundant chitinous structures in cytoplasm of Chilostomella and their potential functions2024

    • Author(s)
      Nomaki H, Chen C, Oda K, Tsuchiya M, Tame A, Uematsu K, Salonen IS, Isobe N
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Correlative analyses of cellular structures and elemental distribution of soluble compounds: Cryo-SEM imaging coupled to EDS elemental mapping in the denitrifying species Bolivina spissa2024

    • Author(s)
      Richirt J, Okada S, Glock N, Ishitani Y, Nomaki H
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Pore detection of denitrifying benthic foraminifera Bolivina spissa through automated image analysis technique2024

    • Author(s)
      Menon AG, Davis CV, Numberg D, Nomaki H, Salonen IS, Glock N
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Ubiquitous occurrence of phosphate storage in foraminifera: Another adaptation to anaerobic environments?2024

    • Author(s)
      Glock N, Nomaki H, Woehle C, Algar C, Kienast M, Menon AG, Mutzberg A, Rakshit S, Richirt J, Schmiedl G, Steiner Z, Zhang Z
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Vacuoles size and abundance in Foraminifera: new insight about their metabolic adaptation to low oxygen environments2024

    • Author(s)
      Richirt J, Matsuzaki T, Ishitani Y, Tame A, Oda K, Nomaki H
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Molecular insights into ecology and evolution of the deep-sea foraminifer Chilostomella ovoidea and its endobiotic plastid2024

    • Author(s)
      Salonen I, Husnik F, Naumova M, Ishitani Y, Richirt J, Nomaki H
    • Organizer
      FORAMS2023
    • Int'l Joint Research

URL: 

Published: 2024-12-25  

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