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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Molecular interactome on the regulation of lanthanide-dependent methylotrophy

Research Project

Project/Area Number 21H02105
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

谷 明生  岡山大学, 資源植物科学研究所, 准教授 (00335621)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
KeywordsMethylobacterium / ランタノイド / メタノール代謝
Outline of Annual Research Achievements

Methylobacterium属細菌は植物葉上の主要な共生細菌である。植物が放出するメタノールをメタノール脱水素酵素(MDH)で酸化して利用する。MDHにはカルシウム依存のMxaFとランタノイド(Ln)依存のXoxFの二種類が存在する。XoxFはLn存在下でのみ発現し活性化する、生物学上初めて見つかったLn依存酵素である。XoxFは幅広いグラム陰性細菌ゲノムにコードされ、メタノール資化能を付与することから、Lnは微生物における“見過ごされてきた重要元素”である。本属細菌においてLnに依存した遺伝子発現調節機構に関する遺伝学的情報は蓄積してきている。しかし、それら分子が生体内でどのように機能しているかという情報は断片的である。本研究では本属細菌をモデルとして、Lnの細胞内への取り込みからメタノール代謝系の遺伝子発現に至る過程について、それらの系を構成する分子間の相互作用に注目してtwo-hybrid法や近接標識法等を用いて解析し、機能未知な分子を含めた各分子の代謝系における位置・役割を特定し、メタノール代謝系のLnによる制御分子機構を明らかにすることを目的としている。
ペリプラズム内でランタノイドを結合して構造変化するランモジュリンタンパク質(LanM)について、詳細な生化学的検討を行った。LanMとLanM遺伝子近傍に存在するCaskinと名付けた遺伝子産物タンパク質とが相互作用することを見いだした。この相互作用はLn非存在下でのみ起こる。さらにMxaFの遺伝子発現に必要な二成分制御系のセンサーであるMxbDのリガンド結合ドメインとも結合することが分かった。このことからペリプラズムにおいてLn濃度に応じたタンパク質間の相互作用が存在し、そのシグナルがMDH遺伝子発現に関与していることが分かってきた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

MxbDM二成分制御系の欠失株はメタノール生育能を失うが、思いがけず生育を回復する変異株が多数得られ、そのゲノムリシーケンスの結果MxaFプロモーターに変異が見つかっている。予定とは異なる発見ではあるが、二成分制御系が関与するプロモーター領域の確定に結びついた。

Strategy for Future Research Activity

ペリプラズムで起こるLn認識と二成分制御系から細胞内へとシグナルが伝わる経路が見えてきたため、今後細胞内で制御タンパク質がMDH遺伝子プロモーターのどの部分に結合しMDH発現を制御するか今後解析する。

  • Research Products

    (15 results)

All 2022 2021

All Journal Article (2 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Open Access: 1 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Comprehensive Comparative Genomics and Phenotyping of Methylobacterium Species2021

    • Author(s)
      Alessa Ola、Ogura Yoshitoshi、Fujitani Yoshiko、Takami Hideto、Hayashi Tetsuya、Sahin Nurettin、Tani Akio
    • Journal Title

      Frontiers in Microbiology

      Volume: 12 Pages: 740610

    • DOI

      10.3389/fmicb.2021.740610

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Discovery of lanthanide-dependent methylotrophy and screening methods for lanthanide-dependent methylotrophs2021

    • Author(s)
      Tani Akio、Mitsui Ryoji、Nakagawa Tomoyuki
    • Journal Title

      Methods in Enzymology

      Volume: 650 Pages: 1~18

    • DOI

      10.1016/bs.mie.2021.01.031

  • [Presentation] Methylobacterium sp. OR01株におけるメタノール走化性に関わるMCPタンパク質の同定2022

    • Author(s)
      加地奏絵、川端和弥、片山志織、谷明生、由里本博也、阪井康能
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] 植物共生メチロトローフ細菌Methylorubrum extorquens AM1のランタノイドに応答したメタノールデヒドロゲナーゼXoxF1の発現調節機構の解析2022

    • Author(s)
      高橋 莉史、矢野 嵩典、中川 智行、谷 明生、三井 亮司
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] グラム陽性メチロトローフ細菌Arthrobacter sp. YM1のランタノイド依存的メタノール生育に関する研究2022

    • Author(s)
      森田 翔太、八木 茜、矢野 嵩典、谷 明生、中川 智行、阿野 嘉孝、三井 亮司
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Methylobacterium aquaticum 22A株におけるメタノール走化性の分子機構の解明2022

    • Author(s)
      菊池 志保、藤谷 良子、加藤 純一、谷 明生
    • Organizer
      日本農芸化学会2022年度大会
  • [Presentation] Functional analysis of siderophore in Methylobacterium aquaticum 22A.2021

    • Author(s)
      Patrick Juma, Ola Alessa, Yoshiko Fujitani, Tokitaka Oyama, Hiroya Yurimoto, Yasuyoshi Sakai, Akio Tani
    • Organizer
      Phyllosphere Fortnight 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Comparative genomics and phenotyping approach on Methylobacterium species.2021

    • Author(s)
      Alessa O., Ogura Y., Fujitani Y., Hayashi T., Sahin N., Tani A.
    • Organizer
      Phyllosphere Fortnight 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 植物表層共生細菌の生態と応用2021

    • Author(s)
      谷 明生
    • Organizer
      第2回生物刺激制御研究会
    • Invited
  • [Presentation] Comparative genomic analysis of the pink pigmented facultative methylotrophs (PPFMs)2021

    • Author(s)
      Ola Alessa, Yoshitoshi Ogura, Yoshiko Fujitani, Hideto Takami, Tetsuya Hayashi, Akio Tani
    • Organizer
      Galaxy online meeting
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] グラム陽性メチロトローフ細菌Arthrobacter sp. YM1の新規ランタノイド依存型メタノールデヒドロゲナーゼの精製と諸性質2021

    • Author(s)
      森田翔太, 任家宜, 谷明生, 中川智行, 阿野嘉孝, 矢野嵩典, 三井亮司
    • Organizer
      日本農芸化学会西日本・中四国・関西支部合同大会(第60回講演会)
  • [Presentation] Genomic insights into the PPFMs phylogeny and unique features2021

    • Author(s)
      Ola Alessa, Yoshitoshi Ogura, Yoshiko Fujitani, Hideto Takami, Tetsuya Hayashi, Nurettin Sahin, Akio Tani
    • Organizer
      日本農芸化学会西日本・中四国・関西支部合同大会(第60回講演会)
  • [Presentation] メチロバクテリウム属細菌におけるメタノール走化性の分子メカニズムの解明2021

    • Author(s)
      菊池志保, 藤谷良子,加藤純一, 谷明生
    • Organizer
      日本農芸化学会西日本・中四国・関西支部合同大会(第60回講演会)
  • [Presentation] 低栄養下におけるMethylorubrum属細菌のランタノイドによる生育促進応答に関する研究2021

    • Author(s)
      根本侑知,水野洸介,原田雄斗,岩本悟志,谷明生,三井亮司,島田昌也,早川享志,中川智行
    • Organizer
      日本生物工学会大会
  • [Presentation] メチロバクテリウムがシロイヌナズナの形質に及ぼす影響とその共生作用2021

    • Author(s)
      井内敦子,飯野隆夫,朝比奈雅志,谷明生,成川(奈良)恵,市橋泰範,大熊盛也,安部洋,小林正智
    • Organizer
      植物化学調節学会

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Published: 2023-12-25  

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