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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Structural analysis of the complex between Fd and Fd-dependent proteins considering their redox states strictly

Research Project

Project/Area Number 21H02417
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

栗栖 源嗣  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90294131)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords光合成 / 構造生物学 / 生物物理学 / 電子伝達複合体
Outline of Annual Research Achievements

光合成電子伝達は直鎖型と循環型の2種類の電子伝達経路が存在することが知られている。循環型の場合に光化学系Iから伝わったFdの還元力がチラコイド膜中のプラストキノン(PQ)に戻ってくるが、未だにその分子機構の詳細はわかっていない。我々は、チラコイド膜中のPQと電子伝達蛋白質プラストシアニン間の酸化還元反応を触媒するシトクロムb6f複合体に着目した。ホウレン草からb6f複合体を精製すると、ほぼ1対1の割合でFNRが結合してくる。b6f複合体に結合したFNRがFdからの電子を受け取り、PQを還元する電子伝達経路が強く示唆される状況にあった。そこで、ホウレン草由来FNRを大腸菌発現系をもちいて大量に調製し、b6f複合体に対して等温滴定熱測定を実施した。その結果、FNRの結合はb6f複合体の可溶化にもちいる界面活性剤(UDM)の影響を強く受けており、FNR自体がUDMの影響で一部変性している可能性が示唆された。今後、FNRとシトクロムb6f複合体の構造解析を行うためには、UDMを用いない精製法を確立し、FNRと十分に強く結合する条件を検討する必要があることがわかった。電子伝達に伴う機能的構造変化や、効率的な電子伝達機構を明らかにする目的で、好熱性シアノバクテリアPSIと電子受容体であるFdおよび電子供与体であるシトクロムc6(Cyt c6)を結合した三重複合体の構造解析に挑戦した。各電子伝達蛋白質の酸化還元状態に留意した試料調整を行い、PSI:Fd:Cyt c6の三重複合体のCryo-EM構造を1.97A分解能で構造解析することに成功した。側鎖の構造変化や,水分子を介した相互作用までも可視化することができ、特にPSIとFdとでITC測定を併用することで、複合体形成がエントロピー駆動型であることを明らかにすることができた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初,担当の大学院生(留学生)の来日がCOVID-19の影響で遅くなり,研究の進捗が心配されたが,現在は概ね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

緑藻クラミドモナス由来PSIとFdとの複合体構造解析については,現在,論文のリバイス中であり,論文発表は非常に現実的であると考えている。また,今後,[FeFe]-ヒドロゲナーゼの複合体構造解析においては,構造決定に成功した酸素耐性をもつ[FeFe]ヒドロゲナーゼ(論文投稿中)の不活化型を利用することも検討する。

  • Research Products

    (16 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Department of Biological Sciences/Purdue University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Department of Biological Sciences/Purdue University
  • [Int'l Joint Research] Department of Biotechnology and Biology/Ruhr University Bochum(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Department of Biotechnology and Biology/Ruhr University Bochum
  • [Int'l Joint Research] Department of Plant Biology/University of Muenster(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Department of Plant Biology/University of Muenster
  • [Int'l Joint Research] Korean Basic Science Institute(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      Korean Basic Science Institute
  • [Journal Article] Isothermal titration calorimetry of membrane protein interactions: FNR and the cytochrome b6f complex2022

    • Author(s)
      Zakharov Stanislav D.、Savikhin Sergei、Misumi Yuko、Kurisu Genji、Cramer William A.
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 121 Pages: 300~308

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2021.12.014

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Energy transfer fluctuation observed by single-molecule spectroscopy of red-shifted bacteriochlorophyll in the homodimeric photosynthetic reaction center2022

    • Author(s)
      Kondo Toru、Mutoh Risa、Arai Shun、Kurisu Genji、Oh-oka Hirozo、Fujiyoshi Satoru、Matsushita Michio
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 156 Pages: 105102~105102

    • DOI

      10.1063/5.0077290

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures of multisubunit membrane complexes with the CRYO ARM 2002022

    • Author(s)
      Gerle Christoph、Kishikawa Jun-ichi、Yamaguchi Tomoko、Nakanishi Atsuko、?oruh Orkun、Makino Fumiaki、Miyata Tomoko、Kawamoto Akihiro、Yokoyama Ken、Namba Keiichi、Kurisu Genji、Kato Takayuki
    • Journal Title

      Microscopy

      Volume: 71 Pages: 249~261

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfac037

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of cyanobacterial photosystem I complexed with ferredoxin at 1.97?? resolution2022

    • Author(s)
      Li Jiannan、Hamaoka Noriyuki、Makino Fumiaki、Kawamoto Akihiro、Lin Yuxi、R?gner Matthias、Nowaczyk Marc M.、Lee Young-Ho、Namba Keiichi、Gerle Christoph、Kurisu Genji
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: 951

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03926-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Crystal structure and reaction mechanism of a bacterial Mg‐dechelatase homolog from the Chloroflexi <i>Anaerolineae</i>2022

    • Author(s)
      Dey Debayan、Nishijima Masayoshi、Tanaka Ryouichi、Kurisu Genji、Tanaka Hideaki、Ito Hisashi
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 31 Pages: e4430

    • DOI

      10.1002/pro.4430

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Effects of Active-Center Reduction of Plant-Type Ferredoxin on Its Structure and Dynamics: Computational Analysis Using Molecular Dynamics Simulations2022

    • Author(s)
      Nakayoshi Tomoki、Ohnishi Yusuke、Tanaka Hideaki、Kurisu Genji、Kondo Hiroko X.、Takano Yu
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 23 Pages: 15913~15913

    • DOI

      10.3390/ijms232415913

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into blue-green light utilization by marine green algal light harvesting complex II at 2.78 ?2022

    • Author(s)
      Seki Soichiro、Nakaniwa Tetsuko、Castro-Hartmann Pablo、Sader Kasim、Kawamoto Akihiro、Tanaka Hideaki、Qian Pu、Kurisu Genji、Fujii Ritsuko
    • Journal Title

      BBA Advances

      Volume: 2 Pages: 100064~100064

    • DOI

      10.1016/j.bbadva.2022.100064

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] フェレドキシン NADP+ 還元酵素の中性子結晶構造解析2021

    • Author(s)
      上中みどり、大西裕介、田中秀明、栗栖源嗣
    • Organizer
      日本結晶学会
  • [Presentation] 珪藻Thalassiosira pseudonana由来ルビスコのX線結晶構造解析2021

    • Author(s)
      福澤大喜、東田怜、Hermanus Nawaly、森嶋菜摘、大久保亮佑、田中秀明、川本晃大、Christoph Gerle、松田祐介、栗栖源嗣
    • Organizer
      日本結晶学会
  • [Presentation] 光合成型複合体Iの高分解能構造解析を目指した高純度精製2021

    • Author(s)
      浜岡 紀之、三角 裕子、川本 晃大、田中 秀明、小沼 剛、池上 貴久、栗栖 源嗣
    • Organizer
      日本結晶学会
  • [Presentation] 緑藻クラミドモナス由来シトクロムb6f複合体のpH依存的活性調節機構の構造基盤2021

    • Author(s)
      田辺 初希、小澤 真一郎、川本 晃大、田中 秀明、高橋 裕一郎、栗栖 源嗣
    • Organizer
      日本結晶学会
  • [Remarks] 大阪大学蛋白質研究所蛋白質結晶学研究室

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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