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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Structural analysis of the complex between Fd and Fd-dependent proteins considering their redox states strictly

Research Project

Project/Area Number 21H02417
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

栗栖 源嗣  大阪大学, 蛋白質研究所, 教授 (90294131)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords構造生物学 / 光合成 / 電子伝達 / 金属タンパク質 / レドックス代謝
Outline of Annual Research Achievements

酸化還元状態の違いによるFdの構造変化は,たとえ小さな変化であっても複合体形成を考える上で非常に重大であるという考えに基づき,複合体構造解析実験を実施している。具体的には,i)緑藻型光化学系I複合体(PS1:LHC1)とGa置換Fdとの複合体構造解析を実施し,BBAに論文を投稿して掲載された。これは3種類の状態の違うPSIの構造を報告した論文であり,学術的意味が大きいと考えている。シアノバクテリア型光化学系I(PS1)とGa置換Fdとの複合体構造の高分解能化も実施して,2022年度中に1.97オングストロームの構造をCommun. Biol.に論文発表した。2023年度は,還元状態にしたNative Fdと配位子置換再構成[FeFe]-ヒドロゲナーゼ(HydA1)との複合体構造解析を中心的に進めたが構造決定には至っていない。英国でHydA1の複合体構造が解析されたという噂が流れてきたが,論文発表はされていない。代替案として結晶化を必要としないクライオ電子顕微鏡による単粒子構造解析によって構造を明らかにすることも検討したが分子サイズが小さすぎて構造決定には至らなかった。そこで,抗体により分子量を大きくするなどの操作も検討した。実際に,分子量75kDaの酸素耐性[FeFe]-ヒドロゲナーゼ(CbA5H)の活性型構造の決定には成功しており,Nature Chemistryに論文を投稿したがrejectされてしまったため,現在別の論文に投稿中である。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (4 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] Ruhr University Bochum(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Ruhr University Bochum
  • [Journal Article] Crystal structure of the stalk region of axonemal inner‐arm dynein‐d reveals unique features in the coiled‐coil and microtubule‐binding domain2023

    • Author(s)
      Ko Seolmin、Toda Akiyuki、Tanaka Hideaki、Yu Jian、Kurisu Genji
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 597 Pages: 2149~2160

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14690

  • [Journal Article] Three structures of PSI-LHCI from Chlamydomonas reinhardtii suggest a resting state re-activated by ferredoxin2023

    • Author(s)
      Gerle Christoph、Misumi Yuko、Kawamoto Akihiro、Tanaka Hideaki、Kubota-Kawai Hisako、Tokutsu Ryutaro、Kim Eunchul、Chorev Dror、Abe Kazuhiro、Robinson Carol V.、Mitsuoka Kaoru、Minagawa Jun、Kurisu Genji
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Bioenergetics

      Volume: 1864 Pages: 148986~148986

    • DOI

      10.1016/j.bbabio.2023.148986

  • [Journal Article] Regulation of motor activity of ciliary outer-arm dynein by the light chain 1; Implications from the structure of the light chain bound to the microtubule-binding domain of the heavy chain2023

    • Author(s)
      Yagi Toshiki、Toda Akiyuki、Ichikawa Muneyoshi、Kurisu Genji
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 20 Pages: n/a~n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v20.0008

  • [Journal Article] Soluble domains of cytochrome c-556 and Rieske iron-sulfur protein from Chlorobaculum tepidum: Crystal structures and interaction analysis2023

    • Author(s)
      Kishimoto Hiraku、Azai Chihiro、Yamamoto Tomoya、Mutoh Risa、Nakaniwa Tetsuko、Tanaka Hideaki、Miyanoiri Yohei、Kurisu Genji、Oh-oka Hirozo
    • Journal Title

      Current Research in Structural Biology

      Volume: 5 Pages: 100101~100101

    • DOI

      10.1016/j.crstbi.2023.100101

  • [Presentation] Structural and functional analysis of the carbonic anhydrase from marine diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • Author(s)
      Negoro H, Tanaka H, Shimakawa G, Kawamoto A, Matsuda Y, Kurisu G.
    • Organizer
      26th Congress of the International Union of Crystallography
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Neutron crystallographic study of ferredoxin-NADP+ reductase2023

    • Author(s)
      Uenaka M, Ohnishi Y, Tanaka H, Kurisu G
    • Organizer
      26th Congress of the International Union of Crystallography
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structure of cyanobacterial photosystem I complexed with ferredoxin and cyrtochrome c6 at 1.97 A resolution2023

    • Author(s)
      Jiannan Li, Noriyuki Hamaoka, Fumiaki Makino, Akihiro Kawamoto, Keiichi Namba, Christoph Gerle, Genji Kurisu
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Structural study on the bacteriosin pectocin M1 from Pectobacterium catorovorum2023

    • Author(s)
      Nawee Jantarit, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Structural and functional analysis of the carbonic anhydrase from marine diatom Phaeodactylum tricornutum2023

    • Author(s)
      Hiroto Negoro, Hideaki Tanaka, Ginga Shimakawa, Hiroyasu Koteishi, Akihiro Kawamoto, Yusuke Matsuda, Genji Kurisu
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Computational analysis of the structure and motion of the plant-type ferredoxin using long-time molecular dynamics simulations2023

    • Author(s)
      Tomoki Nakayoshi, Yusuke Ohnishi, Hideaki Tanaka, Genji Kurisu, Yu Takano
    • Organizer
      第61回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] フェレドキシンNADP+還元酵素の中性子結晶構造解析2023

    • Author(s)
      上中みどり,大西裕介,田中秀明,栗栖源嗣
    • Organizer
      令和5年度日本結晶学会年会
  • [Remarks] 蛋白質結晶学研究室

    • URL

      http://www.protein.osaka-u.ac.jp/crystallography/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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