• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2021 Fiscal Year Annual Research Report

ロドプシン基底関数の理解と利用

Research Project

Project/Area Number 21H02446
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

須藤 雄気  岡山大学, 医歯薬学域, 教授 (10452202)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsロドプシン / 光 / 生物物理 / オプトジェネティクス / エネルギー変換
Outline of Annual Research Achievements

ロドプシンは、多様な生物に存在する光受容膜タンパク質の総称で、生命における光依存的機能を司るとともに、人為的な光操作(オプトジェネティクス)分子として利用されている。
本研究は、ロドプシンとは何か?という根源的な問いに答えるため、「ロドプシン基底関数(x1a1 + x2a2 + … xiai)の理解と利用」を目的とした。
本年度は、これまでに培ってきた技術(生物物理学,遺伝子工学,タンパク質科学,分光学,光遺伝学,生化学,神経科学,細胞生物学)と人的資源(研究協力者)を総動員し、「①探索、②解析、③操作」の3項目の研究に取り組んだ。
具体的には、数百種類の未解析ロドプシンの発現・精製(①探索)と精密解析(②解析)を行い、既知情報とあわせて、ロドプシン間の機能や物性を定量的かつ様々な観点から比較した。これにより、基底ベクトル:x1, x2, … xi を算出し、ロドプシンを定義する素因子を明らかにした【例:x1 = 波長、x2 = 機能、x3 = 発色団、.... 】(理解)。ここでは、係数を表す a1, a2, …ai もあわせて算出した。以上より、ロドプシンとは何かの理解と分類に成功した。これにより、ロドプシンの拡張要素を炙り出すことに成功し、その情報からロドプシン分子の合理的分子設計と新奇光操作ツール開発および開発したツールによる生命機能の光操作を実現した(③操作)【例:a1 = 青・緑・赤(色パレット)、a2 = イオン輸送・走光性能、a3 = レチナール+第二発色団カロテノイド、.... 】(利用)。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

多様なロドプシンの①探索・②解析・③操作でインパクトのある成果をあげており、JACS誌1報,eLife誌1報,Sci. Rep.1報, Protein. Sci. 1報(Highlighted in this issue)を含む9報の原著論文を発表した。未発表のデータの取得も順調に進んでおり、5報程度を準備中である。ロドプシンの本質にせまる重要な成果をあげており、本研究は、当初の計画以上に順調に進んでいるものと判断している。

Strategy for Future Research Activity

本研究は、計画以上に進展しており、今後とも引き続き多様なロドプシンの①探索・②解析・③操作を進める。投稿中・準備中の成果についても、順次成果として発表できるように注力する。

  • Research Products

    (20 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 4 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (3 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Expression of microbial rhodopsins in Escherichia coli and their extraction and purification using styrene-maleic acid copolymers2022

    • Author(s)
      Kojima Keiichi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 3 Pages: 101046~101046

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2021.101046

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Development of an Outward Proton Pumping Rhodopsin with a New Record in Thermostability by Means of Amino Acid Mutations2022

    • Author(s)
      Yasuda Satoshi、Akiyama Tomoki、Kojima Keiichi、Ueta Tetsuya、Hayashi Tomohiko、Ogasawara Satoshi、Nagatoishi Satoru、Tsumoto Kouhei、Kunishima Naoki、Sudo Yuki、Kinoshita Masahiro、Murata Takeshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 126 Pages: 1004~1015

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.1c08684

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Phototriggered Apoptotic Cell Death (PTA) Using the Light-Driven Outward Proton Pump Rhodopsin Archaerhodopsin-32022

    • Author(s)
      Nakao Shin、Kojima Keiichi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Pages: 3771~3775

    • DOI

      10.1021/jacs.1c12608

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 光がくすりになる!?―ロドプシンによる生命機能の光操作2022

    • Author(s)
      須藤雄気、小島慧一
    • Journal Title

      月刊「化学」

      Volume: 77 Pages: 64~65

  • [Journal Article] 光+ロドプシン=くすり2022

    • Author(s)
      須藤雄気、小島慧一、川西志歩
    • Journal Title

      フォトニクスニュース

      Volume: 7 Pages: 153~158

  • [Journal Article] バイオマスを2倍にする新技術:ロドプシンを用いた緑藻クラミドモナスの生育制御2022

    • Author(s)
      小島慧一、長瀬友里恵、田村丞、須藤雄気
    • Journal Title

      クリーンエネルギー

      Volume: 31 Pages: 49~57

  • [Journal Article] An optogenetic assay method for electrogenic transporters using Escherichia coli co‐expressing light‐driven proton pump2021

    • Author(s)
      Hayashi Masahiro、Kojima Keiichi、Sudo Yuki、Yamashita Atsuko
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 30 Pages: 2161~2169

    • DOI

      10.1002/pro.4154

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional expression of the eukaryotic proton pump rhodopsin OmR2 in Escherichia coli and its photochemical characterization2021

    • Author(s)
      Kikuchi Masuzu、Kojima Keiichi、Nakao Shin、Yoshizawa Susumu、Kawanishi Shiho、Shibukawa Atsushi、Kikukawa Takashi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 14765

    • DOI

      10.1038/s41598-021-94181-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structure of a retinal chromophore of dark-adapted middle rhodopsin as studied by solid-state nuclear magnetic resonance spectroscopy2021

    • Author(s)
      Kawamura Izuru、Seki Hayato、Tajima Seiya、Makino Yoshiteru、Shigeta Arisu、Okitsu Takashi、Wada Akimori、Naito Akira、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 18 Pages: 177~185

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.019

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Microbial Rhodopsins as Multi-functional Photoreactive Membrane Proteins for Optogenetics2021

    • Author(s)
      Nakao Shin、Kojima Keiichi、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Biological and Pharmaceutical Bulletin

      Volume: 44 Pages: 1357~1363

    • DOI

      10.1248/bpb.b21-00544

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Proton transfer pathway in anion channelrhodopsin-12021

    • Author(s)
      Tsujimura Masaki、Kojima Keiichi、Kawanishi Shiho、Sudo Yuki、Ishikita Hiroshi
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: e72264

    • DOI

      10.7554/eLife.72264

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Exploring the Retinal Binding Cavity of Archaerhodopsin-3 by Replacing the Retinal Chromophore With a Dimethyl Phenylated Derivative2021

    • Author(s)
      Tsuneishi Taichi、Takahashi Masataka、Tsujimura Masaki、Kojima Keiichi、Ishikita Hiroshi、Takeuchi Yasuo、Sudo Yuki
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 8 Pages: 794948

    • DOI

      10.3389/fmolb.2021.794948

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Optical control of biological functions by microbial rhodopsins2021

    • Author(s)
      Sudo Y.
    • Organizer
      Pacifichem2021
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光をくすりにする!?―ロドプシンによる生命機能の光操作2021

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      日本薬学会北海道支部講演会
    • Invited
  • [Presentation] Optical control of biological activities with multi-functional photoreactive membrane protein rhodopsin2021

    • Author(s)
      Sudo Y.
    • Organizer
      第59回・日本生物物理学会シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 『光がくすりになる!?』2021

    • Author(s)
      須藤雄気
    • Organizer
      第42回・生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Invited
  • [Remarks] 研究室ホームページ

    • URL

      http://www.pharm.okayama-u.ac.jp/lab/bukka/

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 光合成生物の形質転換体およびその用途2021

    • Inventor(s)
      須藤雄気、小島慧一
    • Industrial Property Rights Holder
      須藤雄気、小島慧一
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-89800
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 光変調装置及び集光装置2021

    • Inventor(s)
      渋川敦史、須藤雄気、ムサクジャング
    • Industrial Property Rights Holder
      渋川敦史、須藤雄気、ムサクジャング
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2021-153788
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 光により細胞死を制御する方法2021

    • Inventor(s)
      須藤雄気、小島慧一、中尾新
    • Industrial Property Rights Holder
      須藤雄気、小島慧一、中尾新
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2021/043071
    • Overseas

URL: 

Published: 2022-12-28  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi