2023 Fiscal Year Annual Research Report
Large-scale proteoform analysis for unveiling the entire view
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21H02459
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| Research Institution | Kyoto University |
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Principal Investigator |
石濱 泰 京都大学, 薬学研究科, 教授 (30439244)
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2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | プロテオフォーム / プロテオーム / スプライシング / 翻訳開始点 / プロテオリシス |
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| Outline of Annual Research Achievements |
プロテオフォームとは、RNAスプライシングやSNPs等のmRNAに由来するアイソフォームだけではなく、翻訳制御により様々な翻訳開始点や終始点をもつタンパク質、翻訳後に生じる内在性プロテオリシス産物や翻訳後修飾体も含めて多様なタンパク質一次配列の違いに基づく呼称である。本研究では、①プロテオフォームを大規模解析する技術を開発し、②プロテオフォームがもたらすプロテオーム多様性が、どのような制御を受けて形成されているか、その全体像「プロテオフォームランドスケープ」を明らかにする。本年度は、11種類の非小細胞性肺がん細胞中のプロテオリシス制御をそのサブタイプレベルで解明するため、タンパク質末端配列解析を行った。その結果、未報告例を含む3181のプロテオリシス産物の同定・定量に成功した。さらに、細胞株特異的なプロテオリシス制御異常を明らかにするため、階層的クラスタリングにより株特異的に発現量が上昇しているクラスターを抽出した。一部のクラスターでは含まれるプロテオリシス産物の切断面に特徴が見られ、責任プロテアーゼの推定を行った結果、特定の細胞株におけるレグマインやカテプシンといったプロテアーゼの活性異常が示唆された。さらに、複数種の酵素消化および続くタンパク質末端配列解析を用いた大規模解析により、従来の測定深度では観測が困難であった非典型タンパク質を、がん細胞サブタイプレベルで同定・定量した。その結果、1122のペプチドがSwiss-Prot由来のタンパク質に含まれない、非典型タンパク質由来なものとして同定された。この1122の非典型タンパク質由来のペプチドについて詳細な解析を行った結果、多くのSNV含有ペプチド、スプライシングアイソフォーム、新規翻訳開始点候補が同定された。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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