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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Biological research foundation formation and neuroscience studies based on transposon-mediated gene trap methods

Research Project

Project/Area Number 21H02463
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

川上 浩一  国立遺伝学研究所, 遺伝形質研究系, 教授 (70195048)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsゼブラフィッシュ / 遺伝子トラップ / トランスポゾン / 発生生物学 / 行動遺伝学
Outline of Annual Research Achievements

(1)遺伝子トラップゼブラフィッシュ系統の樹立
スプライスアクセプターの下流にIRES、Gal4FFを組み込んだ改良型遺伝子トラップコンストラクトをランダムにゲノムに挿入させ、トランスジェニックフィッシュ系統を新たに300系統樹立した。 トランスポゾン挿入部位を決定し、トランスポゾン挿入部位をゲノム上へマップした。得られた発現パターン情報、挿入部位のゲノム情報については、独自のデータベースに登録し閲覧・検索可能にした。これらのトランスジェニックフィッシュを基に国際共同研究を行い、①胚および仔魚期の運動神経のシングルセルRNAプロファイリングを行い、Prdm16とMecomという転写因子が、速い運動神経の分化にとって不可欠な決定因子であることを示した。②lakritz変異体を用いて、網膜からの全ての神経接続を欠損させ、網膜からの入力は視覚に関する脳領域の神経発生の速度に影響を与えるが、その結果生じるニューロンの発生や回路形成への影響は検出されないことを示した。③再生中の脊椎動物の運動神経の軸索が神経叢を伸長していく過程のリアルタイムイメージングに初めて成功し、再生中に神経叢で軸索の再分類を促進するというシュワン細胞の新しい役割を明らかにした。
(2)終脳の機能的神経回路の解明:
哺乳動物終脳の海馬に相当するゼブラフィッシュ終脳の機能解析のための痕跡恐怖条件付け学習および空間学習の行動アッセイシステムの開発に成功した。終脳の背側側方部の脳神経細胞にGal4を発現する系統とUAS下流に神経毒素遺伝子をもつトランスジェニックフィッシュをかけあわせた二重トランスジェニックフィッシュが、海馬機能のアッセイシステムにおいて行動異常を示すことを明らかにした。同定した神経細胞群についてRNA-seqによる発現プロファイル解析を行い、哺乳類の海馬の神経細胞群との相同性を明らかにした。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (19 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (4 results) Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 7 results) Presentation (3 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Pennsylvania(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Pennsylvania
  • [Int'l Joint Research] NORCE Norwegian Research Centre(ノルウェー)

    • Country Name
      NORWAY
    • Counterpart Institution
      NORCE Norwegian Research Centre
  • [Int'l Joint Research] Max Planck Institute(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Max Planck Institute
  • [Int'l Joint Research] Wuhan University(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      Wuhan University
  • [Journal Article] The dwarf neon rainbowfish Melanotaenia praecox, a small spiny‐rayed fish with potential as a new Acanthomorpha model fish: II. Establishment of a microinjection procedure for genetic engineering2024

    • Author(s)
      Miyamoto Kazuhide、Abe Gembu、Kawakami Koichi、Tamura Koji、Ansai Satoshi
    • Journal Title

      Developmental Dynamics

      Volume: 2024 Pages: 1-14

    • DOI

      10.1002/dvdy.698

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] A novel gene-trap line reveals the dynamic patterns and essential roles of cysteine and glycine-rich protein 3 in zebrafish heart development and regeneration2024

    • Author(s)
      Liang Shuzhang、Zhou Yating、Chang Yue、Li Jiayi、Zhang Min、Gao Peng、Li Qi、Yu Hong、Kawakami Koichi、Ma Jinmin、Zhang Ruilin
    • Journal Title

      Cellular and Molecular Life Sciences

      Volume: 81 Pages: 158

    • DOI

      10.1007/s00018-024-05189-0

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] One‐step generation of mice with gene editing by Tol2 transposon‐dependent gRNA delivery2023

    • Author(s)
      Inotsume Maiko、Chiba Tomoki、Matsushima Takahide、Kurimoto Ryota、Nakajima Mitsuyo、Kato Tomomi、Shishido Kana、Liu Lin、Kawakami Koichi、Asahara Hiroshi
    • Journal Title

      FEBS Letters

      Volume: 597 Pages: 975~984

    • DOI

      10.1002/1873-3468.14605

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Efficient production of recombinant proteins in suspension CHO cells culture using the Tol2 transposon system coupled with cycloheximide resistance selection2023

    • Author(s)
      Yamaguchi Keina、Ogawa Risa、Tsukahara Masayoshi、Kawakami Koichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 13 Pages: 7628

    • DOI

      10.1038/s41598-023-34636-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dysregulated TDP‐43 proteostasis perturbs excitability of spinal motor neurons during brainstem‐mediated fictive locomotion in zebrafish2023

    • Author(s)
      Asakawa Kazuhide、Handa Hiroshi、Kawakami Koichi
    • Journal Title

      Development, Growth & Differentiation

      Volume: 65 Pages: 446~452

    • DOI

      10.1111/dgd.12879

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Target-selective vertebrate motor axon regeneration depends on interaction with glial cells at a peripheral nerve plexus2023

    • Author(s)
      Walker Lauren J.、Guevara Camilo、Kawakami Koichi、Granato Michael
    • Journal Title

      PLOS Biology

      Volume: 21 Pages: e3002223

    • DOI

      10.1371/journal.pbio.3002223

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Generation of Transgenic Fish Harboring CRISPR/Cas9-Mediated Somatic Mutations Via a tRNA-Based Multiplex sgRNA Expression2023

    • Author(s)
      Shiraki Tomoya、Kawakami Koichi
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2707 Pages: 305~318

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3401-1_20

  • [Journal Article] In Vivo Optogenetic Phase Transition of an Intrinsically Disordered Protein2023

    • Author(s)
      Asakawa Kazuhide、Handa Hiroshi、Kawakami Koichi
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2707 Pages: 257~264

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3401-1_17

  • [Journal Article] Genetic Identification of Neural Circuits Essential for Active Avoidance Fear Conditioning in Adult Zebrafish2023

    • Author(s)
      Lal Pradeep、Tanabe Hideyuki、Kawakami Koichi
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: 2707 Pages: 169~181

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3401-1_11

  • [Journal Article] Determinants of motor neuron functional subtypes important for locomotor speed2023

    • Author(s)
      D’Elia Kristen P.、Hameedy Hanna、Goldblatt Dena、Frazel Paul、Kriese Mercer、Zhu Yunlu、Hamling Kyla R.、Kawakami Koichi、Liddelow Shane A.、Schoppik David、Dasen Jeremy S.
    • Journal Title

      Cell Reports

      Volume: 42 Pages: 113049~113049

    • DOI

      10.1016/j.celrep.2023.113049

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] A novel genetic system to visualize activated neurons during behaviors in the adult zebrafish2024

    • Author(s)
      Koichi Kawakami
    • Organizer
      Asian Conference on Fish Models for Diseases
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] J-RDMM and the neurological disorder2024

    • Author(s)
      Koichi Kawakami
    • Organizer
      10th Strategic Conference of Zebrafish Investigators
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] J-RDMM and the study of rare and undiagnosed diseases using zebrafish2023

    • Author(s)
      Koichi Kawakami
    • Organizer
      Human Genetics Asia 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Book] Zebrafish: Methods and Protocols: Third Edition2023

    • Author(s)
      Amatruda, J.F., Houart, C., Kawakami, K., Poss, K.D
    • Total Pages
      360
    • Publisher
      Humana Press
    • ISBN
      978-1-0716-3403-5
  • [Remarks] ゼブラフィッシュジーントラップエンハンサートラップデータベース

    • URL

      https://ztrap.nig.ac.jp/ztrap/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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