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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Thylakoid Membrane Remodeling and Optimization of Photosynthetic Activity

Research Project

Project/Area Number 21H02508
Research InstitutionOkayama University

Principal Investigator

坂本 亘  岡山大学, 資源植物科学研究所, 教授 (20222002)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsチラコイド膜 / 膜リモデリング / 葉緑体 / 光合成 / NTPase
Outline of Annual Research Achievements

VIPP1について、大腸菌でHisタグとして発現させる実験を行った。推定されたヌクレオチド結合部位あるいはN末端側のαヘリックス内のアミノ酸に変異を導入したタンパク質を精製し、ネガティブ染色による複合体の観察を行った。これらの変異VIPP1-Hisでは、リング状の構造を安定に観察することができず、棒状および球状のヘテロな複合体を形成することが明らかとなった。次に、これらの変異を持つVIPP1をVIPP1-GFPとして発現させ、シロイヌナズナvipp1変異体の相補を試みた。今年度はvipp1変異がホモの個体が得られたことから、それぞれの変異はVIPP1機能を低下させるものの、相補することができた。一方、N末端側のαヘリックスにアミノ酸変異を導入した個体(N16I)では著しい生育遅延を伴っていた。
以上の研究に加え、VIPP1-GFPを発現するシロイヌナズナ個体で、GFP-trapを用いた解析を今年度は行った。この方法により単離したチラコイド膜からVIPP1-GFPを分画することができ、SDS-PAGEにより数種のタンパク質が生成された。これらのタンパク質については、来年度以降、タンデム質量分析により同定を試みる。この手法自体はVIPP1の精製には適していないことから、今後、In vivoでもHisをタグにしたVIPP1の発現系を検討する。
VIPP1以外の膜リモデリング分子として今年度はダイナミン様タンパク質FZLの解析も進めた。fzl変異体の電子顕微鏡観察からは葉緑体のグラナスタックが野生型に比べ歪みが生じ、ストロマラメラとの連絡も不明瞭であることから、FZLはグラナマージンに局在してグラナの維持に関わっていることが示唆された。これらの異常なチラコイド膜については、トモグラフィー解析による3次元解析も進め、膜構造の異常を確認した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

VIPP1-His融合タンパク質を用いたATP/GTP加水分解活性の解析からは、シアノバクテリアで見出されたヌクレオチド結合部位に導入した変異がシロイヌナズナでは影響がないことがわかった。この結果は予想外ではあったが、シロイヌナズナVIPP1は異なる活性部位を持つことを示唆している。これまでのシロイヌナズナVIPP1タンパク質のネガティブ染色による電顕観察でも、上述した変異を加えてもリング状および均一な複合体構造が得られていないため、シアノバクテリアと植物では異なる性質を持つことが考えられた。今年度作成中の、vipp1変異体をVIPP1-GFPで相補する実験系でも同様の結果が得られている。これらの新しい知見が得られた一方で、N末端側のαヘリックス構造の重要性が明らかになっている。
VIPP1以外の膜リモデリング分子FZLの解析も順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

VIPP1-Hisに変異を挿入したタンパク質でもヘテロなオリゴマー構造が観察されたので、この系(大腸菌でのHisタグ発現)によるタンパク質精製と構造の決定は困難であると予想される。また、ヌクレオチド結合部位についてもシアノバクテリアとシロイヌナズナでは異なる可能性が示された。このため、今後はシロイヌナズナでVIPP1をHisタグとして発現し、タンパク質複合体を精製する実験についても検討する。
VIPP1-GFPをシロイヌナズナで発現させる実験系と GFP-trapを用いたタンパク質の分画は順調に進んでおり、今後、VIPP1との相互作用タンパク質を同定して解析を進める。
VIPP1以外の解析では、FZL-GFP, CURT1-GFPなどの解析ツールが整備されたので、今後これらの観察を進める。

  • Research Products

    (13 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 3 results)

  • [Int'l Joint Research] 内蒙古大学(中国)

    • Country Name
      CHINA
    • Counterpart Institution
      内蒙古大学
  • [Int'l Joint Research] ミュンヘン大学/カイザースラウテルン工科大学/マールブルグ大学(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      ミュンヘン大学/カイザースラウテルン工科大学/マールブルグ大学
    • # of Other Institutions
      1
  • [Journal Article] Maternal plastid inheritance: two abating factors identified2023

    • Author(s)
      Sakamoto Wataru、Takami Tsuneaki
    • Journal Title

      Trends in Genetics

      Volume: S0168-9525(23)00058-6 Pages: S0168-9525

    • DOI

      10.1016/j.tig.2023.03.002

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Distinctive in vitro ATP Hydrolysis Activity of AtVIPP1, a Chloroplastic ESCRT-III Superfamily Protein in Arabidopsis2022

    • Author(s)
      Ohnishi Norikazu、Sugimoto Manabu、Kondo Hideki、Shioya Ken-ichi、Zhang Lingang、Sakamoto Wataru
    • Journal Title

      Frontiers in Plant Science

      Volume: 13 Pages: 949578

    • DOI

      10.3389/fpls.2022.949578

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] <i>DOMINANT AWN INHIBITOR</i>Encodes the ALOG Protein Originating from Gene Duplication and Inhibits AWN Elongation by Suppressing Cell Proliferation and Elongation in Sorghum2022

    • Author(s)
      Takanashi Hideki、Kajiya-Kanegae Hiromi、Nishimura Asuka、Yamada Junko、Ishimori Motoyuki、Kobayashi Masaaki、Yano Kentaro、Iwata Hiroyoshi、Tsutsumi Nobuhiro、Sakamoto Wataru
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 63 Pages: 901~918

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac057

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] チラコイド膜の形成と構造維持に関与する膜リモデリング分子2022

    • Author(s)
      小川由、坂本亘
    • Journal Title

      光合成研究

      Volume: 32 Pages: 64-74

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Maintenance of the thylakoid membrane by FZL, a dynamin-like protein localized to the grana margin in Arabidopsis thaliana2023

    • Author(s)
      Yu Ogawa, Megumi Iwano, Akihiro Kawamoto, Genji Kurisu, Toshiharu Shikanai, Wataru Sakamoto
    • Organizer
      第 64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Suppression mechanism of early senescence phenotype in atg5 mutant by DPD1 mutation2023

    • Author(s)
      Tsuneaki Takami, Wataru Sakamoto
    • Organizer
      第 64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Characterization of rice mutants lacking organelle exonuclease DPD12023

    • Author(s)
      Md. Faridul Islam, Hiroshi Yamatani, Tsuneaki Takami, Makoto Kusaba, Wataru Sakamoto
    • Organizer
      第 64回日本植物生理学会年会
  • [Presentation] The role of VIPP1 in thylakoid biogenesis and maintenance2022

    • Author(s)
      Gupta, T., Klumpe, S., Gries, K., Heinz, S., Wietrzynski, W., Ohnishi, N., Sakamoto, W., Nickelsen, J., Schuller, J., Schroda, M., Benjamin Engel, B.
    • Organizer
      18th International Congress on Photosynthesis Research
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Thylakogenesis: maintenance of thylakoid membrane architecture and integrity in Arabidopsis2022

    • Author(s)
      Sakamoto, W.
    • Organizer
      Seminar at Agricultural Biotechnology Research Center, Academia Sinica,
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Maintenance of thylakoid membrane architecture and integrity in Arabidopsis.2022

    • Author(s)
      Sakamoto, W.
    • Organizer
      International Symposium on Photosynthesis and Chloroplast Regulation
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 葉緑体膜の維持に関わる VIPP1タンパク質の解析2022

    • Author(s)
      坂本亘
    • Organizer
      第 12 回日本光合成学会年会およびシンポジウム

URL: 

Published: 2023-12-25  

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