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2021 Fiscal Year Annual Research Report

電位依存性イオンチャネルの機能構造と構造間遷移機構の解析による動作機構解明

Research Project

Project/Area Number 21H02618
Research InstitutionKeio University

Principal Investigator

大澤 匡範  慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 教授 (60361606)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 横川 真梨子  慶應義塾大学, 薬学部(芝共立), 講師 (60648020)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords電位依存性イオンチャネル / 機能構造 / 構造生物学 / 動作メカニズム
Outline of Annual Research Achievements

電位依存性イオンチャネル(VGIC)は、膜電位に応じた特定イオンの膜透過を通じて膜電位を制御し、神経伝達や心臓の拍動を担う膜タンパク質であり、創薬の標的としても重要である。VGICは一般に、膜電位依存的に静止構造・透過性構造・不透過性構造の間を遷移することによりゲートを開閉し、特定のイオンを膜透過させることで膜電位を制御する。しかしながら、これまでに複数の機能構造が原子分解能で明らかになったVGICはなく、膜電位のかかった静止構造や一過的にしか存在しない構造、および、機能構造間の遷移メカニズムは未解明である。
そこで本研究では、化学修飾により未解明である機能構造を安定化する手法を確立し、それぞれの構造の意味を電気生理学的解析により解明するとともに、それらの立体構造をX線結晶構造解析あるいはクライオ電子顕微鏡により原子レベルで明らかにする。同時にNMRによりそれらの間の構造遷移を解析することにより、VGICの動作メカニズムを解明することを目的とする。
今回、解析対象としているVGICについては、KVではKv1.2-2.1キメラ、hERGおよびhERGの類縁タンパク質EAGの立体構造などが報告されているが、いずれも透過性構造であった(透過性構造に阻害剤が結合しているものを含む)。同一チャネルで複数の機能構造が解明された例は無く、静止膜電位下の構造や、準安定的で一過的にしか現れない構造は未解明である。本研究は、未解明である機能構造を化学修飾などで安定化することにより構造解析可能とし立体構造を解明するとともに、NMRにより構造遷移メカニズムを明らかにするものであり、従来の構造生物学とは一線を画すものである。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

今年度は、電位依存性K+チャネルKvAPの電位センサードメイン内の2か所にCys変異を導入し両者をSS結合で固定化し膜電位依存的に形成される各機能構造を安定化する目的で、25種類のダブルCys変異体を調製し、SS結合系性能を評価したところ、10変異体において膜電位非存在下であってもSS結合がおおむね形成されることを見出した。そのうち5変異体については、SS結合形成率がほぼ100%であった。これらは、すでに構造解析がなされている電位のかかっていない状態のKvAPの電顕構造ではSS結合が形成できない距離にあるものが4個含まれていることから、電位センサーの異なるコンホメーションがSS結合により安定化されたことが示唆された。
そこで、これらの5変異体が実際にチャネルとして機能するかどうか、どのような期の状態を反映した構造であるか、電気生理学的に調べる実験に着手した。これまでに野生型のKvAPで電気生理解析が可能であることを確認した。今後、変異体の解析を進める。
同時に、5変異体の構造生物学的解析を進めるために、試料の大量調製法の確立を試みている。結晶化ならびに電顕での予備実験を進めている。

Strategy for Future Research Activity

これまでに同定したKvAPの5変異体について、電気生理学的手法による機能解析を行う。これまでにカエルの卵母細胞にKvAPを発現させて電気生理学的解析を行おうとしたが、KvAPを卵母細胞に発現させることが困難であった。そこで、大腸菌で発現し精製したKvAPをリポソームに再構成した状態で電気生理学的解析を行うこととした。野生型KvAPの電流が観測できたことから、今後、この手法を5変異体に適用することにより、各変異体の機能状態を明らかにしていく。
同時に、5変異体の大量調製法を確立し、結晶化・X線結晶構造解析、ならびに、クライオ電子顕微鏡での解析を進めていく。この際に、適切な界面活性剤を探索していく。また、機能構造間の動的メカニズムの解明のために、NMRによる直接観測を試みる。

  • Research Products

    (19 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 3 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 5 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Paip2A inhibits translation by competitively binding to the RNA recognition motifs of PABPC1 and promoting its dissociation from the poly(A) tail2022

    • Author(s)
      Sagae Takeru、Yokogawa Mariko、Sawazaki Ryoichi、Ishii Yuichiro、Hosoda Nao、Hoshino Shin-ichi、Imai Shunsuke、Shimada Ichio、Osawa Masanori
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101844~101844

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101844

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Peptide Toxins Targeting KV Channels2021

    • Author(s)
      Matsumura Kazuki、Yokogawa Mariko、Osawa Masanori
    • Journal Title

      Handb. Exp. Pharmacol.

      Volume: 267 Pages: 481~505

    • DOI

      10.1007/164_2021_500

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Comprehensive Approach of 19F Nuclear Magnetic Resonance, Enzymatic, and In Silico Methods for Site-Specific Hit Selection and Validation of Fragment Molecules that Inhibit Methionine γ-Lyase Activity2021

    • Author(s)
      Ikeda Kazuyoshi、Kezuka Yuichiro、Nonaka Takamasa、Yonezawa Tomoki、Osawa Masanori、Katoh Etsuko
    • Journal Title

      Journal of Medicinal Chemistry

      Volume: 64 Pages: 14299~14310

    • DOI

      10.1021/acs.jmedchem.1c00766

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Identification of novel inhibitors of Keap1/Nrf2 by a promising method combining protein-protein interaction-oriented library and machine learning2021

    • Author(s)
      Shimizu Yugo、Yonezawa Tomoki、Sakamoto Junichi、Furuya Toshio、Osawa Masanori、Ikeda Kazuyoshi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 7420

    • DOI

      10.1038/s41598-021-86616-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] COVID-19の原因となるタンパク質-タンパク質相互作用を標的とする合成中分子阻害剤のin silico解析2022

    • Author(s)
      米澤 朋起、清水 祐吾、池田 和由、山本 雄一朗、野口 耕司、酒井 祥太、深澤 征義、横川 真梨子、大澤 匡範
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] 創薬プロセスにおいて創出される化合物の高速な特許性予測手法の開発2022

    • Author(s)
      清水祐吾、大澤匡範、池田和由、幸瞳、大田雅照、本間光貴
    • Organizer
      日本薬学会第142年会
  • [Presentation] 新型コロナウイルス感染症 (COVID-19) の原因PPIを標的とする合成中分子阻害剤の合理的設計プラットフォーム2022

    • Author(s)
      大澤匡範
    • Organizer
      第5回 Translational and Regulatory Sciencesシンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] AI・ケモインフォマティクス・構造生物学の連携による新規Protein-Protein Interaction(PPI)阻害化合物の探索2022

    • Author(s)
      大澤匡範
    • Organizer
      日本神経学会主催 産官学創薬スクール
    • Invited
  • [Presentation] Gating-modifier toxin APETx1による電位依存性カリウムイオンチャネルhERG阻害機構の解析2021

    • Author(s)
      松村 一輝, 下村 拓史, 久保 義弘, 岡 貴之, 小林 直宏, 今井 駿輔, 簗瀬 尚美, 秋元 まどか, 福田 昌弘, 横川 真梨子, 池田 和由, 栗田 順一, 西村 善文, 嶋田一夫, 大澤匡範
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] 分子内ジスルフィド結合による電位依存性K+チャネルの膜電位依存的構造変化機構の解明2021

    • Author(s)
      石川貴大、原田彩佳、横川真梨子、前田知輝、日向寺孝禎、藤田浩平、野崎智裕、嶋田一夫、大澤匡範
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] リン酸化および14-3-3ζによる転写因子FoxO3aの阻害メカニズムの解明2021

    • Author(s)
      中塚将一、桑山知也、横川真梨子、河津光作、中村吏佐、木村友美、田辺幹夫、千田俊哉、齋藤潤、佐谷秀行、大澤匡範
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Structural Mechanism of Translational Repression by PABP-interacting Protein 22021

    • Author(s)
      Takeru Sagae, Mariko Yokogawa, Ryoichi Sawazaki, Nao Hosoda, Shin-ichi Hoshino, Masanori Osawa
    • Organizer
      ISMAR-APNMR-NMRSJ-SEST 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Gating-modifier toxin APETx1による電位依存性カリウムイオンチャネルhERG阻害機構の解析2021

    • Author(s)
      大澤匡範
    • Organizer
      生理学研究所研究会「構造情報を基盤とした膜機能分子の生理機能理解に向けて」
    • Invited
  • [Presentation] Gating-modifier toxin APETx1による電位依存性カリウムイオンチャネルhERG阻害機構の解析2021

    • Author(s)
      大澤匡範
    • Organizer
      BINDS-PDBj講習会「PDBから見てわかるタンパク質の最新研究」
    • Invited
  • [Presentation] 電位依存性K+チャネルの動作メカニズムとペプチドによる阻害メカニズム2021

    • Author(s)
      大澤匡範
    • Organizer
      第28回日本血液代替物学会年次大会
    • Invited
  • [Presentation] B-cell translocation gene 2 (BTG2)によるポリA分解促進機構の解明2021

    • Author(s)
      石井裕一郎、横川真梨子、城えりか、高嶋大翔、沢崎綾一、寒河江彪流、尾上耕一、星野真一、大澤匡範
    • Organizer
      日本生化学会大会
  • [Presentation] リン酸化および14-3-3ζによる転写因子FOXO3aの阻害メカニズムの解明2021

    • Author(s)
      桑山知也、中塚将一、横川真梨子、河津光作、中村吏佐、木村友美、田辺幹夫、千田俊哉、齋藤潤、佐谷秀行、大澤匡範
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Remarks] 生命機能物理学:研究:[慶應義塾大学薬学部・薬学研究科]

    • URL

      https://www.pha.keio.ac.jp/research/mfp/index.html

  • [Remarks] 慶應義塾大学薬学部 生命機能物理学講座

    • URL

      http://square.umin.ac.jp/keio-skb/index.html

URL: 

Published: 2022-12-28  

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