2023 Fiscal Year Annual Research Report
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21H02790
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| Research Institution | Wakayama Medical University |
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Principal Investigator |
橋本 真一 和歌山県立医科大学, 先端医学研究所, 教授 (00313099)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
高村 禅 北陸先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (20290877)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | Single-cell / Spatial transcriptome / Genome mutation / Cancer microenvironment |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究の目的は、光応答性人工核酸を使ったバーコードビーズを開発・作製し、同一空間で紐付けされたキャプチャービーズを使用することにより、1細胞の遺伝子発現や変異などの複数の要素を測定可能とすることである。また、ウェル内に入っているビーズを紐付けし、それぞれのビーズの位置情報を相対的に把握することで、組織切片においても測定することを目標とする。最終的に本法を用いて、特にがん微小環境における細胞の多様性について複数の要素を交えて詳細に検討する。これまで、1細胞レベルでのゲノム変異DNA部分を、キャプチャービーズでトラップする為に、ゲノムDNAの処理法を検討した。その結果、有機溶媒による固定、いくつかの制限酵素でDNAが切断されることを確認できた。ゲノム中のKRAS，TP53の幾つかの変異部位などの任意のDNAの一部がトラップ出来ることが明らかとなり、さらに多様な配列に関して検討を進めている。一方、組織中の細胞の空間情報を維持して解析する為に行ってきた組織を可溶化する試薬の特定も終了し、マウス脳組織や乳がん組織の細胞クラスターの情報を持ったまま、ビーズにmRNAを結合させることに成功した。継続して多様な臨床検体で検証も含めて解析を進めている。また、これらの細胞の位置情報を紐づける為、以下のことを行なってきた。大きさが異なる蛍光ビーズをランダムにウェルに配置することによりバーコード配列と光照射により外れる末端にオリゴdAを持った配列を作成し、光を照射後にwash、各キャプチャービーズを回収、その後、シーケンスし、近接のビーズに光分裂遊離バーコードが結合したかを解析した。結果、多様な遊離バーコードがゲノムやmRNAを結合する為のキャプチャービーズに結合することが確かめられた。今後、この結果を基にそれぞれのビーズの位置情報を相対的に把握出来るかを検証していく。
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| Research Progress Status |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度が最終年度であるため、記入しない。
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