2022 Fiscal Year Annual Research Report
Identification of cancer-specific neoantigens in organoid culture
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21H02995
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| Research Institution | Kanagawa Cancer Center Research Institute |
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Principal Investigator |
笹田 哲朗 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所), がんワクチン・免疫センター, 部長 (70293967)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
星野 大輔 地方独立行政法人神奈川県立病院機構神奈川県立がんセンター(臨床研究所), その他部局等, 部長代理 (30571434)
川村 猛 東京大学, アイソトープ総合センター, 准教授 (70306835)
上田 宏生 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任講師 (70821916)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | ネオアンチゲン / オルガノイド / ペプチドミクス解析 / 遺伝子変異 / がん免疫治療 / HLA分子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
令和4年度には、① 腎がん患者（6例）の手術摘出腫瘍検体からがん細胞塊を分離・回収し、オルガノイドとして拡大培養した。前年度から合わせて、胃がん4例および腎がん8例のオルガノイドが樹立された。② これらのうち７例のオルガノイド組織および同一患者の正常組織のエクソーム解析・RNA-Seq解析によりがん特異的な点突然変異、フレームシフト変異を同定し、ペプチドミクス解析用データベースを構築した。③ nanoLC-MS/MSシステムを用いて、７例のオルガノイド組織から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索（上記②で構築）することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。④ 新鮮腫瘍組織（オルガノイド作成に用いた腫瘍と同一患者に由来する３例）から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドのスペクトルを得たのち、データベース検索することによりネオアンチゲンペプチド配列を同定した。オルガノイド組織での解析データと比較・検討中である。⑤ 腫瘍浸潤T細胞から同定したT細胞受容体（TCR）遺伝子を導入したT細胞（TCR-T細胞）を樹立し、同一患者のオルガノイド組織への反応性を検証する系を確立した。現在、オルガノイド反応性のあるTCR-T細胞のネオアンチゲン（オルガノイド組織のペプチドミクス解析により同定）との反応性を検討し、免疫原性のあるネオアンチゲンを同定中である。
なお、令和５年度には、引き続き腎がんオルガノイド樹立、オルガノイド組織を用いたペプチドミクス解析によるHLA結合ネオアンチゲンの同定、オルガノイド反応性T細胞を用いたネオアンチゲンの免疫原性の検証を進めることにより、オルガノイド組織を用いてネオアンチゲン特異的T細胞反応の重要性を検証する系を確立する予定である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
現在までに、胃がん4例および腎がん8例の手術摘出腫瘍検体を用いてオルガノイドを樹立する系を確立している。また、これらのオルガノイド組織から遊離、回収したHLA class I 結合ペプチドの質量分析解析によりネオアンチゲンペプチドを同定する系も確立できている。さらに、オルガノイド・ネオアンチゲン反応性のあるTCRを同定する系も確立中であり、順調に進展していると考える。
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| Strategy for Future Research Activity |
引き続き、腎がんオルガノイド樹立、オルガノイド組織を用いたペプチドミクス解析によるHLA結合ネオアンチゲンの同定、オルガノイド反応性T細胞を用いたネオアンチゲンの免疫原性の検証を進めることにより、オルガノイド組織を用いてネオアンチゲン特異的T細胞反応の重要性を検証する系を確立する予定である。
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[Journal Article] A phase 1 trial of NY-ESO-1-specific TCR-engineered T-cell therapy combined with a lymph node-targeting nanoparticulate peptide vaccine for the treatment of advanced soft tissue sarcoma.2023
Author(s)
Ishihara M, Nishida Y, Kitano S, Kawai K, Muraoka D, Momose F, Harada N, Miyahara Y, Seo N, Hattori H, Takada K, Emori M, Kakunaga S, Endo M, Matsumoto Y, Sasada T, Sato E, Yamada T, Matsumine A, Nagata Y, Watanabe T, Kageyama S, Shiku H.
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Journal Title
Int J Cancer.
Volume: 152
Pages: 2554-2566
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Clinical significance of plasma-free amino acids and tryptophan metabolites in patients with non-small cell lung cancer receiving PD-1 inhibitor: a pilot cohort study for developing a prognostic multivariate model.2022
Author(s)
Azuma K, Xiang H, Tagami T, Kasajima R, Kato Y, Karakawa S, Kikuchi S, Imaizumi A, Matsuo N, Ishii H, Tokito T, Kawahara A, Murotani K, Sasada T, Miyagi Y, Hoshino T.
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Journal Title
J Immunother Cancer.
Volume: 10
Pages: e004420
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] NY-ESO-1-specific redirected T cells with endogenous TCR knockdown mediate tumor response and cytokine release syndrome.2022
Author(s)
Ishihara M, Kitano S, Kageyama S, Miyahara Y, Yamamoto N, Kato H, Mishima H, Hattori H, Funakoshi T, Kojima T, Sasada T, Sato E, Okamoto S, Tomura D, Nukaya I, Chono H, Mineno J, Kairi MF, Diem Hoang Nguyen P, Simoni Y, Nardin A, Newell E, Fehlings M, Ikeda H, Watanabe T, Shiku H.
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Journal Title
J Immunother Cancer.
Volume: 10
Pages: e003811
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Evaluation of X-ray and carbon-ion beam irradiation with chemotherapy for the treatment of cervical adenocarcinoma cells in 2D and 3D cultures.2022
Author(s)
Sekihara K, Himuro H, Saito N, Ota Y, Kouro T, Kusano Y, Minohara S, Hirayama R, Katoh H, Sasada T, Hoshino D.
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Journal Title
Cancer Cell Int.
Volume: 22
Pages: 391
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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