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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Mechanisms of cellular tensional homeostasis: measurement and analysis

Research Project

Project/Area Number 21H03796
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

出口 真次  大阪大学, 大学院基礎工学研究科, 教授 (30379713)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords張力ホメオスタシス / メカノバイオロジー / バイオメカニクス / 熱力学 / 統計力学 / FRAP
Outline of Annual Research Achievements

増殖が可能な細胞には張力ホメオスタシスと呼ばれる、細胞内部の物理的な張力を一定に維持する性質が備わっている。これは細胞が周囲環境の変化に対して適応的に振る舞うための基盤となっており、その能力の不全は様々な疾患との関連をもつことが指摘されている。本年度は、前年度までに開発した改良FRAP法(Continuum mechanics-based fluorescence recovery after photobleaching, CM-FRAP法)について論文発表のための追加実験をするとともに、これまで明らかとなっていた測定精度上の問題について改良を行った。具体的には、光褪色領域の自動追跡アルゴリズムについて、測定の各時刻において測定しきい値を変更できるようにした。実験結果を新旧の方法で比較し、特に細胞骨格が入り組んだ空間領域においては新しい方法においてより高い精度で定量化できることを確認した。また、熱統計力学についても前年度までに準備をした論文について、ジャーナルでの採択に向けていくつかの対応を行った。また、細胞の張力ホメオスタシス現象において支えられる力の大きさに応じて細胞骨格の構成成分が変化する現象を相転移と見なし、材料熱力学的観点から数理モデル化を行い、その現象の背後にある物理メカニズムを説明するための解析を行った。これにより、細胞骨格が特定の構成則(力の大きさに応じて見た目の弾性率が変化すること)を仮定すると、実際の現象を論理的に説明できることを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通り研究が進み、論文発表も行うことができたため。

Strategy for Future Research Activity

開発したCM-FRAPに空間統計学の方法を組み合わせることにより、より適用の範囲や汎用性の高い手法へと発展させる。それを用いて様々な条件で測定を行い、熱統計力学に基づいて解析を行う。

  • Research Products

    (23 results)

All 2022 Other

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 9 results,  Open Access: 4 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Invited: 12 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] PDGF-B secreted from skeletal muscle enhances myoblast proliferation and myotube maturation via activation of the PDGFR signaling cascade2022

    • Author(s)
      Hamaguchi, H., Dohi, K., Sakai, T., Taoka, M. Isobe, T., Matsui, T.S., Deguchi, S., Furuichi, Y., Fujii, N.L., Manabe, Y.
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 639 Pages: 169-175

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.11.085

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Long-term molecular turnover of actin stress fibers revealed by advection-reaction analysis in fluorescence recovery after photobleaching2022

    • Author(s)
      Saito, T., Matsunaga, D., Matsui, T.S., Deguchi, S.
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 17 Pages: e0276909

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0276909

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A statistical mechanics model for determining the length distribution of actin filaments under cellular tensional homeostasis2022

    • Author(s)
      Ueda, Y., Matsunaga, D., Deguchi, S.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 14466

    • DOI

      10.1038/s41598-022-18833-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Establishment of a system evaluating the contractile force of electrically stimulated myotubes from wrinkles formed on elastic substrate2022

    • Author(s)
      Hamaguchi, H., Matsui, T.S., Deguchi, S., Furuichi, Y., Fujii, N.L., Manabe, Y.
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 12 Pages: 13818

    • DOI

      10.1038/s41598-022-17548-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Analysis of chemomechanical behavior of stress fibers by continuum mechanics-based FRAP2022

    • Author(s)
      Saito, T., Matsunaga, D., Deguchi, S.
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 121 Pages: 2921-2930

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2022.06.032

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Polarized light retardation analysis allows for the evaluation of tension in individual stress fibers2022

    • Author(s)
      Sugita, S., Hozaki, M., Matsui, T.S., Nagayama, K., Deguchi, S., Nakamura, M.
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 620 Pages: 49-55

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.06.066

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Inner nuclear membrane protein, SUN1, is required for cytoskeletal force generation and focal adhesion maturation2022

    • Author(s)
      Ueda, N., Maekawa, M., Matsui, T.S., Deguchi, S., Takata, T., Katahira, J., Higashiyama, S., Hieda, M.
    • Journal Title

      Frontiers in Cell and Developmental Biology

      Volume: 10 Pages: 885859

    • DOI

      10.3389/fcell.2022.885859

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Wrinkle force microscopy: a machine learning based approach to predict cell mechanics from images2022

    • Author(s)
      Li, H., Matsunaga, D., Matsui, T.S., Aosaki, H., Kinoshita, Inoue, K., Doostmohammadi, A., Deguchi, S.
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: 361

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03288-x

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Analysis of senescence-responsive stress fiber proteome reveals reorganization of stress fibers mediated by elongation factor eEF2 in HFF-1 cells2022

    • Author(s)
      Liu, S., Matsui, T.S., Kang, N., Deguchi, S.
    • Journal Title

      Molecular Biology of the Cell

      Volume: 33 Pages: ar10, 1-11

    • DOI

      10.1091/mbc.E21-05-0229

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] エントロピーエントロピー2022

    • Author(s)
      出口真次
    • Organizer
      第33回バイオフロンティア講演会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞の力の恒常性と適応2022

    • Author(s)
      出口真次
    • Organizer
      九州大学・先導研非常勤講師講演会
    • Invited
  • [Presentation] Machine learning approach to predicting cell mechanics from images2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi
    • Organizer
      Department Seminar (Programa de Doctorado en Biolog; Celulary Biomedicina, Facultad de Medicina y Ciencia)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Cellular force predicted by machine learning for mechanobiology and drug screening2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi
    • Organizer
      Seminario extraordinario, Universidad de los Andes
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Evaluating cellular force using machine learning for mechanobiology and drug screening2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi
    • Organizer
      1st Annual IIBM PhD Symposium: “Advances in Biological and Medical Engineering”, Pontifical Universidad Catlica de Chile
    • Invited
  • [Presentation] ゆらぎの定理に基づく細胞張力ホメオスタシスに関する研究2022

    • Author(s)
      出口真次, 上田唯花
    • Organizer
      第60回 日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Proteome of stress fibers2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi
    • Organizer
      Mechanical Science and Bioengineering Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Machine learning-based traction force microscopy2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi, Honghan Li, Daiki Matsunaga
    • Organizer
      9th World Congress of Biomechanics 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Proteomic analysis of actin stress fibers2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi, Shiyou Liu, Tsubasa S. Matsui, Na Kang, Pirawan Chantachotikul
    • Organizer
      9th World Congress of Biomechanics 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 機械学習による細胞発生力の推定2022

    • Author(s)
      出口真次, 李泓翰, 松永大樹
    • Organizer
      第61回日本生体医工学会大会2022,
    • Invited
  • [Presentation] 細胞張力ホメオスタシスの熱・統計力学2022

    • Author(s)
      出口真次,上田唯花,松永大樹
    • Organizer
      第34回バイオエンジニアリング講演会
    • Invited
  • [Presentation] Bridging the hierarchies between cells and the cytoskeleton: Thermodynamics, statistical mechanics, and non-equilibrium physics2022

    • Author(s)
      Shinji Deguchi, Yuika Ueda, Daiki Matsunaga
    • Organizer
      55th Annual Meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 常在収縮力計測による多能性幹細胞の分化状態評価2022

    • Author(s)
      出口真次, オケヨ・ケネディ・オモンディ, 松永大樹, 松井翼
    • Organizer
      「再生医学・再生医療の先端 合的共同研究拠点」「ウイルス感染症・生命科学 先端 合的共同研究拠点」2021年度共同研究合同報告会
    • Invited
  • [Remarks] 大阪大学大学院基礎工学研究科・出口研究室

    • URL

      http://mbm.me.es.osaka-u.ac.jp

URL: 

Published: 2023-12-25  

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