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2023 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝子ネットワークを制御する分子の開発と細胞への応用

Research Project

Project/Area Number 21H04705
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

杉山 弘  京都大学, 高等研究院, 研究員 (50183843)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 板東 俊和  京都大学, 理学研究科, 准教授 (20345284)
ナマシヴァヤム パンディアン  京都大学, 高等研究院, 講師 (20625446)
Project Period (FY) 2021-04-05 – 2024-03-31
Keywords遺伝子発現制御 / ヌクレオソーム / DNAナノ構造体 / AFM解析
Outline of Annual Research Achievements

本研究提案は、ヌクレオソームを中心とした遺伝子発現の機構を1分子レベルの可視化技術を通じて解明することを目的とする。そのために、まずヌクレオソームの空間配置や相互作用から生まれる遺伝子発現の動態の可視化と機構の解明を行い、遺伝子ネットワークを制御するための新たな分子の開発と細胞への応用を進めている。
令和5年度の主な研究成果を以下に挙げる。(1) 塩田らとの共同研究として、環状ポリアミド分子のCAG/CTG繰り返しDNA配列に対する特異的な結合性による疾患細胞に与える影響を解析評価し、特異的な転写伸長阻害を確認した。同様の効果は、疾患発症マウスにおいても観察されており、研究成果をまとめ論文として報告した。その結果、疾患要因となっているRNA、タンパク質レベルでの特異的に抑制する結合性リガンドの開発が大きく進んだといえる。(2)遠藤らとの共同研究として、origami技術を基盤とする単分子観測研究を展開して、リボザイム機能を持った拡張型RNAナノ構造体の開発を進め、研究成果を報告した。(3) 上久保らとの共同研究として、Runx結合配列を標的としたDNAを配列特異的に損傷するポリアミド誘導体を用いて、p53変異配列をもつヒト腫瘍細胞に対する増殖抑制効果を解析評価した。
加えて、本研究課題の最終年度に当たって、1) 遺伝子ネットワークを制御するための機能分子開発や2) origami技術を基盤とするDNAナノ構造の構築技術、3) 核酸を基盤とする小分子を用いて免疫抑制を志向した特異的な転写抑制技術への応用をまとめたreviewを報告した。
本研究課題の成果として、これまでの研究成果によって、分子レベルでの遺伝子発現に関する機構解明や、遺伝子ネットワークを制御する機能分子開発が進んだと考える。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (7 results)

All 2023

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results)

  • [Journal Article] Nucleic acid‐based small molecules as targeted transcription therapeutics for immunoregulation2023

    • Author(s)
      Bai Dan、Ziadlou Reihane、Vaijayanthi Thangavel、Karthikeyan Subramani、Chinnathambi Shanmugavel、Parthasarathy Anutthaman、Cai Li、Br?ggen Marie‐Charlotte、Sugiyama Hiroshi、Pandian Ganesh N.
    • Journal Title

      Allergy

      Volume: 79 Pages: 843~860

    • DOI

      10.1111/all.15959

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A cyclic pyrrole-imidazole polyamide reduces pathogenic RNA in CAG/CTG triplet repeat neurological disease models2023

    • Author(s)
      Ikenoshita Susumu、Matsuo Kazuya、Yabuki Yasushi、Kawakubo Kosuke、Asamitsu Sefan、Hori Karin、Usuki Shingo、Hirose Yuki、Bando Toshikazu、Araki Kimi、Ueda Mitsuharu、Sugiyama Hiroshi、Shioda Norifumi
    • Journal Title

      Journal of Clinical Investigation

      Volume: 133 Pages: e164792

    • DOI

      10.1172/JCI164792

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Expansion of Catalytic RNA Nanostructures through Oligomerization of a Cyclic Trimer of Engineered Ribozymes2023

    • Author(s)
      Siddika Mst. Ayesha、Oi Hiroki、Hidaka Kumi、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki、Matsumura Shigeyoshi、Ikawa Yoshiya
    • Journal Title

      Molecules

      Volume: 28 Pages: 6465~6465

    • DOI

      10.3390/molecules28186465

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isothermal self-assembly of multicomponent and evolutive DNA nanostructures2023

    • Author(s)
      Rossi-Gendron Caroline、El Fakih Farah、Bourdon Laura、Nakazawa Koyomi、Finkel Julie、Triomphe Nicolas、Chocron L?a、Endo Masayuki、Sugiyama Hiroshi、Bellot Ga?tan、Morel Mathieu、Rudiuk Sergii、Baigl Damien
    • Journal Title

      Nature Nanotechnology

      Volume: 18 Pages: 1311~1318

    • DOI

      10.1038/s41565-023-01468-2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Pyrrole?Imidazole Polyamides ? A Frontrunner in Nucleic Acid‐Based Small Molecule Drugs2023

    • Author(s)
      Vaijayanthi Thangavel、Pandian Ganesh N.、Sugiyama Hiroshi
    • Journal Title

      Advanced Therapeutics

      Volume: 6 Pages: 2300022

    • DOI

      10.1002/adtp.202300022

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Corrigendum to “Chlorambucil-conjugated PI-polyamide (Chb-M’), a transcription inhibitor of the RUNX family, has anti-tumor activity against SHH-type medulloblastoma with p53 mutation” [Biochem. Biophys. Res. Commun. 620 (10 September 2022) 150?157]2023

    • Author(s)
      Matsui Yasuzumi、Mineharu Yohei、Noguchi Yuki、Hattori Etsuko Yamamoto、Kubota Hirohito、Hirata Masahiro、Miyamoto Susumu、Sugiyama Hiroshi、Arakawa Yoshiki、Kamikubo Yasuhiko
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 656 Pages: 146~147

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.03.022

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Two-Dimensional DNA Origami Lattices Assembled on Lipid Bilayer Membranes2023

    • Author(s)
      Suzuki Yuki、Sugiyama Hiroshi、Endo Masayuki
    • Journal Title

      Methods in Molecular Biology

      Volume: - Pages: 83~90

    • DOI

      10.1007/978-1-0716-3028-0_5

    • Peer Reviewed

URL: 

Published: 2024-12-25  

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