• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2021 Fiscal Year Annual Research Report

Significance and mechanism of mutually exclusive inactive histone marks

Research Project

Project/Area Number 21H04764
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

木村 宏  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (30241392)

Project Period (FY) 2021-04-05 – 2025-03-31
Keywordsクロマチン / エピジェネティクス / ヘテロクロマチン
Outline of Annual Research Achievements

トリメチル化H3K27me3(H3K27me3)が濃縮されるクロマチン領域に強制的にH3K9のトリメチル化を導入するため、まずFK506 binding protein(FKBP)とFKBP-rapamycin binding protein(FRB)を用いたリガンド依存的に二量体形成を誘導する系を用いた。H3K27me3特異的な細胞内抗体(H3K27me3-mintbody)にFKBPを融合した蛋白質H3K27me3-mintbody-FKBPとH3K9のトリメチル化酵素のメチル化活性ドメインにFRBを融合した蛋白質(Suv39H-SET-FRB)を不活性X染色体を持つマウス細胞に同時に発現させた。ラパマイシンを添加して二量体形成を誘導して数時間後には、H3K27me3-mintbodyが濃縮する不活性X染色体上にH3K9me3が濃縮される細胞が見られた。この系ではSuv39H-SET-FRBの発現量を適切にコントロールする必要があり、また、メチル化の導入は数時間にわたって行われることから、二量体形成系ではなく、単純にH3K27me3-mintbodyとSuv39H-SETを融合した蛋白質を発現させるだけでH3K9me3が導入できると考えられた。実際、一過性の発現で不活性X染色体上にH3K9me3の集積が見られた。
また、生細胞でH3K9me3が濃縮する部位を可視化できるプローブとして、H3K9me3と結合するヘテロクロマチンタンパク質1(HP1)を認識する生細胞プローブを開発を進めた。ヒストンH4K20のトリメチル化酵素であるSuv420H2のヘテロクロマチン局在部位の詳細について解析し、その領域にはHP1に結合するモチーフが3つ存在することをつきとめた。N末端の2つのHP1結合モチーフを含む配列は、ヘテロクロマチンに強く結合しすぎることから、生細胞プローブにはあまり適さないと考えられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初考えていた二量体誘導系は、2種類の蛋白質を適切な量で発現する細胞を選ぶのが難しく、想定よりも時間がかかった。しかし、メチル化される速度は遅いことから、融合タンパク質の発現に切り替ても問題がないことがわかった。
ヘテロクロマチンプローブの開発に関しても、当初進めていたSuv420H2のN末端側の配列は、強く結合しすぎるために、生細胞にはあまり適さないと考えられた。

Strategy for Future Research Activity

融合蛋白質をドキシサイクリンにより誘導できる細胞株を樹立してH3K27me3が濃縮される場所にH3K9me3の導入を行い、細胞の表現型やクロマチン状態を解析する。また、融合蛋白質の発現を抑制した後に、H3K9me3とH3K27me3のどちらが維持されるのかについて解析する。また、ヘテロクロマチンプローブとして、Suv420H2のC末端側の解析を進める。

  • Research Products

    (21 results)

All 2023 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (12 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 10 results) Presentation (2 results) (of which Invited: 1 results) Remarks (5 results)

  • [Int'l Joint Research] Hubrecht Institute(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      Hubrecht Institute
  • [Int'l Joint Research] Memorial Sloan Kettering Cencer Center/Colorado State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Memorial Sloan Kettering Cencer Center/Colorado State University
  • [Journal Article] Epigenetic plasticity safeguards heterochromatin configuration in mammals2023

    • Author(s)
      Fukuda Kei、Shimi Takeshi、Shimura Chikako、Ono Takao、Suzuki Takehiro、Onoue Kenta、Okayama Satoko、Miura Hisashi、Hiratani Ichiro、Ikeda Kazuho、Okada Yasushi、Dohmae Naoshi、Yonemura Shigenobu、Inoue Azusa、Kimura Hiroshi、Shinkai Yoichi
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: - Pages: gkad387

    • DOI

      10.1093/nar/gkad387

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Live-cell tracking of γ-H2AX kinetics reveals the distinct modes of ATM and DNA-PK in the immediate response to DNA damage2023

    • Author(s)
      Trakarnphornsombat Watanya、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 136 Pages: jcs260698

    • DOI

      10.1242/jcs.260698

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The role of H3K9me3 in oral squamous cell carcinoma2023

    • Author(s)
      Tanaka Misako、Harada Hiroyuki、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 640 Pages: 56~63

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.11.102

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity2022

    • Author(s)
      Ohishi Hiroaki、Shimada Seiru、Uchino Satoshi、Li Jieru、Sato Yuko、Shintani Manabu、Owada Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Pertsinidis Alexandros、Yamamoto Takashi、Kimura Hiroshi、Ochiai Hiroshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 7672

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35286-2

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Single-cell profiling of transcriptome and histone modifications with EpiDamID2022

    • Author(s)
      Rang Franka J.、de Luca Kim L.、de Vries Sandra S.、Valdes-Quezada Christian、Boele Ellen、Nguyen Phong D.、Guerreiro Isabel、Sato Yuko、Kimura Hiroshi、Bakkers Jeroen、Kind Jop
    • Journal Title

      Molecular Cell

      Volume: 82 Pages: 1956~1970.e14

    • DOI

      10.1016/j.molcel.2022.03.009

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Imaging transcription elongation dynamics by new technologies unveils the organization of initiation and elongation in transcription factories2022

    • Author(s)
      Kimura Hiroshi、Sato Yuko
    • Journal Title

      Current Opinion in Cell Biology

      Volume: 74 Pages: 71~79

    • DOI

      10.1016/j.ceb.2022.01.002

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Nucleoplasmic lamin C rapidly accumulates at sites of nuclear envelope rupture with BAF and cGAS2022

    • Author(s)
      Kono Yohei、Adam Stephen A.、Sato Yuko、Reddy Karen L.、Zheng Yixian、Medalia Ohad、Goldman Robert D.、Kimura Hiroshi、Shimi Takeshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 221 Pages: e202201024

    • DOI

      10.1083/jcb.202201024

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] クロマチンの高次構造と転写制御2022

    • Author(s)
      後藤尚紀、木村 宏
    • Journal Title

      遺伝子医学

      Volume: 12 Pages: 135-140

  • [Journal Article] Visualizing looping of two endogenous genomic loci using synthetic zinc‐finger proteins with anti‐FLAG and anti‐HA frankenbodies in living cells2021

    • Author(s)
      Liu Yang、Zhao Ning、Kanemaki Masato T.、Yamamoto Yotaro、Sadamura Yoshifusa、Ito Yuma、Tokunaga Makio、Stasevich Timothy J.、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Genes to Cells

      Volume: 26 Pages: 905~926

    • DOI

      10.1111/gtc.12893

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Live-cell imaging probes to track chromatin modification dynamics2021

    • Author(s)
      Sato Yuko、Nakao Masaru、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Microscopy

      Volume: 70 Pages: 415~422

    • DOI

      10.1093/jmicro/dfab030

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Live imaging of transcription sites using an elongating RNA polymerase II-specific probe2021

    • Author(s)
      Uchino Satoshi、Ito Yuma、Sato Yuko、Handa Tetsuya、Ohkawa Yasuyuki、Tokunaga Makio、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Biology

      Volume: 221 Pages: e202104134

    • DOI

      10.1083/jcb.202104134

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] ヒストン修飾2021

    • Author(s)
      田中美佐子、木村 宏
    • Journal Title

      遺伝子医学MOOK

      Volume: 36 Pages: 27-30

  • [Presentation] 生細胞プローブを用いた不活性化X染色体動態と転写制御の解析2021

    • Author(s)
      20.佐藤優子, 内野哲志, 伊藤由馬, 前原一満, 大川恭行, 徳永万喜洋, 木村宏
    • Organizer
      日本生化学会大会
  • [Presentation] Gene regulation and chromatin dynamics in living cells2021

    • Author(s)
      Hiroshi Kimura
    • Organizer
      The 79th of Annual Meeting of the Japanese Cancer Association
    • Invited
  • [Remarks] 東工大 木村研究室

    • URL

      http://kimura-lab.bio.titech.ac.jp/

  • [Remarks] 東工大 細胞制御工学研究センター

    • URL

      http://www.rcb.iir.titech.ac.jp/index.html

  • [Remarks] 東工大 リサーチデポジトリ T2R2

    • URL

      https://t2r2.star.titech.ac.jp/cgi-bin/researcherinfo.cgi?q_researcher_content_number=CTT100673940

  • [Remarks] リサーチマップ 木村宏

    • URL

      https://researchmap.jp/hiroshikimura

  • [Remarks] ORCID Hiroshi Kimura

    • URL

      https://orcid.org/0000-0003-0854-083X

URL: 

Published: 2023-12-25  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi