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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Significance and mechanism of mutually exclusive inactive histone marks

Research Project

Project/Area Number 21H04764
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

木村 宏  東京工業大学, 科学技術創成研究院, 教授 (30241392)

Project Period (FY) 2021-04-05 – 2025-03-31
Keywordsクロマチン / エピジェネティクス / ヘテロクロマチン
Outline of Annual Research Achievements

ヒストンH3K27のトリメチル化(H3K27me3)とクロマチンにH3K9のトリメチル化(H3K9me3)の排他性を明らかにするために、H3K27me3が濃縮される場所にH3K9me3を導入する系を作製している。昨年度の研究で、ラパマイシンを用いた二量体化の誘導によりH3K27me3が濃縮される不活性X染色体上にH3K9me3を導入できることが明らかになった。また、その時間経過は比較的ゆっくりであったことから、必ずしも二量体化誘導系を用いる必要はないということがわかった。そこで、H3K27me3特異的細胞内抗体(H3K27me3-mintbody)にH3K9のトリメチル化酵素Suv39H2のメチル化活性(SET)ドメインを融合した蛋白質(H3K27me3-mintbody-Suv39H2(SET))、及び、メチル化活性をもたないSETドメインの変異体(methyltransferase-deficient SET; dSET)を融合し蛋白質(H3K27me3-mintbody-Suv39H2(dSET))をドキシサイクリン依存的に発現するマウス細胞株を樹立した。H3K27me3-mintbody-Suv39H2(SET)の発現をドキシサイクリンで誘導すると数時間後に蛍光が見られ、不活性X染色体上への局在も確認できた。現在、細胞の表現型の解析を進めている。
生細胞でH3K9me3が濃縮する部位を可視化できるプローブに関しては、Suv420H2のヘテロクロマチン局在化ドメイン中のヘテロクロマチン蛋白質1(HP1)に結合部位を用いて開発を進めている。これまでの研究でN末端側のHP1結合モチーフを含む領域は結合力が強すぎて生細胞プローブに向かないことがわかったが、今回、C末端側の結合モチーフを含む領域が適度にHP1に結合すること示すことができた。このC末端側の30アミノ酸程度の領域は、生細胞中のクロマチン状態に影響を与えずに、HP1を介してH3K9me3の局在解析に使用できると考えられた。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

当初の予定では、H3K27me3が濃縮する部位へH3K9me3を導入した細胞での表現型やクロマチン状態を当該年度に解析できると考えていた。しかしながら、細胞の樹立に時間がかかったことや顕微鏡の使用時間等の制限から、若干遅れが生じている。しかし、細胞の表現系やクロマチン構造の解析系はすでに確立していることから、来年度に遅れを取り戻すことができると考えている。一方、ヘテロクロマチン可視化プローブの開発に関しては、順調に進んでいる。

Strategy for Future Research Activity

これまでに樹立した細胞を用いて、解析を加速していく。顕微鏡の使用時間についても、使用料金はかかるが比較的混み合っていない超解像顕微鏡を用いるなど、効率化を図る。また、ヘテロクロマチン可視化プローブがH3K27me3-mintbody-Suv39H2(SET)発現細胞にも使用できるかどうかを検討する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 4 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 6 results) Remarks (5 results)

  • [Int'l Joint Research] Hubrecht Institute(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      Hubrecht Institute
  • [Int'l Joint Research] Memorial Sloan Kettering Cencer Center/Colorado State University(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      Memorial Sloan Kettering Cencer Center/Colorado State University
  • [Int'l Joint Research] Lausanne University(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      Lausanne University
  • [Journal Article] Epigenetic plasticity safeguards heterochromatin configuration in mammals2023

    • Author(s)
      Fukuda Kei、Shimi Takeshi、Shimura Chikako、Ono Takao、Suzuki Takehiro、Onoue Kenta、Okayama Satoko、Miura Hisashi、Hiratani Ichiro、Ikeda Kazuho、Okada Yasushi、Dohmae Naoshi、Yonemura Shigenobu、Inoue Azusa、Kimura Hiroshi、Shinkai Yoichi
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: - Pages: gkad387

    • DOI

      10.1093/nar/gkad387

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Live-cell tracking of γ-H2AX kinetics reveals the distinct modes of ATM and DNA-PK in the immediate response to DNA damage2023

    • Author(s)
      Trakarnphornsombat Watanya、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 136 Pages: jcs260698

    • DOI

      10.1242/jcs.260698

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The role of H3K9me3 in oral squamous cell carcinoma2023

    • Author(s)
      Tanaka Misako、Harada Hiroyuki、Kimura Hiroshi
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 640 Pages: 56~63

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2022.11.102

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] STREAMING-tag system reveals spatiotemporal relationships between transcriptional regulatory factors and transcriptional activity2022

    • Author(s)
      Ohishi Hiroaki、Shimada Seiru、Uchino Satoshi、Li Jieru、Sato Yuko、Shintani Manabu、Owada Hitoshi、Ohkawa Yasuyuki、Pertsinidis Alexandros、Yamamoto Takashi、Kimura Hiroshi、Ochiai Hiroshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 13 Pages: 7672

    • DOI

      10.1038/s41467-022-35286-2

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] クロマチン修飾と転写の生細胞ダイナミクス2023

    • Author(s)
      木村 宏
    • Organizer
      第4回ゲノム生物物理学セミナー
    • Invited
  • [Presentation] Dynamics of chromatin organization and transcription in early zebrafish embryos2023

    • Author(s)
      Hiroshi Kimura
    • Organizer
      RIKEN BDR Symposium 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of histone RNA polymerase II modifications in living cells2022

    • Author(s)
      Hiroshi Kimura
    • Organizer
      EMBO Workshop “Nuclear structure and dynamics”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Dynamics of histone and RNA polymerase II modifications in living cells2022

    • Author(s)
      Hiroshi Kimura
    • Organizer
      Japan-UK Regulation through Chromatin Conference 2022
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Histone modification dynamics during transcription activation in living cells and embryos2022

    • Author(s)
      Hiroshi Kimura
    • Organizer
      Gordon Research Conference “Chromatin Structure and Function: Chromatin Modifications, RNA and Metabolism”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Chromatin domain organization and dynamics in zebrafish embryos as revealed by live-cell imaging2022

    • Author(s)
      Hiroshi Kimura
    • Organizer
      EMBO Workshop “Awakening of the genome: The maternal-to-zygotic transition”
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 東工大 木村研究室

    • URL

      http://kimura-lab.bio.titech.ac.jp/

  • [Remarks] 東工大 細胞制御工学研究センター

    • URL

      http://www.rcb.iir.titech.ac.jp/index.html

  • [Remarks] 東工大 リサーチデポジトリ T2R2

    • URL

      https://t2r2.star.titech.ac.jp/cgi-bin/researcherinfo.cgi?q_researcher_content_number=CTT100673940

  • [Remarks] リサーチマップ 木村宏

    • URL

      https://researchmap.jp/hiroshikimura

  • [Remarks] ORCID Hiroshi Kimura

    • URL

      https://orcid.org/0000-0003-0854-083X

URL: 

Published: 2023-12-25  

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