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2021 Fiscal Year Annual Research Report

革新的な機能調節化合物の創製による概日時計システムの統合的な理解と制御

Research Project

Project/Area Number 21H04766
Research InstitutionNagoya University

Principal Investigator

廣田 毅  名古屋大学, トランスフォーマティブ生命分子研究所, 特任准教授 (50372412)

Project Period (FY) 2021-04-05 – 2024-03-31
Keywords概日時計 / ケミカルバイオロジー / 時計タンパク質 / 化合物 / 構造解析
Outline of Annual Research Achievements

概日時計は多様な生理機能の日内リズムを支配し、その攪乱は睡眠障害などの現代疾患に関連する。本研究は概日時計の分子解析から、生物がどのように時間を計るのかという本質的な謎を解明し、概日リズムの変調と諸疾患を時間の観点から理解することを目指す。この重要課題に対して、時計機能の操作技術の開発が突破口を開くと考え、ケミカルバイオロジーを応用した研究を行う。申請者が世界に先駆けて発見した独自の時計調節化合物を用い、新たな時計タンパク質の発見や、概日リズムの時空間制御を可能にする新技術を開発する。これらの革新的な技術を用いて、結晶構造解析による分子メカニズム解析から組織・個体における機能制御を統合的に行い、従来の分子遺伝学研究を超えて概日時計システムの作動原理を徹底解剖する。本年度は光スイッチであるアゾベンゼンを時計調節化合物のlongdaysinに導入した化合物を用いて、CKIの活性と細胞集団の概日リズム周期を光によって可逆的に制御することに成功した。さらに、CRY1とCRY2のそれぞれにアイソフォーム選択的に作用する化合物のKL101とTH301について、化合物結合ポケットにおける内在的な違いに注目して構造解析を進めた。その結果、ゲートキーパーと名付けたトリプトファンの向きの違いがアイソフォーム選択性を生み出すことを見出した。すなわち、トリプトファンがCRY1では外に、CRY2では内に向いており、それぞれのトリプトファンと特異的に相互作用しているアミノ酸をアラニンに置換したところ、KL101とTH301への選択性が逆転することを明らかにした。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

下記のように研究2および研究3において当初の計画以上に研究が進展した。
研究2では、概日時計の周期を強力に延長する化合物として以前に見出したlongdaysinに対して光スイッチであるアゾベンゼンを導入した誘導体を多数開発し、それらの中から標的タンパク質であるCKIの活性を光による構造変化に依存して可逆的に抑制する化合物を見出した。さらに、この化合物を培養したヒト細胞に投与して光照射を行うことにより、概日リズムを集団レベルにおいて可逆的に変化させることに成功した。
研究3では、CRY1とCRY2のそれぞれのアイソフォームに選択的に作用する化合物として以前に見出したKL101とTH301を用い、選択性を生み出す分子基盤に迫った。化合物と相互作用するアミノ酸の配列はCRY1とCRY2の間で同一であったものの、側鎖の向きが異なることを見出した。さらに、化合物と結合していないアポ型のCRY1とCRY2の結晶構造を決定することで、ゲートキーパーと名付けたトリプトファンの向きの違いがCRYアイソフォームに内在的であることを明らかにした。それぞれのトリプトファンと特異的に相互作用するアミノ酸をアラニンに置換することにより、ゲートキーパーがKL101とTH301の選択性を決定していることを機能的にも示した。

Strategy for Future Research Activity

研究1-3において、計画通りに研究を推進する。
研究1では新規の概日時計調節化合物について、作用機序の解析を進める。アフィニティープローブの開発を進めると共に、時計タンパク質と化合物の相互作用を熱安定性の変化によって検出する系を用いた解析を行う。
研究2では概日リズムの一細胞レベルでのイメージングシステムを用いてヒト細胞を培養し、これまでに開発した光スイッチ化合物を投与して局所的な光照射を行うことにより、概日リズムの空間的な制御を試みる。そのための光照射条件などの検討を行う。
研究3ではCRY1とCRY2のアイソフォーム選択性に注目した機能および構造解析を進める。特にゲートキーパーの役割に関して、KL101やTH301以外の化合物についての解析を行う。CRYに作用する化合物のアイソフォーム選択性の精査、CRYタンパク質との複合体の結晶構造解析、およびゲートキーパーに影響を与える変異体の機能解析を組み合わせる。

  • Research Products

    (17 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Groningen(オランダ)

    • Country Name
      NETHERLANDS
    • Counterpart Institution
      University of Groningen
  • [Int'l Joint Research] University of Southern California(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      University of Southern California
  • [Int'l Joint Research] Indian Institute of Technology(インド)

    • Country Name
      INDIA
    • Counterpart Institution
      Indian Institute of Technology
  • [Journal Article] Phosphorylation of RNA Polymerase II by CDKC;2 Maintains the Arabidopsis Circadian Clock Period2022

    • Author(s)
      Uehara Takahiro N、Nonoyama Takashi、Taki Kyomi、Kuwata Keiko、Sato Ayato、Fujimoto Kazuhiro J、Hirota Tsuyoshi、Matsuo Hiromi、Maeda Akari E、Ono Azusa、Takahara Tomoaki T、Tsutsui Hiroki、Suzuki Takamasa、Yanai Takeshi、Kay Steve A、Itami Kenichiro、Kinoshita Toshinori、Yamaguchi Junichiro、Nakamichi Norihito
    • Journal Title

      Plant and Cell Physiology

      Volume: 63 Pages: 450~462

    • DOI

      10.1093/pcp/pcac011

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Effects of cryptochrome-modulating compounds on circadian behavioural rhythms in zebrafish2022

    • Author(s)
      Iida Mui、Nakane Yusuke、Yoshimura Takashi、Hirota Tsuyoshi
    • Journal Title

      The Journal of Biochemistry

      Volume: 171 Pages: 501~507

    • DOI

      10.1093/jb/mvab096

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural and Chemical Biology Approaches Reveal Isoform-Selective Mechanisms of Ligand Interactions in Mammalian Cryptochromes2022

    • Author(s)
      Miller Simon、Hirota Tsuyoshi
    • Journal Title

      Frontiers in Physiology

      Volume: 13 Pages: 837280

    • DOI

      10.3389/fphys.2022.837280

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reversible modulation of circadian time with chronophotopharmacology2021

    • Author(s)
      Kolarski Dusan、Miro-Vinyals Carla、Sugiyama Akiko、Srivastava Ashutosh、Ono Daisuke、Nagai Yoshiko、Iida Mui、Itami Kenichiro、Tama Florence、Szymanski Wiktor、Hirota Tsuyoshi、Feringa Ben L.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: 3164

    • DOI

      10.1038/s41467-021-23301-x

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural differences in the FAD-binding pockets and lid loops of mammalian CRY1 and CRY2 for isoform-selective regulation2021

    • Author(s)
      Miller Simon、Srivastava Ashutosh、Nagai Yoshiko、Aikawa Yoshiki、Tama Florence、Hirota Tsuyoshi
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 118 Pages: e2026191118

    • DOI

      10.1073/pnas.2026191118

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Modulation of circadian clock by crude drug extracts used in Japanese Kampo medicine2021

    • Author(s)
      Zhang Manhui、Kobayashi Kohei、Atsumi Haruki、Katada Yuma、Nakane Yusuke、Chen Junfeng、Nagano Ryo、Kadofusa Naoya、Nishiwaki-Ohkawa Taeko、Kon Naohiro、Hirota Tsuyoshi、Sato Ayato、Makino Toshiaki、Yoshimura Takashi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 11 Pages: 21038

    • DOI

      10.1038/s41598-021-00499-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] 体内時計のケミカルバイオロジー研究と創薬の可能性2021

    • Author(s)
      廣田 毅、松田 智宏
    • Journal Title

      MEDCHEM NEWS

      Volume: 31 Pages: 62~67

    • DOI

      10.14894/medchem.31.2_62

  • [Journal Article] 概日時計を標的とした化合物と創薬の最前線2021

    • Author(s)
      飯田 夢惟、廣田 毅
    • Journal Title

      Medical Science Digest

      Volume: 47 Pages: 23~25

  • [Journal Article] Structural insights into isoform-selective regulators of mammalian Cryptochromes2021

    • Author(s)
      Miller Simon、Hirota Tsuyoshi
    • Journal Title

      SPring-8 /SACLA Research Frontiers 2020

      Volume: - Pages: 22~23

    • Open Access
  • [Presentation] Isoform-selective compounds for mammalian CRY proteins2021

    • Author(s)
      Tsuyoshi Hirota
    • Organizer
      5th Asian Forum on Chronobiology
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 低分子化合物を用いた概日時計タンパク質の機能制御の最先端2021

    • Author(s)
      廣田 毅
    • Organizer
      日本睡眠学会第46回定期学術集会
    • Invited
  • [Presentation] 哺乳類の階層時計システムの理解に向けた時計タンパク質の調節化合物の開発2021

    • Author(s)
      廣田 毅
    • Organizer
      第28回日本時間生物学会学術大会
    • Invited
  • [Presentation] Chemical biology of the circadian clock and its potential to improve health2021

    • Author(s)
      Tsuyoshi Hirota
    • Organizer
      The 94th Japanese Biochemical Society Meeting
    • Invited
  • [Remarks] 名古屋大学トランスフォーマティブ生命分子研究所Kay-廣田グループ

    • URL

      http://www.itbm.nagoya-u.ac.jp/ja/kay-hirota_group/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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