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2022 Fiscal Year Annual Research Report

スクランブラーゼの作用機構とフリッパーゼの基質特異性の解明

Research Project

Project/Area Number 21H04770
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

長田 重一  大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任教授(常勤) (70114428)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 瀬川 勝盛  東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (20542971)
櫻木 崇晴  大阪大学, 免疫学フロンティア研究センター, 特任助教(常勤) (10867906)
Project Period (FY) 2021-04-05 – 2024-03-31
Keywordsフリッパーゼ / スクランブラーゼ / リン脂質 / 三次構造 / 基質特異性
Outline of Annual Research Achievements

フォスファチジルセリン(PtdSer) はフリッパーゼの作用により細胞膜内層に局在する。このリン脂質の非対称的な局在は様々な生物現象でスクランブラーゼの作用により崩壊する。私達は 細胞膜に存在する2個のP4-ATPases (ATP11AとATP11C) をフリッパーゼとして、TMEM16FおよびXKR8 をCa2+あるいはカスパーゼによって活性化されるスクランブラーゼとして同定した。炎症組織やがん組織では数多くの細胞がネクローシスに陥り、ATPが遊離、組織内のATP濃度は数百μMに達する。この高濃度のATPはATP受容体P2X7に結合、PtdSerを暴露させると共に細胞を死滅させる。CRISPR/ Cas9 systemを用いてこの過程に関与する分子をscreeningした結果、neuroacanthocytosis (神経有棘赤血球症) の原因遺伝子として知られている膜タンパク質 XKとlipid transporter VPS13A を同定、これらの分子は細胞膜上で会合していることを見出した。
ATP11A 遺伝子欠損マウスは胚発生途上で死滅する。生体の殆どの組織でATP11AとATP11C遺伝子は発現していたが、胎盤ではATP11Aは強く発現しているがATP11C遺伝子の発現は全くみられなかった。一方、ATP11A遺伝子を胚 (epiblast)でのみ欠損させるとATP11A欠損マウスは正常に誕生したことから、ATP11Aノックアウトマウスは胎盤に異常があると考えられた。実際、胎盤ラビリンス層が未発達であり、合胞体栄養膜細胞の異形成や多数の死細胞が観察された。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

A)ATP刺激によるPtdSer暴露の分子機構
P2X7を発現するマウスT リンパ球株を高濃度のATPで処理すると細胞は速やかにPtdSerを暴露する。この細胞にCas9 とGECKO sgRNA libraryを導入、ATPの刺激でのPtdSer 暴露が減少した細胞集団をFACSにより分別した。ついで、その染色体DNAを次世代sequencingで解析、Eros, XK, VPS13A 遺伝子を同定した。ErosはP2X7 の細胞膜への局在に必須のシャペロンとして機能した。XKはXKR8と同じfamilyに属するタンパク質である。一方、VPS13Aは細胞内小器官の間で脂質を交換するlipid transporterとして報告されていた。私達はXKとVPS13Aが細胞膜上で複合体を形成すること、この複合体がATPによるPtdSerの暴露、細胞死に必須であることを見出した。

B) ATP11A フリッパーゼの胎盤・合胞体栄養膜細胞形成への寄与
ATP11A ホモ欠損マウスは胚発生の途上 (E14.5-E17.5) 、心臓の異常により死滅した。しかし、心筋細胞特異的なATP11Aノックアウトを作成したが、マウスは正常に発達した。さらに、Sox2-CRE マウスと掛け合わせ、胚特異的にATP11Aを欠損させてもマウスは正常に誕生した。そこでATP11A 欠損マウスの胎盤の形態を光学顕微鏡、電子顕微鏡で観察したところ、ラビリンス領域に異常が見られ、細胞融合によって形成されるべき合胞体栄養膜細胞の形成が不十分であった。以上より、ATP11Aノックアウトマウスでは胎盤の機能が大幅に低下し、これが胚の心臓の発達異常をもたらしたと結論した。

Strategy for Future Research Activity

本年度の研究でATPによるP2X7を介したPtdSerの暴露、細胞死にVPS13Aと複合体を形成したXKが関与していることが明らかとなった。XKはXKR8と同等の三次構造を持つが単独ではスクランブラーゼ活性を持たず、VPS13A を必須とする。XKとVPS13Aがどのように相互作用するかこれら分子に種々の変異体を作成し、検討する。ところで、XKはMcLeod Syndromeと呼ばれる神経有棘赤血球症 (neuroacanthocytosis) の原因遺伝子であり、VPS13Aの欠損もMcLeod Syndromeと同等の疾患を起こす。それでは、この疾患の原因がVPS13AやXK遺伝子の変異によるスクランブラーゼ活性の喪失によるのであろうか。VPS13A やXKの変異には missense mutationと考えられる点変異が多数存在することからこれら変異体を作成、ATP刺激によるスクランブラーゼ活性にどのような作用があるか検討する。一方、細胞融合に対するPtdSerの影響に関しては、細胞を融合させることが知られているRetrovirusによる感染系を用いて検討する。すなわち、宿主細胞のフリッパーゼやスクランブラーゼに変異を導入、この過程におけるPtdSer暴露の作用を明らかにする。

  • Research Products

    (26 results)

All 2023 2022 Other

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 13 results) Remarks (4 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results) (of which Overseas: 1 results)

  • [Journal Article] Regulation of phospholipid distribution in the lipid bilayer by flippases and scramblases2023

    • Author(s)
      Sakuragi, T., Nagata, S.
    • Journal Title

      Nature Reviews Molecular Cell Biology

      Volume: 24 Pages: 576~596

    • DOI

      10.1038/s41580-023-00604-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Requirement of Xk and Vps13a for the P2X7-mediated phospholipid scrambling and cell lysis in mouse T cells2022

    • Author(s)
      Ryoden Yuta、Segawa Katsumori、Nagata Shigekazu
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2119286119

    • DOI

      10.1073/pnas.2119286119

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Inefficient development of syncytiotrophoblasts in the Atp11a-deficient mouse placenta2022

    • Author(s)
      Ochiai Yuki、Suzuki Chigure、Segawa Katsumori、Uchiyama Yasuo、Nagata Shigekazu
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences

      Volume: 119 Pages: e2200582119

    • DOI

      10.1073/pnas.2200582119

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Two types of type IV P-type ATPases independently re-establish the asymmetrical distribution of phosphatidylserine in plasma membranes2022

    • Author(s)
      Miyata Yugo、Yamada Kyoko、Nagata Shigekazu、Segawa Katsumori
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 102527

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102527

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The XK plasma membrane scramblase and the VPS13A cytosolic lipid transporter for ATP‐induced cell death2022

    • Author(s)
      Ryoden Yuta、Nagata Shigekazu
    • Journal Title

      BioEssays

      Volume: 44 Pages: 2200106

    • DOI

      10.1002/bies.202200106

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Protocol to analyze lipid asymmetry in the plasma membrane2022

    • Author(s)
      Miyata Yugo、Segawa Katsumori
    • Journal Title

      STAR Protocols

      Volume: 3 Pages: 101870

    • DOI

      10.1016/j.xpro.2022.101870

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] カスパーゼによるアポトーシスの実行2022

    • Author(s)
      瀬川 勝盛, 宮田 佑吾
    • Journal Title

      医学のあゆみ

      Volume: 283(5) Pages: 329-334

  • [Journal Article] リン脂質フリッパーゼとヒト遺伝性疾患2022

    • Author(s)
      瀬川 勝盛
    • Journal Title

      臨床免疫・アレルギー科

      Volume: 78(2) Pages: 238-244

  • [Presentation] 細胞膜リン脂質の非対称分布の分子機構と生理作用2023

    • Author(s)
      瀬川 勝盛
    • Organizer
      第9回JFAS研究会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞膜リン脂質の非耐用性と生理機能2023

    • Author(s)
      瀬川 勝盛
    • Organizer
      第11回日本生物工学会コロキウム
    • Invited
  • [Presentation] 細胞膜におけるリン脂質フリッパーゼとスクランブラーゼ(Flippase and Scramblase at the Plasma Membrane)2022

    • Author(s)
      長田 重一
    • Organizer
      第44回日本造血・免疫細胞療法学会総会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞死研究から細胞膜の非対称性の研究2022

    • Author(s)
      長田 重一
    • Organizer
      金沢大学ナノ精密医学・理工学卓越大学院プログラム「Student-Selected Seminar」
    • Invited
  • [Presentation] 細胞膜リン脂質の非対称性と脆弱性2022

    • Author(s)
      瀬川 勝盛
    • Organizer
      第32回日本サイトメトリー学会学術集会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞死研究から細胞膜の非対称性の研究2022

    • Author(s)
      長田 重一
    • Organizer
      初夏のセミナー(生化学若い研究者の会 近畿支部主催)
    • Invited
  • [Presentation] ATP-induced phosphatidylserine exposure and cell death2022

    • Author(s)
      長田 重一
    • Organizer
      EMBO Workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] リン脂質フリッパーゼとスクランブラーゼ 作用機構とその異常による疾患2022

    • Author(s)
      長田 重一
    • Organizer
      第50回日本臨床免疫学会総会
    • Invited
  • [Presentation] Structural analysis of the XKR8-Basigin complex that scrambles phospholipids at the plasma membrane2022

    • Author(s)
      櫻木 崇晴
    • Organizer
      The 29th Federation of Asian and Oceanian Biochemists and Molecular Biologists Conference & the 2022 Chinese Society of Biochemistry and Molecular Biology Online Conference
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 細胞膜リン脂質スクランブラーゼXkr8-Basigin複合体の構造解析2022

    • Author(s)
      櫻木 崇晴
    • Organizer
      第95回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] Phosphatidylserine-mediated sensing and clearance of dying cells2022

    • Author(s)
      瀬川 勝盛
    • Organizer
      The 95th Annual meeting of the JBS
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] ATPによるフォスファチジルセリンの暴露と細胞死2022

    • Author(s)
      長田 重一
    • Organizer
      第3回細胞死コロキウム
    • Invited
  • [Presentation] 細胞膜リン脂質の非対称性と生理作用2022

    • Author(s)
      瀬川 勝盛
    • Organizer
      第3回細胞死コロキウム
    • Invited
  • [Remarks] 長田重一研究室

    • URL

      http://biochemi.ifrec.osaka-u.ac.jp/

  • [Remarks] 大阪大学免疫学フロンティア研究センター News & Topics Topics

    • URL

      http://www.ifrec.osaka-u.ac.jp/jpn/topics/20221104-0830.htm

  • [Remarks] 大阪大学免疫学フロンティア研究センター News & Topics Research

    • URL

      http://www.ifrec.osaka-u.ac.jp/jpn/research/20220428-1130.htm

  • [Remarks] 大阪大学免疫学フロンティア研究センター News & Topics Research

    • URL

      http://www.ifrec.osaka-u.ac.jp/jpn/research/20220210-1000.htm

  • [Patent(Industrial Property Rights)] XK及び/又はVPS13Aの利用2022

    • Inventor(s)
      長田重一、領田優太
    • Industrial Property Rights Holder
      長田重一、領田優太
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      PCT/JP2022/036003
    • Overseas

URL: 

Published: 2023-12-25  

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