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2022 Fiscal Year Research-status Report

Mechanistic Insights into metal- and enzyme-catalyzed reactions using hybrid quantum chemical and information science approaches

Research Project

Project/Area Number 21K05016
Research InstitutionIbaraki University

Principal Investigator

森 聖治  茨城大学, 理工学研究科(理学野), 教授 (50332549)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords触媒反応 / 密度汎関数法計算 / 非共有結合相互作用 / QM/MM法 / 酵素
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、高精度量子化学計算と情報科学的解析を融合させることで、金属を用いた均一的触媒反応および酵素反応機構の非共有結合性相互作用、添加物の効果、立体配座によるエネルギー分布をはじめとした統計力学的効果および動力学効果の役割を明確にすることを目的とする。2022年度の実績として、Rh触媒によるN-8-Aminoquinolinyl Aromatic AmidesのC-H結合活性化に始まるα―マレイミドとのカップリング反応で、アルキル化が進行したことを踏まえたDFT計算を行い、芳香族アミド・オルトC-H結合の酸化的付加が、turnoverを決定する段階であることを示した。この反応で添加物の効果などを明らかにした。イリジウム(III)ーサレン錯体を触媒とするジアゾ化合物とエチルベンゼンおよびその誘導体との反応で、99%eeの高い選択性でカップリング生成物が得られることに対し、カルベンが結合したイリジウム(III)ーサレン錯体の構造における立体配座をDFT計算で予測したほか、C-H結合のカルベン挿入反応が、協奏的に起きることをモデル系で明らかにした。さらに、フェレドキシン依存酵素PcyAの基質ビリベルジン(BV)に近い位置にあって反応に関与するアスパラギン酸105番残基をアスパラギンに置換した変異体、あるいはイソロイシン86番残基をアスパラギン酸に置換した変異体の中性子構造解析および、可視紫外吸収スペクトルの変異体における変化について、QM/MM計算によって検討し、また基質BVのプロトン化状態との関係について報告した。銅(I)―フェノキシルラジカル錯体の可視紫外吸収スペクトルを測定し、TD-DFT計算で解釈を行い報告した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究課題の成果として、学術誌論文4報に掲載されたほか、理論・計算化学者最大の国際会議、WATOC(カナダ)での招待講演1件を行い、国際的な情報交換を行った。情報科学を取り入れたデータの解釈については引き続き研究を行っている。

Strategy for Future Research Activity

今後は、量子化学計算、分子動力学シミュレーション、機械学習処理などを組み合わせてバナジウムオキソ触媒やパラジウム金属触媒による分子変換反応機構の解明と、合成困難な有機化合物の合成設計、酵素の機能や反応の解明などを行っていく。その際、実験データをきちんと理解し解釈することが大事である。パラジウム触媒によるC-H結合活性化反応及び、バナジウムオキソ触媒によるカップリング不斉反応の解析は、学術誌論文を執筆中で、投稿する予定である。またRhを含む人工酵素の環化反応の活性における部位特異的突然変異の影響についても、情報科学的手法を用いながら解析中である。

Causes of Carryover

次年度使用額は90000円強であるが、新型コロナウイルス感染によって、研究協力者(大学院生)の学会発表がオンラインになったためである。次年度は、研究最終年度でもあり、研究成果発表に使用することを計画している。

  • Research Products

    (16 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 1 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 1 results) Remarks (2 results) Funded Workshop (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ベトナム国家大学自然科学大学ハノイ校(ベトナム)

    • Country Name
      VIET NAM
    • Counterpart Institution
      ベトナム国家大学自然科学大学ハノイ校
  • [Int'l Joint Research] チェンマイ大学(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      チェンマイ大学
  • [Journal Article] Neutron crystallography and quantum chemical analysis of bilin reductase PcyA mutants reveal substrate and catalytic residue protonation states2023

    • Author(s)
      Joutsuka Tatsuya、Nanasawa Ryota、Igarashi Keisuke、Horie Kazuki、Sugishima Masakazu、Hagiwara Yoshinori、Wada Kei、Fukuyama Keiichi、Yano Naomine、Mori Seiji、Ostermann Andreas、Kusaka Katsuhiro、Unno Masaki
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 102763~102763

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.102763

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Experimental and theoretical studies of the rhodium(I)-catalysed C-H oxidative alkenylation/cyclization of N-(2-(methylthio)phenyl)benzamides with maleimides2023

    • Author(s)
      Skhiri Aymen、Taborosi Attila、Ohara Nozomi、Ano Yusuke、Mori Seiji、Chatani Naoto
    • Journal Title

      Organic Chemistry Frontiers

      Volume: 10 Pages: 1617~1625

    • DOI

      10.1039/d3qo00023k

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Non-innocent redox behavior of CuII-pi-dimethylaminophenolate complexes: formation and characterization of the CuI-phenoxyl radical species2022

    • Author(s)
      Shima Yuto、Suzuki Takashi、Abe Hitoshi、Yajima Tatsuo、Mori Seiji、Shimazaki Yuichi
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: 6401~6404

    • DOI

      10.1039/d2cc01409b

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Iridium(III)-Catalyzed Asymmetric Site-Selective Carbene C-H Insertion during Late-Stage Transformation2022

    • Author(s)
      Yamakawa Yuki、Ikuta Takashi、Hayashi Hiroki、Hashimoto Keigo、Fujii Ryoma、Kawashima Kyohei、Mori Seiji、Uchida Tatsuya、Katsuki Tsutomu
    • Journal Title

      The Journal of Organic Chemistry

      Volume: 87 Pages: 6769~6780

    • DOI

      10.1021/acs.joc.2c00470

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] モリブデン-ゲルミリン錯体によるカルボニル化合物のヒドロホウ素化反応の理論的研究2023

    • Author(s)
      清水 雄仁、Christof Israel Marbella Fontanilla、長田浩一、橋本 久子、森 聖治
    • Organizer
      日本化学会第103春季年会(2023)
  • [Presentation] Combined DFT and experimental studies on the importance of noncovalent interactions in vanadium-catalyzed oxidative trifluoromethylation reactions of olefins2022

    • Author(s)
      Seiji Mori、Chien-Tien Chen
    • Organizer
      WATOC 2020
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] パラジウム触媒を用いたマレイミドの[3+2]環化付加反応における 2-メチルベンズアミド類の窒素上の配向基効果に関する理論的研究2022

    • Author(s)
      吉元 理江、Attila Taborosi、Qiyuan He、阿野 勇介、茶谷 直人、森 聖治
    • Organizer
      化学反応経路探索のニューフロンティア2022
  • [Presentation] キラルなバナジル触媒によるオレフィンのエナンチオ選択的 1,2-オキシトリフルオロメチル化反応における遷移状態の相互作用エネルギー分割解析2022

    • Author(s)
      清水雄仁、Chien-Tien Chen、森 聖治
    • Organizer
      化学反応経路探索のニューフロンティア2022
  • [Presentation] ニッケル触媒による脱カルボニル化を含む塩化アシルのシアノ化反応に関する理論的研究2022

    • Author(s)
      穂積 玲於、川島 恭平、西原 康師、森 聖治
    • Organizer
      錯体化学会第72回討論会
  • [Presentation] パラジウム触媒による[3+2]環化付加反応を含むベンジル及びメタ炭素-水素結合活性化反応に関する理論的研究2022

    • Author(s)
      吉元 理江、Attila Taborosi、Qiyuan He、阿野 勇介、茶谷 直人、森 聖治
    • Organizer
      錯体化学会第72回討論会
  • [Presentation] パラジウム触媒を用いた四置換ビニルシランの檜山カップリングに関する理論的研究2022

    • Author(s)
      大塚 悠斗、西原 康師、森 聖治
    • Organizer
      日本コンピュータ化学会2022年秋季年会in 長野
  • [Remarks] 物理有機化学ホームページ

    • URL

      http://smori.sci.ibaraki.ac.jp/

  • [Remarks] 太陽光エネルギーの吸収が水素原子1つで変わる! (プレスリリース)

    • URL

      https://www.ibaraki.ac.jp/news/2022/12/21011834.html

  • [Funded Workshop] 7th International Symposium of Quantum Beam Science at Ibaraki University2022

URL: 

Published: 2023-12-25  

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