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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Mechanistic Insights into metal- and enzyme-catalyzed reactions using hybrid quantum chemical and information science approaches

Research Project

Project/Area Number 21K05016
Research InstitutionIbaraki University

Principal Investigator

森 聖治  茨城大学, 理工学研究科(理学野), 教授 (50332549)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords触媒反応 / 密度汎関数法計算 / 非共有結合相互作用 / QM/MM法 / 酵素
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、高精度量子化学計算と情報科学的解析を融合させることで、合成化学的に重要な金属を用いた均一的触媒反応および、医学的にも重要な酵素反応機構の非共有結合性相互作用、添加物の効果、立体配座によるエネルギー分布をはじめとした統計力学的効果および動力学効果の役割を明確にすることを目的とする。期間全体の実績として、(1)キラルなバナジウム触媒を用いた高エナンチオ選択的な1,2-酸化的トリフルオロメチル化反応のエナンチオ選択性についてDFT計算と、フラグメント分子軌道法、エネルギー分割解析を組み合わせた検討を行った。カップリングパートナーが変わると非共有結合性相互作用が増し、エナンチオ選択性の向上が見られると考えられる結果を得た。遷移状態における配座解析も行った。(2)ロジウムおよびパラジウム触媒による炭素-水素結合活性化を経由した配向基を含むα―マレイミドとのカップリング反応や芳香族アミドとマレイミドの位置選択的な[3+2]環化付加反応に関するDFT計算を行い、メカニズムの解明や律速段階の予測などを論文に報告した。(3)さらにAu(I)錯体が、インドール誘導体とエニノールによるインドール縮環型七員環形成反応において優れた不斉触媒として機能することを見出した。期間全体を通じてフェレドキシン依存酵素PcyAおよび3α-ヒドロキシステロイドデヒドロゲナーゼ(3α-HSD)のダイナミクスと還元反応を、マルチフィジックス手法やクラスタリングなどの情報科学的手法を組み合わせながら検討し、立体配座の重要性を理解した。

  • Research Products

    (17 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results) Presentation (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] ベトナム国家大学自然科学大学 ハノイ校(ベトナム)

    • Country Name
      VIET NAM
    • Counterpart Institution
      ベトナム国家大学自然科学大学 ハノイ校
  • [Int'l Joint Research] チェンマイ大学(タイ)

    • Country Name
      THAILAND
    • Counterpart Institution
      チェンマイ大学
  • [Int'l Joint Research] 台湾・清華大学(その他の国・地域)

    • Country Name
      その他の国・地域
    • Counterpart Institution
      台湾・清華大学
  • [Journal Article] Asymmetric cyclization catalyzed by a chiral phosphoric acid?gold(I) hybrid complex as a multifunctional catalyst2024

    • Author(s)
      Taniguchi Naoya、Ueda Mitsuhiro、Michigami Kenichi、Mori Seiji、Ohashi Masato
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 97 Pages: uoae026

    • DOI

      10.1093/bulcsj/uoae026

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Incorporation of a bromine atom into DNA-related molecules changes their electronic properties2023

    • Author(s)
      Hirato Misaki、Yokoya Akinari、Baba Yuji、Mori Seiji、Fujii Kentaro、Wada Shin-ichi、Izumi Yudai、Haga Yoshinori
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 25 Pages: 14836~14847

    • DOI

      10.1039/D3CP01597A

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Systematic elucidation of the second coordination sphere effect on the structure and properties of a blue copper protein, pseudoazurin2023

    • Author(s)
      Yamaguchi Takahide、Taborosi Attila、Sakai Chihiro、Akao Kohei、Mori Seiji、Kohzuma Takamitsu
    • Journal Title

      Journal of Inorganic Biochemistry

      Volume: 246 Pages: 112292~112292

    • DOI

      10.1016/j.jinorgbio.2023.112292

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Theoretical Investigations of Palladium‐Catalyzed [3+2] Annulation via Benzylic and <i>meta</i> C?H Bond Activation2023

    • Author(s)
      Yoshimoto Rie、Taborosi Attila、He Qiyuan、Ano Yusuke、Chatani Naoto、Mori Seiji
    • Journal Title

      Chemistry - An Asian Journal

      Volume: 18 Pages: e202300531

    • DOI

      10.1002/asia.202300531

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Asymmetric Cross Couplings of Trifluoromethyl Radical to Vinylarenes with <i>N</i>‐Hydroxy‐oxazinediones and Subsequent Aerobic Oxidative Homocoupling of 2‐Naphthols Catalysed by Chiral Vanadyl Complexes2023

    • Author(s)
      Chen Chien‐Tien、Hung Shiang‐Fu、Tsai Bang‐You、Chen Tsung‐Cheng、Lein Chien‐I、Tseng Pin‐Xuan、Chang Yu‐Chang、Chuang Chin‐Wei、Agarwal Rachit、Hsu Chan‐Wei、Shimizu Yuto、Fujii Ryoma、Mori Seiji
    • Journal Title

      Advanced Synthesis &amp; Catalysis

      Volume: 366 Pages: 248~261

    • DOI

      10.1002/adsc.202300901

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Importance of noncovalent interactions in homogeneous and enzymatic catalysis2024

    • Author(s)
      Seiji Mori
    • Organizer
      PACCON 2024
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Evaluation of the effects of mutations in Cp*Rh(III) complex-linked artificial metalloenzyme NitrobindinHLH-Cp*Rh(III) by MD simulation2023

    • Author(s)
      Mitsuhiro Bandai, Shunsuke Kato, Akira Onoda, Takashi Hayashi, Seiji Mori
    • Organizer
      The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC) Sapporo
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] パラジウム触媒による[3+2]環化付加反応の反応経路及び配向基効果に関する理論的研究2023

    • Author(s)
      吉元 理江、Attila Taborosi、Qiyuan He、阿野 勇介、茶谷 直人、森 聖治
    • Organizer
      第25回理論化学討論会(横浜)
  • [Presentation] MDシミュレーションを用いたCp*Rh(III)錯体連結型人工金属酵素NitrobindinHLH-Cp*Rh(III)における変異の影響の評価2023

    • Author(s)
      萬代 充裕、加藤 俊介、小野田 晃、林 高史、森 聖治
    • Organizer
      錯体化学会第73回討論会
  • [Presentation] モリブデン-ゲルミリン錯体による芳香族アルデヒドのヒドロホウ素化反応に関する理論的研究2023

    • Author(s)
      清水雄仁、Christof Israel Marbella Fontanilla, 長田 浩一、橋本久子、森 聖治
    • Organizer
      錯体化学会第73回討論会
  • [Presentation] キラルリン酸-Au(I)複合錯体を用いた触媒的インドール縮環型七員環形成反応の不斉発現機構の解明2023

    • Author(s)
      谷口 直哉・植田 光洋・道上 健一・森 聖治・大橋 理人
    • Organizer
      錯体化学会第73回討論会
  • [Presentation] キラルリン酸-Au(I)複合錯体触媒を用いたエナンチオ選択的環化反応の開発2023

    • Author(s)
      谷口 直哉・植田 光洋・道上 健一・森 聖治・大橋 理人
    • Organizer
      第49回反応と合成の進歩シンポジウム
  • [Presentation] Computational Perspectives of Non-covalent Interactions in Transition Metal- and Enzyme-catalyzed Reactions2023

    • Author(s)
      Seiji Mori
    • Organizer
      TCS-2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Remarks] 物理有機化学研究室(森研究室)ホームページ

    • URL

      http://smori.sci.ibaraki.ac.jp/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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