2022 Fiscal Year Research-status Report
Structural probing of RNA G-quadruplex structures in vivo
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21K05314
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| Research Institution | University of Miyazaki |
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Principal Investigator |
石塚 匠 宮崎大学, 医学部, 学部講師 (50700085)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | グアニン四重鎖構造 / RNA / セリウム |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究は、RNAグアニン四重鎖構造(rG4)をヌクレオチドレベルの分解能で検出可能な技術を開発することを目標としている。前年度まで、Ce(IV)/EDTAを用いたrG4を標的とする構造解析法を確立した。本年度においては、開発した構造解析法の実用性および汎用性を評価するため、テロメアRNA配列や神経変性疾患におけるリピート配列、mRNAおよび5’UTRにおける配列で形成されるrG4構造に対して本手法を応用した。また、rG4選択性を検証するため、ヘアピン、バルジやインターナルループ構造を有するRNA配列においても検討した。その結果、形成される構造により切断効率が異なることが明らかとなり、rG4選択的に解析できることを実証した。さらに、Ce(IV)/EDTAよるrG4の部位特異的切断の切断機構を明らかにするため、質量分析法により切断断片を調査した。その結果、ホスホジエステル結合は、加水分解的に3’および5’側の両側で起こることが確認された。さらなる詳細に関しては現在解析中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画通りに、開発したRNAグアニン四重鎖構造(rG4)の構造解析法の実用性および汎用性を解析できたため。
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| Strategy for Future Research Activity |
次年度では、培養細胞を用いて内在性のRNAグアニン四重鎖構造(rG4)に対し開発した構造解析法を応用する。具体的には、正常細胞と腫瘍細胞を用いてそれらの細胞からすべてのRNAを単離し、本手法により網羅的に解析する。これらの検討により正常細胞と腫瘍細胞ではrG4にどのような差異があるかを解析する。
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Research Products
(9 results)
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[Journal Article] Pivotal role of High-Mobility Group Box 2 in ovarian folliculogenesis and fertility2022
Author(s)
Shinichiro Shirouzu, Naohiro Sugita, Narantsog Choijookhuu, Yu Yamaguma, Kanako Takeguchi, Takumi Ishizuka, Mio Tanaka, Fidya, Kengo Kai, Etsuo Chosa, Yoshihiro Yamashita, Chihiro Koshimoto, Yoshitaka Hishikawa
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Journal Title
Journal of Ovarian Research
Volume: 15
Pages: 133
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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