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2022 Fiscal Year Research-status Report

Structural probing of RNA G-quadruplex structures in vivo

Research Project

Project/Area Number 21K05314
Research InstitutionUniversity of Miyazaki

Principal Investigator

石塚 匠  宮崎大学, 医学部, 学部講師 (50700085)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsグアニン四重鎖構造 / RNA / セリウム
Outline of Annual Research Achievements

本研究は、RNAグアニン四重鎖構造(rG4)をヌクレオチドレベルの分解能で検出可能な技術を開発することを目標としている。前年度まで、Ce(IV)/EDTAを用いたrG4を標的とする構造解析法を確立した。本年度においては、開発した構造解析法の実用性および汎用性を評価するため、テロメアRNA配列や神経変性疾患におけるリピート配列、mRNAおよび5’UTRにおける配列で形成されるrG4構造に対して本手法を応用した。また、rG4選択性を検証するため、ヘアピン、バルジやインターナルループ構造を有するRNA配列においても検討した。その結果、形成される構造により切断効率が異なることが明らかとなり、rG4選択的に解析できることを実証した。さらに、Ce(IV)/EDTAよるrG4の部位特異的切断の切断機構を明らかにするため、質量分析法により切断断片を調査した。その結果、ホスホジエステル結合は、加水分解的に3’および5’側の両側で起こることが確認された。さらなる詳細に関しては現在解析中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通りに、開発したRNAグアニン四重鎖構造(rG4)の構造解析法の実用性および汎用性を解析できたため。

Strategy for Future Research Activity

次年度では、培養細胞を用いて内在性のRNAグアニン四重鎖構造(rG4)に対し開発した構造解析法を応用する。具体的には、正常細胞と腫瘍細胞を用いてそれらの細胞からすべてのRNAを単離し、本手法により網羅的に解析する。これらの検討により正常細胞と腫瘍細胞ではrG4にどのような差異があるかを解析する。

  • Research Products

    (9 results)

All 2022

All Journal Article (3 results) (of which Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) Book (1 results)

  • [Journal Article] Click chemistry for fluorescence imaging via combination of a BODIPY-based ‘turn-on’ probe and a norbornene glucosamine2022

    • Author(s)
      Zhiyong He, Takumi Ishizuka, Yoshitaka Hishikawa, Yan Xu
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: 12479-12482

    • DOI

      10.1039/D2CC05359D

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An Advanced Detection System for In Situ Hybridization Using a Fluorescence Resonance Energy Transfer-based Molecular Beacon Probe2022

    • Author(s)
      Narantsog Choijookhuu, Yasuaki Shibata, Takumi Ishizuka, Yan Xu, Takehiko Koji, Yoshitaka Hishikawa
    • Journal Title

      ACTA HISTOCHEMICA ET CYTOCHEMICA

      Volume: 55 Pages: 119-128

    • DOI

      10.1267/ahc.22-00075

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Pivotal role of High-Mobility Group Box 2 in ovarian folliculogenesis and fertility2022

    • Author(s)
      Shinichiro Shirouzu, Naohiro Sugita, Narantsog Choijookhuu, Yu Yamaguma, Kanako Takeguchi, Takumi Ishizuka, Mio Tanaka, Fidya, Kengo Kai, Etsuo Chosa, Yoshihiro Yamashita, Chihiro Koshimoto, Yoshitaka Hishikawa
    • Journal Title

      Journal of Ovarian Research

      Volume: 15 Pages: 133

    • DOI

      10.1186/s13048-022-01071-4

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 肝再生モデルマウスを用いたグアニン四重鎖構造の機能解明2022

    • Author(s)
      石塚 匠, Narantsog Choijookhuu, 矢野 公一, 池ノ上 実, 山隈 優, 白水 慎一郎, Fidya, 田中 美緒, 菱川 善隆
    • Organizer
      第39回分子病理学研究会
  • [Presentation] マウス卵巣におけるHMGB2の卵胞形成への関与2022

    • Author(s)
      山隈 優, Narantsog Choijookhuu, 矢野 公一, 池ノ上 実, 甲斐 健吾, Fidya, 白水 慎一郎, 田中 美緒, 石塚 匠, 菱川 善隆
    • Organizer
      第39回分子病理学研究会
  • [Presentation] 蛍光共鳴エネルギー移動(FRET)を利用したin situ hybridization法2022

    • Author(s)
      石塚 匠, Narantsog Choijookhuu, 柴田 恭明, 徐 岩, 小路 武彦, 菱川 善隆
    • Organizer
      第64回日本顕微鏡学会九州支部集会
  • [Presentation] Estrogen signaling inhibits intestinal epithelial remodeling through G-Protein Coupled Receptor 30 in DSS-induced colitis in mice2022

    • Author(s)
      Fidya, Narantsog Choijookhuu, Makoto Ikenoue, Koichi Yano, Yu Yamaguma, Shinichiro Shirouzu, Kengo Kai, Takumi Ishizuka, Yoshitaka Hishikawa
    • Organizer
      第128回日本解剖学会総会・全国学術集会
  • [Presentation] マウス卵巣における HMGB2 の卵胞形成への関与2022

    • Author(s)
      山隈 優, Narantsog Choijookhuu, 甲斐 健吾, Fidya, 白水 慎一郎, 石塚 匠, 菱川 善隆
    • Organizer
      第128回日本解剖学会総会・全国学術集会
  • [Book] In situ hybridization法2022

    • Author(s)
      菱川 善隆, Narantsog Choijookhuu, 石塚 匠, 柴田 恭明, 小路 武彦
    • Total Pages
      258
    • Publisher
      中西印刷

URL: 

Published: 2023-12-25  

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