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2023 Fiscal Year Annual Research Report

人工結合タンパク質を基盤とする新しいタンパク質構造安定化戦略の創成

Research Project

Project/Area Number 21K05386
Research InstitutionKyoto Prefectural University

Principal Investigator

田中 俊一  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 准教授 (70591387)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松村 浩由  立命館大学, 生命科学部, 教授 (30324809)
高野 和文  京都府立大学, 生命環境科学研究科, 教授 (40346185)
吉澤 拓也  立命館大学, 生命科学部, 講師 (50779056)
Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywordsタンパク質工学 / 酵素 / 人工結合タンパク質 / 安定性 / 熱力学解析 / X線結晶構造解析
Outline of Annual Research Achievements

酵素の安定性の改変は、その産業利用において重要な課題である。代表者は最近、人工結合タンパク質の酵素構造表面への結合が、酵素の熱安定性を高く向上させることを発見した。本研究では、①この安定化効果がどれだけの広い酵素で得られるのかという汎用面、そして、②酵素構造表面のどのような部位へ、どのような相互作用様式で結合することが高い安定化に結びつくのかという機序面を明らかにすることを目的に、複数の酵素に対して様々な部位に結合する人工結合タンパク質を創出し、熱力学的・構造学的手法を用いた網羅的かつ体系的な解析を行う。

一昨年度と昨年度とは異なる種類のターゲット酵素に対する人工結合タンパク質の取得を試みるとともに、得られた人工結合タンパク質の親和性解析ならびに構造解析に取り組んだ。酵母表層ディスプレイや表面プラズモン共鳴(SPR)などを用いた解析から、平衡解離定数(Kd値)はnMオーダーからuMオーダーまで幅広い人工結合タンパク質が確認できた。X線結晶構造解析、X線小角散乱解析、クライオ電子顕微鏡解析によって人工結合タンパク質とターゲットとの構造解析にも複数成功しており、相互作用形式も明らかにできている。他方、熱力学的解析については進捗が遅れており、安定化との相関関係については結論を得ていない。今後は熱力学的解析を進め、当初の目標達成に向けて研究を継続する。

  • Research Products

    (22 results)

All 2024 2023

All Journal Article (5 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (13 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Patent(Industrial Property Rights) (4 results)

  • [Journal Article] Engineering a monobody specific to monomeric Cu/Zn‐superoxide dismutase associated with amyotrophic lateral sclerosis2024

    • Author(s)
      Amesaka Hiroshi、Hara Mizuho、Sakai Yuki、Shintani Atsuko、Sue Kaori、Yamanaka Tomoyuki、Tanaka Shun‐ichi、Furukawa Yoshiaki
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 33 Pages: e4961

    • DOI

      10.1002/pro.4961

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Conformation state‐specific monobodies regulate the functions of flexible proteins through conformation trapping2023

    • Author(s)
      Nakamura Ibuki、Amesaka Hiroshi、Hara Mizuho、Yonezawa Kento、Okamoto Keisuke、Kamikubo Hironari、Tanaka Shun‐ichi、Matsuo Takashi
    • Journal Title

      Protein Science

      Volume: 32 Pages: e4813

    • DOI

      10.1002/pro.4813

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structures of a FtsZ single protofilament and a double-helical tube in complex with a monobody2023

    • Author(s)
      Fujita Junso、Amesaka Hiroshi、Yoshizawa Takuya、Hibino Kota、Kamimura Natsuki、Kuroda Natsuko、Konishi Takamoto、Kato Yuki、Hara Mizuho、Inoue Tsuyoshi、Namba Keiichi、Tanaka Shun-ichi、Matsumura Hiroyoshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: 4073

    • DOI

      10.1038/s41467-023-39807-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An efficient selenium transport pathway of selenoprotein P?utilizing a high-affinity ApoER2 receptor variant and being independent of selenocysteine lyase2023

    • Author(s)
      Mizuno Ayako、Toyama Takashi、Ichikawa Atsuya、Sakai Naoko、Yoshioka Yuya、Nishito Yukina、Toga Renya、Amesaka Hiroshi、Kaneko Takayuki、Arisawa Kotoko、Tsutsumi Ryouhei、Mita Yuichiro、Tanaka Shun-ichi、Noguchi Noriko、Saito Yoshiro
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 299 Pages: 105009~105009

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2023.105009

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ガラクトオリゴ糖の製造に有用な担子菌酵母のβ-グリコシダーゼ : 遺伝子クローニングと立体構造解析 から明らかになった特徴について2023

    • Author(s)
      石川英司、田中俊一
    • Journal Title

      日本農芸化学会誌『化学と生物』

      Volume: 61 Pages: 274-280

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 人工結合タンパク質を用いた細胞分裂タンパク質FtsZの構造解析2023

    • Author(s)
      上村菜月、藤田純三、雨坂心人、吉澤拓也、黒田奈津子、原瑞穂、井上豪、難波啓一、田中俊一、松村浩由
    • Organizer
      第36回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 人工結合タンパク質を用いた糖鎖切断酵素の立体構造解析2023

    • Author(s)
      的場美希、高島晶、藤田純三、雨坂心人、吉澤拓也、難波啓一、田中俊一、松村浩由
    • Organizer
      第36回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 大腸菌ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼのエフェクター作用機構解明に向けた構造解析2023

    • Author(s)
      三宅智哉、西村和樹、藤田純三、雨坂心人、吉澤拓也、難波啓一、田中俊一、松村浩由
    • Organizer
      第36回日本放射光学会年会・放射光科学合同シンポジウム
  • [Presentation] 抗体様タンパク質「モノボディ」を用いた構造変化過程への摂動による酵素活性制御2023

    • Author(s)
      中村 伊武輝、雨坂 心人、原 瑞穂、米澤 健人、上久保 裕生、田中 俊一、廣田 俊、松尾 貴史
    • Organizer
      日本化学会第103春季年会
  • [Presentation] HSbody, a heat sterilizable antibody mimetic2023

    • Author(s)
      H. Amesaka, M. Hara, A. Hirata, M. Fujihashi, K. Takano, S-i. Tanaka
    • Organizer
      11th Asia Oceania Human Proteome Organization (AOHUPO) and 7th Asia Oceania Agricultural Proteomics Organization (AOAPO) Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] PPIsを介した柔軟なタンパク質の機能制御:人工結合タンパク質の適用可能性の検証2023

    • Author(s)
      中村 伊武輝、雨坂 心人、原 瑞穂、米澤 健人、廣田 俊、上久保 裕生、田中 俊一、松尾 貴史
    • Organizer
      第49回生体分子科学討論会
  • [Presentation] HSbody, a heat sterilizable antibody-mimetic based on the human cold shock domain -加熱殺菌処理可能なヒト由来抗体模倣分子の 創生-2023

    • Author(s)
      雨坂心人、原瑞穂、平田あずみ、藤橋雅宏、高野和文、田中俊一
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会
  • [Presentation] Aspergillus niger由来prolyl endopeptidaseのN結合型糖鎖の役割2023

    • Author(s)
      巽敬太、山田聖樹、矢野真実子、吉澤拓也、高野和文、松村浩由、田中俊一
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会
  • [Presentation] 抗体ミメティック「モノボディ」を用いた構造変化トラップによる柔軟性タンパク質の機能制御2023

    • Author(s)
      中村 伊武輝、雨坂 心人、原 瑞穂、米澤 健人、上久保 裕生、田中 俊一、廣田 俊、松尾 貴史
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会
  • [Presentation] 毒性ペプチド(PR)nによるKapβ2の相分離抑制機能の阻害機構の解明2023

    • Author(s)
      谷本峰成、笹原直哉、井手郁佳、雨坂心人、原瑞穂、田中俊一、吉澤拓也、松村浩由
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会
  • [Presentation] ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼのエフェクター作用機構2023

    • Author(s)
      西村和樹、三宅智哉、藤田純三、雨坂心人、戸谷俊太郎、原瑞穂、吉澤拓也、難波啓一、田中俊一、松村浩由
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会
  • [Presentation] 結晶構造解析によるグルテン分解酵素の基質認識機構の解明2023

    • Author(s)
      山田聖樹、巽敬太、矢野真実子、吉澤拓也、田中俊一、松村浩由
    • Organizer
      第23回日本蛋白質科学会
  • [Presentation] セレノシステイン含有リコンビナントヒトセレノプロテインPの大腸菌生産とその機能性評価2023

    • Author(s)
      栂蓮弥、雨坂心人、越智杏奈、高野和文、三原久明、斎藤芳朗、田中俊一
    • Organizer
      第96回日本生化学会
  • [Patent(Industrial Property Rights)] ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼを活性化することができるポリペプチド2023

    • Inventor(s)
      松村浩由、上原了、 田中俊一、他
    • Industrial Property Rights Holder
      松村浩由、上原了、 田中俊一、他
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2023-211404
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 抗体模倣分子2023

    • Inventor(s)
      田中俊一、雨坂心 人、原瑞穂、古川良明
    • Industrial Property Rights Holder
      田中俊一、雨坂心 人、原瑞穂、古川良明
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2023-121962
  • [Patent(Industrial Property Rights)] 抗体模倣分子2023

    • Inventor(s)
      田中俊一、栂蓮弥、 雨坂心人、斎藤芳 郎、外山喬士、杉浦ひかり
    • Industrial Property Rights Holder
      田中俊一、栂蓮弥、 雨坂心人、斎藤芳 郎、外山喬士、杉浦ひかり
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2023-043603
  • [Patent(Industrial Property Rights)] フラクトシル化マルチトールおよびその製造方法2023

    • Inventor(s)
      田中俊一、矢野真実 子、上野慶一、宮武拓未
    • Industrial Property Rights Holder
      田中俊一、矢野真実 子、上野慶一、宮武拓未
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      特願2023-007058

URL: 

Published: 2024-12-25  

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