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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Development of D amino acid derivative synthetic method by ancestral L-amino acid oxidases

Research Project

Project/Area Number 21K05395
Research InstitutionUniversity of Shizuoka

Principal Investigator

中野 祥吾  静岡県立大学, 食品栄養科学部, 准教授 (80748541)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords祖先型再構成法 / L-アミノ酸酸化酵素 / 物質生産
Outline of Annual Research Achievements

2022年度に取得したHTAncLAAO2について、分子置換法による位相決定と構造精密化を実施し、その構造を2.2Å分解能にて決定した。得られた構造は手裏剣状の8量体構造を形成しており、これはクライオ電子顕微鏡 (ネガティブ染色法) およびゲル濾過クロマトグラフィー法による分子量測定の結果と一致していた。このような特徴的な多量体構造が形成されることで、HTAncLAAO2の極めて高い耐熱性・安定性が獲得されたと考えられる。続いて酵素学的諸性質を検討した結果、本酵素は4種類の疎水性L-アミノ酸 (L-Phe, L-Leu, L-IleおよびL-Met) に高い活性を示すことが判明した。一方でL-Trpといった嵩高いL-アミノ酸に対して活性は低かった。そこで基質認識に関わるアミノ酸残基 (W220, L320, およびY383) を特定し、この部位をAlaに置換することで、L-Trpに高い活性を示す変異体の作成を行った。結果W220A変異体について、変異導入前に比べてkcat/Kmの値が一桁ほど改善することを明らかにした。続いて取得したHTAncLAAO2(W220A)変異体を用いた、化学-酵素法によるD-Trp誘導体の合成系構築を目指した研究を実施した。アンモニア-ボラン錯塩を還元剤として用いた反応条件下で、3種類のD,L-Trp誘導体 (5-フルオロ, 5-メトキシ, 7-フルオロTrp) について、高い光学純度 (>99% ee) かつ単離収率 (>53%) でD体を合成することに成功した。本成果は論文として既に報告している (Communications Chemistry, 2023, 6, 200)。

  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023

All Journal Article (8 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 4 results) Presentation (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Development of evolutionary algorithm-based protein redesign method2024

    • Author(s)
      Ozawa Hiroki、Unno Ibuki、Sekine Ryohei、Chisuga Taichi、Ito Sohei、Nakano Shogo
    • Journal Title

      Cell Reports Physical Science

      Volume: 5 Pages: 101758~101758

    • DOI

      10.1016/j.xcrp.2023.101758

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Comprehensive Epitope Analysis of Monoclonal Antibodies Binding to Hen Egg Ovalbumin Using a Peptide Array2024

    • Author(s)
      Terada Yuko、Akimoto Masanobu、Sakoda Hirofumi、Yamamoto Shunsuke、Kubota Mayuka、Motoyama Tomoharu、Imanaka Yo、Nakano Shogo、Ito Sohei、Kato Shigeki、Ito Keisuke
    • Journal Title

      Foods

      Volume: 13 Pages: 407~407

    • DOI

      10.3390/foods13030407

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of an Enzyme Cascade System for the Synthesis of Enantiomerically Pure D‐Amino Acids Utilizing Ancestral L‐Amino Acid Oxidase2024

    • Author(s)
      Araseki Hayato、Sugishima Narumi、Chisuga Taichi、Nakano Shogo
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: - Pages: e202400036

    • DOI

      10.1002/cbic.202400036

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Design of Ancestral Sortase E that is Applicable in Protein Biomaterial Synthesis2024

    • Author(s)
      Miyata Azusa、Chisuga Taichi、Kambe Akira、Miyata Ryo、Kawamura Yui、Takeda Hiroyuki、Ito Sohei、Nakano Shogo
    • Journal Title

      ACS Catalysis

      Volume: 14 Pages: 3514~3523

    • DOI

      10.1021/acscatal.4c00487

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Definition of an Index Parameter To Screen Highly Functional Enzymes Derived from a Biochemical and Thermodynamic Analysis of Ancestral meso‐Diaminopimelate Dehydrogenases2023

    • Author(s)
      Araseki Hayato、Kawasaki Mayu、Kambe Akira、Kozuka Kohei、Ito Sohei、Nakano Shogo
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 24 Pages: e202200727

    • DOI

      10.1002/cbic.202200727

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Time-Series Sensory Analysis Provided Important TI Parameters for Masking the Beany Flavor of Soymilk2023

    • Author(s)
      Masuda Miyu、Terada Yuko、Tsuji Ryoki、Nakano Shogo、Ito Keisuke
    • Journal Title

      Foods

      Volume: 12 Pages: 2752~2752

    • DOI

      10.3390/foods12142752

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural and functional analysis of hyper-thermostable ancestral L-amino acid oxidase that can convert Trp derivatives to D-forms by chemoenzymatic reaction2023

    • Author(s)
      Kawamura Yui、Ishida Chiharu、Miyata Ryo、Miyata Azusa、Hayashi Seiichiro、Fujinami Daisuke、Ito Sohei、Nakano Shogo
    • Journal Title

      Communications Chemistry

      Volume: 6 Pages: 200

    • DOI

      10.1038/s42004-023-01005-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Direct evaluation of polarity of the ligand binding pocket in retinoid X receptor using a fluorescent solvatochromic agonist2023

    • Author(s)
      Miura Kizuku、Fujihara Michiko、Watanabe Masaki、Takamura Yuta、Kawasaki Mayu、Nakano Shogo、Kakuta Hiroki
    • Journal Title

      Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters

      Volume: 96 Pages: 129536~129536

    • DOI

      10.1016/j.bmcl.2023.129536

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] タンパク質インシリコ分子進化法の開発と実験的検証2024

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      予知生合成 第三回公開シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] ファインケミカル合成に応用可能な祖先型酵素群の開発2024

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      日本薬学会第144回年会
    • Invited
  • [Presentation] ネットワーク理論に基づく酵素ホモログ配列分類法の開発と応用2023

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      「高速分子動画」若手シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 進化的計算法による高機能化タンパク質のデザイン2023

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      第23回蛋白質科学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Design of Ancestral Sortase E that can apply to synthesize protein materials2023

    • Author(s)
      Shogo Nakano
    • Organizer
      The 67th annual meeting of Australian Society for Biochemistry & Molecular Biology (ASBMB2023)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 配列データベースから取得した祖先型Sortase Eの機能解析と応用2023

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会大会
    • Invited
  • [Presentation] アミノ酸配列に刻まれた進化情報を利用した高機能化タンパク質の創出2023

    • Author(s)
      中野 祥吾
    • Organizer
      新資源生物変換研究会 第3回公開勉強会
    • Invited

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Published: 2024-12-25  

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