2023 Fiscal Year Annual Research Report
雌性花率を決める遺伝子からニガウリ属の性決定の多様性を解明する
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21K05515
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| Research Institution | Shinshu University |
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Principal Investigator |
松村 英生 信州大学, 学術研究院総合人間科学系, 教授 (40390885)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 性決定 / ニガウリ / Momordica / 雌雄同株異花 / 雌雄異株 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
前年度にQTL-seq解析に供試したニガウリ雌性型系統OHB61-5と混性型系統OHB61-2およびOHB1-1との交雑後代である２つのF2集団における雌性花率データをもとに、0-5%の雌性花率を示す個体を「雄性型」個体として各集団からピックアップした。これら「雄性型」個体のゲノムDNAをプールし、DNBseqによる全ゲノムシークエンス解析を行った。このシークエンスデータと前年度に解析したそれ以外の雌性花率のバルクゲノムシークエンスデータを用いたQTL-seq解析により「雄性型」形質を支配するQTLの同定を試みた。
QTL-seq pipeline (Sugihara et al., 2022)を用いた解析の結果、OHB61-5 x OHB61-2のF2集団では第１と第４染色体、OHB61-5 x OHB1-1のF2集団では第１と第7染色体に有意とは判定できないものの偏ったΔSNP-indexを示す領域が検出された。第１染色体の検出箇所は両F2集団ともほぼ同一の箇所であるとともに以前に同定していた雌性型遺伝子座の座乗位置とほぼ一致した（Matsumura et al., 2014、2020）。従って同一ないしは非常に近傍に雌性型と雄性型に関与する遺伝子の存在が推定される。
また、ニガウリ属において雌雄異株の表現型を示すナンバンカラスウリについて雌雄の各個体の分譲を受けて雌株についてナノポアシークエンスによる全ゲノムシークエンス解析を実施した。51GbのシークエンスデータからNECATによるde novoアッセンブルを行ったところ全長660Mbのコンティグが得られた。得られたコンティグとニガウリゲノムのsynteny解析からニガウリ第１染色体末端領域（上記の雌性型、雄性型遺伝子座領域を含む）とナンバンカラスウリのコンティグ間で14Mbの領域がシンテニーを示した。
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