Characterization of indigenous Agu pigs based on their gut microbiome

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K05636
• Research Institution: University of the Ryukyus
• Principal Investigator: 和智 仲是 琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 助教 (40635299)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 在来家畜 / アグー / 腸内細菌叢 / メタバーコーディング / メタゲノム

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、宿主特異的な腸内細菌群に着目し、在来家畜の特徴的な性質を説明することを目指す。そのために、日本唯一の在来豚であるアグー豚の「粗食で育つ」という性質に関連する腸内細菌群を探索する。具体的には、複数の環境下のアグー豚の糞中DNAのメタバーコーディング解析をもとに、類似性検索により腸内細菌叢の構成を明らかにする。相対頻度から中心的な役割を担う細菌群を特定するとともに、西洋品種の腸内細菌叢と比較することで、アグー豚に特異的な細菌群を見出す。近縁種のゲノム情報との比較による予測メタゲノム解析もしくは実際のショットガンメタゲノム解析により、見出された細菌群の生理機能を推定する。一連の研究を通して、アグー豚のような地域固有の在来家畜それ自体だけでなく、その腸内細菌も遺伝資源として貴重であることを示唆することを目指す。
本年度は、複数の環境下のアグー豚の糞の収集に主に取り組んだ。その結果、これまでに蓄積した試料を合わせると、県内の2研究機関・5農家の合計111の試料を収集することができた。これは登録個体のおよそ10%にあたり、当初予定していた数の試料を収集することができたと考えている。また西洋品種の糞試料についても合わせて収集し、合計22の試料を得た。得られた試料について予備的なメタバーコーディング解析を行い、得られた結果の解析をしている。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初の計画通りに解析に必要な数の試料の収集をすることができ、予備的ではあるものの、それらを用いたメタバーコーディング解析にも着手ができたため。一方で、解析に用いる遺伝マーカー・実験手順には改良の余地があり、今後検討する必要がある。

Strategy for Future Research Activity

予備的な解析にとどまっているメタバーコーディング解析に本格的に取り組む。そして、類似性検索により腸内細菌叢の構成を明らかにすることを目指す。合わせて、相対頻度から中心的な役割を担う細菌群を特定するとともに、西洋品種の腸内細菌叢と比較することで、アグー豚に特異的な細菌群を見出すことを目指す。

Causes of Carryover

次年度使用額が生じた理由：複数の業者から見積もりを取る等、消耗品の調達方法の工夫により当初計画と比べ経費の節約が出来たため。

計画：次年度の消耗品費として使用する予定である。