2022 Fiscal Year Research-status Report
Genetic basis of egg component traits in chickens using population genomics approach
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21K05886
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| Research Institution | Obihiro University of Agriculture and Veterinary Medicine |
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Principal Investigator |
後藤 達彦 帯広畜産大学, 畜産学部, 助教 (30619391)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 集団ゲノミクス / 卵成分 / 遺伝的基盤 / 日本鶏 / 連鎖解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
世界の10人に1人が飢餓という食料危機の打破を目指した研究は、畜産学の最重要課題の一つである。本研究は、広く食利用可能な鶏卵に注目し、卵の栄養成分を自在に調節可能なゲノム基盤の解明を目的としている。(1)日本固有の多様な日本鶏品種をモデルとした集団ゲノミクスにより、品種特異的ゲノム領域を見つけ、(2)F2分離集団を用いて同定したゲノム領域が卵の栄養成分に関連することを実験的に証明することを計画している。高い多様性を誇る日本鶏資源を活用し「高栄養の卵生産に関わるゲノム基盤」を解明することで、世界の多様なニワトリに応用し世界の食料危機緩和を目指している。(1)の集団ゲノミクスに関しては、日本鶏6品種各10個体の全ゲノム解析が終了し、分析を進めている段階にある。(2)のF2集団を対象にした連鎖解析に関しては、F2世代の雌148個体から、卵重、卵殻色、卵黄重、卵白重などの10種類の卵形質の測定を終了しており、卵黄、卵白ならびに血液サンプルの凍結保存を終え、卵のアミノ酸分析を進めた。F2雌148個体のDNAを抽出し、次世代シークエンサーを用いたRAD-seqによりゲノムワイドなSNPs情報を取得した。今後、情報解析を行い、SNPsをコールし、連鎖解析を行う計画である。上記の研究を進めて、多様な日本鶏品種を用いた集団ゲノミクスおよびF2分離集団を用いた連鎖解析により、「卵のアミノ酸成分を自在に調節可能なゲノム基盤を明らかにすること」を進めていきたい。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
本研究は3年間の計画で進めており、2年目の終了時点において、全6品種の全ゲノム情報の取得を終え、F2集団を用いた連鎖解析を行うための表現型解析を終え、SNPs情報の取得のためのRAD-seq解析も終えている。おおよそ全体計画の解析を行うための情報を取得することができていることから、おおむね順調に進められているといえる。
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| Strategy for Future Research Activity |
本プロジェクト3年目の本年度には、F2集団を用いた連鎖解析を行う計画である。その後、集団ゲノミクスの情報解析の結果との比較を行う計画である。
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| Causes of Carryover |
2年目までに集団ゲノミクスのデータ取得、F2分離集団のアミノ酸分析およびDNA解析を行った。当初の計画よりも低コストで、F2雌148個体の血液および卵サンプルの分析を終えることができたため、次年度使用額が生じた。3年目の本年度には、F2分離集団を用いた連鎖解析の規模を大きくするべく、解析個体数を増加し、F2の遺伝子型判定、卵アミノ酸分析を行う計画である。
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