Phylogenetic classification of atypical diarrheagenic Escherichia coli by comparative genomics and proteotyping.

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 21K05966
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 42020:Veterinary medical science-related
• Research Institution: National Institute of Health Sciences
• Principal Investigator: Ohya Kenji 国立医薬品食品衛生研究所, 衛生微生物部, 室長 (50402219)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 病原性大腸菌 / ゲノム / 分類

Outline of Final Research Achievements

Atypical diarrheagenic E. coli harboring astA does not always show diarrheagenic properties, and the actual status of pathogenic and non-pathogenic strains is unknown. We aimed to establish the category of atypical diarrheagenic E. coli by proteotyping and comparative genomic analysis of astA-positive strains from healthy individuals and astA-positive strains from diarrhea patients. Proteotyping showed no clear association with virulence and astA carriage status. Genomic analysis showed a pattern of a specific group of virulence factors, and a specific plasmid suggesting a role of the plasmid in strain virulence. In terms of genomic analysis, candidate targets for defining atypical diarrheagenic E. coli were obtained.

Free Research Field

衛生微生物学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

下痢原性大腸菌は、腸管病原性大腸菌、腸管出血性大腸菌、腸管毒素原性大腸菌、腸管凝集付着性大腸菌（EAEC）等に分類されている。astAは、EAECの約50%が保有するが病原性発現には必須ではない。また、astA陽性大腸菌は、集団食中毒の原因となることがあるが、astAの病原性への直接の関与は不明である。食中毒の原因と思われる大腸菌が分離された際は、各下痢原性大腸菌の特徴となる病原因子等の保有状況を調べるが、非定型下痢原性大腸菌は確立されたマーカーがないため、通常の検査では検出できず「原因不明」となることも多いと思われる。非定型下痢原性大腸菌の定義を明らかにすることは公衆衛生上極めて重要である。