2021 Fiscal Year Research-status Report
LTR型レトロトランスポゾンの配列特異型転移特性の進化機構の解明
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21K06284
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| Research Institution | Kyoto Sangyo University |
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Principal Investigator |
河邊 昭 京都産業大学, 生命科学部, 教授 (10582405)
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2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | シロイヌナズナ / 動原体 / トランスポゾン / アブラナ科 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
シロイヌナズナ属で動原体領域特異的な挿入様式がみられるトランスポゾンファミリーについて、シロイヌナズナの複数個体のゲノム解析から新たなグループを見出し、そのグループの転移様式の解析をおこなっている。複数のコピーのうちストップコドンなどの構造変異が見られず転移可能と思われるコピーを持つ系統と低メチル化変異体（ddm1）を交配し、低メチル化変異体に転移可能なコピーを導入した。ddm1突然変異ホモ個体であり、かつ転移可能候補コピーを持つ個体を数世代自殖している。次年度には次世代シークエンス解析によって転移が起こっているのか、転移特性がどうなっているのかについて詳細な解析をおこなう予定である。
また、これまでに転移可能なコピーが存在するグループを含め、4つのグループについてシロイヌナズナの複数系統の次世代シークエンスデータを解析し、挿入位置の特性とコピー数の詳細な解析を完了した。予備的な解析と変わらず、転移可能と思われるコピーを含むグループはコピー数が多かったが、染色体腕への局在が見られた。唯一、動原体周辺のヘテロクロマチン領域に多くのコピーが見られたグループが一つ存在するが、このグループは系統当たりのコピー数は3程度であり、既にColumbia系統でみられる構造が保たれていないコピーと同じものがほとんどであった。
シロイヌナズナ以外の近縁種に関しても配列の解析を進めるとともに低メチル化剤を処理することによって転移を誘発し、その特性の解析を進めている。いくつかの種に関して低メチル化剤処理と世代更新をおこない、次世代シークエンスデータの解析を進めている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
シロイヌナズナに関しては転移可能と考えられるなコピーの解析ができる状態になっている。近縁種は世代更新ができない種があったが複数種で低メチル化剤処理後の次世代シークエンスデータ取得、および世代更新を完了した。本申請研究ではターゲットとしていないトランスポゾンファミリーに関して予備的な解析によって転移の可能性が見いだされたものが有る。
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| Strategy for Future Research Activity |
シロイヌナズナの低メチル化変異体に導入した転移可能と考えられるコピーは数世代自殖したのちに次世代シークエンスデータを取得し解析を進めていく。他のグループや別の系統に関して交配ではなく低メチル化剤処理によって簡潔に転移能の確認ができないか考えている。近縁種の低メチル化剤処理後の次世代シークエンスデータの解析によって対象以外のトランスポゾンファミリーに関しても解析を進めるとともに進化解析を完了させていく予定である。
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| Causes of Carryover |
当初予定していた次世代シークエンシング解析が植物の生育状況と世代更新の遅れによっておこなうことができなかった。本年度におこなった分の次世代シークエンシング解析は前年度までに別予算で購入した試薬類を使用している。
また、参加予定学会がオンライン開催となり、旅費の使用が必要なくなった。
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