2022 Fiscal Year Research-status Report
神経幹細胞特異的なエンハンサーによる遺伝子発現制御機構の解明
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21K06396
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| Research Institution | Keio University |
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Principal Investigator |
佐野坂 司 慶應義塾大学, 医学部(信濃町), 助教 (40588472)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
裏山 悟司 奈良県立医科大学, 医学部, 助教 (90609976)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | エンハンサーRNA / エピジェネティクス / 神経幹細胞 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究課題では、神経幹細胞特異的エンハンサーの同定に加え、その中でもエンハンサー活性を持っている真のエンハンサーの同定を試みている。近年、エンハンサー領域からはenhancer RNA(eRNA)と呼ばれるnon-coding RNAが発現しているという報告がなされていることから、そのeRNAの発現を条件として候補領域を探索し、初年度に705箇所同定している。また、eRNAとmRNAの発現を1細胞レベルで解析可能なRamDA-Seqを行い、エンハンサーの標的遺伝子の同定を試み、既知遺伝子に加え、新規の標的候補遺伝子を複数同定している。
本年度は、これらの同定した候補領域におけるエンハンサー活性制御機構を解析する為に、このeRNA発現領域に結合しうる因子をChIP-Seqデータベースを用いて網羅的に探索し、数種類の候補転写因子を同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
神経幹細胞得意的なエンハンサーの同定に加え、それら領域がどのように制御されているかを解析する事が目的であったが、エンハンサー領域に存在すると思われる複数の候補転写因子を同定する事が出来た為、おおむね順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでのsingle cell RNA-seqの解析結果から、eRNA発現領域とその標的遺伝子の関係が明らかとなっている事から、当初予定していたCRISPRiやCRISPRaを用いたバリデーションは不要となった。そこで、エンハンサー活性のメカニズム解明に集中し、ゲノムの3次元構造変化という観点を加えて領域得意的なエンハンサー制御機構の解析を行う。
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| Causes of Carryover |
single cell RNA-seqの精度が上がり、eRNAの発現部位とその標的遺伝子の発現を正確に捉える事が出来た為、他に予定していたeRNAとmRNAの相互作用のバリデーションが不要となった。
エンハンサー活性の制御機構の解明に関して、新たにクロマチンの3次元構造に着目した解析を加えて行う為、その費用とする。
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