2021 Fiscal Year Research-status Report
Whole-genome analysis for drug-resistance and pathogenicity of Aspergillus fumigatus
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21K07001
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| Research Institution | Chiba University |
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Principal Investigator |
高橋 弘喜 千葉大学, 真菌医学研究センター, 准教授 (60548460)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | アスペルギルスフミガタス / 系統解析 / 薬剤耐性 / 次世代シーケンサー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
環境中に普遍的に存在する真菌アスペルギルスフミガタスは、環境中の物質循環に貢献しているのみならず、重篤な肺アスペルギルス症の原因菌として最も多く分離されることから、病原菌としても我々と密接な関係にある。近年、我が国を含む先進国を中心に肺アスペルギルス症が増加傾向にあり、主に治療に使用されているアゾール系抗真菌薬に対する耐性株も出現していることから、その治療戦略の確立が急務となっている。しかしながら、未だ薬剤耐性の性状変化が起こる菌株とその遺伝的背景の関連については明らかとなっていないことから、薬剤耐性となった菌株の系統的な特徴や臨床分離株のゲノム的特徴について明らかにできれば、新たな治療戦略を確立する上で重要な知見となる。そこで本研究では、（１）薬剤耐性化が起こる菌株に系統的な特徴はあるのか？（２）臨床分離株に系統的な特徴はあるのか？、という２つの高リスク系統に迫ることを目的とする。そのために、千葉大学真菌医学研究センターで保存されている分離源が明確なアスペルギルスフミガタスの本邦分離株(臨床分離株・環境分離株)の全ゲノムシーケンスを大規模に実施し、高精度な系統関係の構築を進める。今年度は、菌株とそのメタ情報を整理し、解析に供する株の選定を進め、80株の全ゲノムデータを取得した。そのうちのいくつかの株では、薬剤感受性の評価を進めた。さらに薬剤耐性の原因遺伝子の変異についても調査を進めた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
千葉大学真菌医学研究センターで収集・保存されているアスペルギルスフミガタス菌株について、臨床分離株・環境分離株や分離年情報と薬剤耐性化歴について整理し、ゲノムシーケンスを行う株を選定した。今年度は、環境分離株80株について全ゲノムシーケンスを行い、データ取得を完了した。
全ゲノム情報を活用した系統解析を実現するための解析手法を検討した。GATKを用いた解析フローについて、文献調査を行い、本研究で使用するパラメーター値を決定した。
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| Strategy for Future Research Activity |
これまでに得られたゲノムデータについて、系統解析を行い、薬剤耐性系統の探索を試みる。薬剤感受性データの取得も継続して進める。また、選定した残りの菌株についても全ゲノムシーケンスを実施する。
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| Causes of Carryover |
技術補佐員の雇用を計画していたが、適任者がいなかったため採用を見送った。そのため、全額執行には至らなかった。
技術補佐員の人件費に充当するとともに、菌株の全ゲノムデータの取得に充当する予定である。
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