時系列的なマイクロ進化を加味した院内感染疫学の新手法開発に関する研究

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K07014
• Research Institution: Aichi Gakuin University
• Principal Investigator: 河村 好章 愛知学院大学, 薬学部, 教授 (80262757)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: CRISPR

Outline of Annual Research Achievements

Helicobacter cinaediの分離株、約１００株を入手済みである。昨年ほぼすべての菌株のドラフトゲノム配列を決定したが、その半数は、ターゲットと考えているCRISPR配列が断片化しているなどして、解析に利用できない事が判明した。今年度は、およそ５０株についてCRISPR領域のPCRを行い、配列決定を行った。CRISPRのスペーサーの挿入パターンから、１００株は、８つのクローンに分けられることが判った。このクローン解析は、16S rRNA塩基配列に基づく系統解析に類似していたが、より詳細であることが判った。
分離元の病院から受領した、分離年月、病棟番号、等の情報に照らして、現在分離株の時系列を確認しており、それらとクローン解析の結果を合わせて、進化系統が反映されるのか検証したい。
なお、昨年に続き、本研究を推進する過程で、ヒトから分離されるHelicobacter属菌種で、既存の菌種に当てはまらない株があることが明らかとなり、Helicobacter higonensisとの名称をつけ、分類学的に正式に発表することができた(論文受理は２０２３年度であったが、雑誌公表は２０２４年度にずれ込んでいる）。昨年同様、本研究のため、遺伝子を詳細に解析する事に拠り、新菌種の発見に繋げることができたと考えている。本成果について、ヨーロッパ微生物学会(FEMS)にて発表し、世界的に周知を行う予定である。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

昨年末にようやく臨床データを得る事が出来た。時系列に菌株を並べ、CRISPR初め、他の遺伝子での解析をようやく始められる状況となった為。

Strategy for Future Research Activity

まずは入手済みのHelicobacter cinaediの１００株を使った時系列解析を行っていきたい。他の菌種菌株についても、解析を始められるように準備を行いたい。

Causes of Carryover

Helicobacter cinaediのCRISPR解析に予想以上の時間がかかり、他の有用遺伝子の探索や他の菌種の解析まで進んでいないため。
国際学会参加費用、他の菌種菌株の収集費およびゲノムデータ解析費として使用予定。

Research Products

• [Presentation] Helicobacter kumamotonensis sp. nov. isolated from human specimens could be misidentified as Helicobacter equorum, horse origin. (2023)
  • Author(s): Kawamura Y, Kutsuna R, Tomida J, Yamamoto K, Miyoshi-Akiyama T, OkunoM, Ogura Y, Matsuoka M, Kawaguchi T, Tsutsuki H, SawaT
  • Organizer: FEMS 2023
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Helicobacter kumamotonensis sp, nov. isolated from human specimens. -Many new species candidates are waiting to appear- (2023)
  • Author(s): Kawamura Y, Kutsuna R, Tomida J, Yamamoto K, Miyoshi-Akiyama T, Okuno M, Ogura Y, Matsuoka M, Kawaguchi T, Tsutsuki H, Sawa T
  • Organizer: ASM Microbe 2023
  • Int'l Joint Research