2023 Fiscal Year Research-status Report
Study for pathogenesis and high resolution diagnosis of Shiga toxin-producing Escherichia coli infection by metagenomic analyses
| Project/Area Number |
21K07017
|
|---|
| Research Institution | National Institute of Infectious Diseases |
|---|
Principal Investigator |
李 謙一 国立感染症研究所, 細菌第一部, 主任研究官 (80721711)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
伊豫田 淳 国立感染症研究所, 細菌第一部, 室長 (70300928)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2025-03-31
|
| Keywords | 腸管出血性大腸菌 / メタゲノム解析 / 志賀毒素 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
腸管出血性大腸菌（EHEC）の集団感染例から得られた検体について、QIAseq FX DNA Library Preparation Kitを用いたライブラリー調整後、ショットガンメタゲノム解析を行い、菌属レベルで菌叢の比較を行った。その結果、EHECが分離されたサンプルで有意に存在比が低い属は存在しなかったが、有意に存在比が高い属が存在することが明らかとなった。今後、解析事例数を増やすとともに、種レベルで解析を行い、EHEC感染者または重症者に特徴的に存在する、あるいは存在しない菌種を同定する予定である。また、16S rRNA遺伝子の全長をPCR増幅後、Oxford Nanoporeシークエンサーを用いロングシークエンスによって全長メタ16S解析を行う体制をセットアップし、ショットガンメタゲノム解析を行ったサンプルの解析を行った。今後、両者の結果を比較解析し、解析プログラムの最適化を行う予定である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
重症例サンプルについては継続的に収集されている。集団感染サンプルについても新たに入手したため、より体系的な解析が可能となった。
|
| Strategy for Future Research Activity |
ショットガンメタゲノム解析についてはプログラムの自動化を進める。迅速・簡易な検査法として全長メタ16S解析を行う体制を確立する。
|
| Causes of Carryover |
他サンプルと合同でシークエンスを行うことで、費用を圧縮することが可能であった。
|
-
[Journal Article] Combined usage of serodiagnosis and O antigen typing to isolate Shiga toxin-producing Escherichia coli O76:H7 from a hemolytic uremic syndrome case and genomic insights from the isolate2024
Author(s)
Kenichi Lee, Atsushi Iguchi, Chikako Terano, Hiroshi Hataya, Junko Isobe, Kazuko Seto, Nozomi Ishijima, Yukihiro Akeda, Makoto Ohnishi, Sunao Iyoda, EHEC Working Group in Japan
-
Journal Title
Microbiology Spectrum
Volume: 12
Pages: -
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
[Presentation] 腸管出血性大腸菌O76による溶血性尿毒症症候群の血清診断および免疫磁気ビーズを用いた原因菌の分離・性状解析2024
Author(s)
李 謙一, 井口 純, 寺野千香子, 幡谷浩史, 磯部順子, 勢戸和子, 石嶋 希, 明田幸宏, 大西 真, 伊豫田 淳, EHEC Working Group
Organizer
第35回日本臨床微生物学会総会・学術集会
-
