2022 Fiscal Year Research-status Report
大腸がんctDNAの術後早期再発診断システム開発と再発への進化系統樹の臨床的意義
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21K07179
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| Research Institution | Kyushu University |
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Principal Investigator |
米村 祐輔 九州大学, 大学病院, 助教 (00883993)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
三森 功士 九州大学, 大学病院, 教授 (50322748)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 実装性 / ctDNA変異 / 経時的採血 / メチル化マーカー / ｄPCR / 転移再発 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
臨床病期II期/III期 大腸がん症例ではたとえ転移再発を来しても早期発見による外科的切除が生命予後を延長することから現在の血清腫瘍マーカーとCT/MRI画像検査を凌駕する術後再発早期発見のシステム構築が重要である。われわれは、大腸がん臨床病期II・III期の個々の症例において簡便かつ低侵襲に頻回の検査が可能なリキッドバイオプシーシステムを提案することを目的とした。
われわれは令和4年度には、当初の仮説として「血液で検出されやすいのはクローナリティの高いctDNA変異であり、クローナリティを評価することが重要」と掲げていた。したがって再発巣を検出するctDNA変異のクローナリティ(アリル頻度)と原発巣における検出される変異遺伝子の条件について6例の再発巣と原発巣のペア検体のWESおよび経時的血液のTarget Seqを実施した。その結果、転移巣を検出する変異は全て、原発巣においても高い変異率を示すことから、クローナリティそのものを評価することに意味がないことをあきらかにした(Nagayama S. et al. Sci Rep 2022)。
さらに「簡便かつ低侵襲に頻回の検査が可能なリキッドバイオプシーシステム」としてわれわれはエピゲノム変異に注目した。すなわち、ゲノム変異にはhot spotがなく患者毎にカスタマイズさせたプライマーを創ることが求められ、汎用性に乏しいことが明らかとなった。その点メチル化サイトは転写開始コドンAUGより上流1kに存在するプロモータのCpG islandは症例間で共通であり、プライマーの設定は簡便である。われわれはすでにステージIII大腸癌47例の経時的検体で解析を行った(unpublished data)。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
おおむね研究計画通りに進んでいる。
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| Strategy for Future Research Activity |
令和5年度は大腸癌で同定しdPCRで検出することができるマーカーの有用性を、ctDNA変異を対象にした解析と比較することで確認する。すなわち、ゲノム変異を有するctDNAをメチル化マーカーで検出可能か？あるいはどちらが感度 特異度高いのか？比較する。さらに今回われわれはpublic databaseの解析より3つのマーカーを絞り込んだが、それらのメチル化された遺伝子の由来について明らかにする。これまでのpreliminaryな解析の結果、ひとつのメチル化遺伝子Xは癌組織におけるCAF由来であることを示した。この事実はXが単なるメチル化マーカーであることに留まらず、再発に対する治療標的となりうることを示しており、鋭意解析を進めていく。
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| Causes of Carryover |
次年度、研究消耗品にて使用予定。
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[Journal Article] Mutated genes on ctDNA detecting postoperative recurrence presented reduced neoantigens in primary tumors in colorectal cancer cases.2023
Author(s)
Nagayama S, Kobayashi Y, Fukunaga M, Sakimura S, Sugimachi K, Sasaki S, Masuda T, Mafune KI, Oshima M, Shibata T, Suzuki Y, Mimori
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Journal Title
Sci Rep
Volume: 13(1)
Pages: 1366
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of the Minimum Combination of Serum microRNAs to Predict the Recurrence of Colorectal Cancer Cases.2023
Author(s)
Yoshikawa Y, Fukunaga M, Takahashi J, Shimizu D, Masuda T, Mizushima T, Yamada K, Mori M, Eguchi H, Doki Y, Ochiya T, Mimori K.
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Journal Title
Ann Surg Oncol.
Volume: 30(1)
Pages: 233-243.
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Molecular and clinicopathological differences between depressed and protruded T2 colorectal cancer.2022
Author(s)
Mochizuki K, Kudo SE, Kato K, Kudo K, Ogawa Y, Kouyama Y, Takashina Y, Ichimasa K, Tobo T, Toshima T, Hisamatsu Y, Yonemura Y, Masuda T, Miyachi H, Ishida F, Nemoto T, Mimori K.
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Journal Title
PLoS One.
Volume: 17(10)
Pages: e0273566
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] PRKRIP1, A Splicing Complex Factor, Is a Marker of Poor Prognosis in Colorectal Cancer.2022
Author(s)
Ozato Y, Masuda T, Kobayashi Y, Takao S, Hisamatu Y, Toshima T, Yonemura Y, Uemura M, Eguchi H, Doki Y, Mori M, Mimori K.
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Journal Title
Anticancer Res.
Volume: 42(10)
Pages: 4701-4706.
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Pan-cancer methylome analysis for cancer diagnosis and classification of cancer cell of origin.2022
Author(s)
Shimizu D, Taniue K, Matsui Y, Haeno H, Araki H, Miura F, Fukunaga M, Shiraishi K, Miyamoto Y, Tsukamoto S, Komine A, Kobayashi Y, Kitagawa A, Yoshikawa Y, Sato K, Saito T, Ito S, Masuda T, Niida A, Suzuki M, Baba H, Ito T, Akimitsu N, Kodera Y, Mimori K.
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Journal Title
Cancer Gene Ther.
Volume: 29(5)
Pages: 428-436
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] GET4 is a novel driver gene in colorectal cancer that regulates the localization of BAG6, a nucleocytoplasmic shuttling protein.2022
Author(s)
Koike K, Masuda T, Sato K, Fujii A, Wakiyama H, Tobo T, Takahashi J,Motomura Y, Nakano T, Saito H, Matsumoto Y, Otsu H, Takeishi K, Yonemura Y, Mimori K, Nakagawa T.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 113(1)
Pages: 156-169
DOI
Peer Reviewed
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