Cancer comprehensive genomic analysis and establishment of drug efficacy assessment system

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project/Area Number: 21K07194
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• Allocation Type: Multi-year Fund
• Section: 一般
• Review Section: Basic Section 50020:Tumor diagnostics and therapeutics-related
• Research Institution: Saga University
• Principal Investigator: Aragane Naoko 佐賀大学, 医学部, 特任教授 (20321846)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 佐藤 明美 佐賀大学, 医学部, 助教 (20568357) ; 中島 千穂 佐賀大学, 医学部, 病院助教 (40858502) ; 中村 朝美 佐賀大学, 医学部, 助教 (90457490)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: がんゲノム / 病的意義不明変異 / PDX / CTOS / Molecular dynamics

Outline of Final Research Achievements

We analyzed a variant of unknown significance (VUS) detected from a patient of carcinoma of unknown primary site as a pilot case. Using comprehensive genomic profiling, a VUS, ERBB2 E401G was detected with high allelic fraction. We confirmed the invasiveness of E401G overexpressing cell line, and also found stable heterodimer formation with EGFR in a ligand-independent manner using molecular dynamics simulation. PDX and CTOS established from the cancer tissue obtained from the patient were used for assessment of drug efficacy, and anti-cancer efficacy of afatinib, EGFR/Her2 dual inhibitor was shown. The more rapid assessment system is urgently needed in future.

Free Research Field

臨床腫瘍学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

2019年保険診療としてがんゲノム診療が臨床応用され、その検査頻度は増加傾向にある。しかし、薬剤到達率10%内外にとどまり、ほとんど患者さんはこの検査の恩恵を受けていないのが現状である。特に意義不明とされる遺伝子異常については解釈の範囲外にある。
本研究では、がんゲノム診療で得られた情報を元に有効な治療薬の推奨を行う事を目的としている。種々の方法を用いて意義不明遺伝子異常の機能を明らかにし、薬剤有効性の評価を行い、効果が期待できる薬剤を選定する事ができた。この方法をより迅速に行うことができれば、がんゲノム検査を受けた患者さんに有益な結果報告を行い薬剤へのアクセス頻度を上げることができると考える。