Construction of DNA Methylation Markers for liqid biopsy of Pancreatic Cancer.

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K07222
• Research Institution: Kagoshima University
• Principal Investigator: 横山 勢也 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 助教 (20569941)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 谷本 昭英 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 教授 (10217151) ; 濱田 大治 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 助教 (30771480) ; 東 美智代 鹿児島大学, 医歯学域鹿児島大学病院, 准教授 (60315405) ; 杉本 知之 滋賀大学, データサイエンス学部, 教授 (70324829) ; 赤羽 俊章 鹿児島大学, 医歯学総合研究科, 特任研究員 (70754480)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: cholangiocarcinoma / DNA methylation / NGS / BSAS / prognosis prediction

Outline of Annual Research Achievements

当該研究室で開発した従来のDNAメチル化解析法：メチル化特異的電気泳動法（MSE法：特許第5765586号）は解析スループットの低さ，手法の煩雑さが臨床応用を目指すうえでボトルネックとなっている．そこで，NGSを用いたバイサルファイトアンプリコンシークエンス（BSAS）パネルの開発を行った．当該BSASパネルを用いて，細胞診余剰分によりFFPE（ホルマリン固定パラフィン包埋）検体，およびLBC（liquid-based cytology）固定検体，凍結組織検体を作成し32症例において比較した．MUC1,MUC2,MUC4解析結果において，すべての固定法間に有意差は認められなかった．くわえて，MUC1，MUC2およびMUC4以外の遺伝子のDNAメチル化解析においても同様の結果を得ることができた．その他の遺伝子を機械学習モデルに組み込むことで解析能の向上が期待できる．しかしながら，個別検体間では解析結果に差異が認められるため，予後判別モデルを構築する際に検体固定情報を用いる必要が示唆される．

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

細胞診検体の固定法における差異・問題点の確認を行った．加えて，従来法により確認済みの手術摘出症例の解析も順次遂行している．また，臨床情報とともに細胞診検体を９００症例を収集した．

Strategy for Future Research Activity

従来法と新規法によるDNAメチル化解析の差異を検討する．くわえて，新規方法により細胞診検体のDNAメチル化解析と予後予測法の構築を行う．

Causes of Carryover

核酸抽出に関わる物品費として計上する