2022 Fiscal Year Research-status Report
Construction of DNA Methylation Markers for liqid biopsy of Pancreatic Cancer.
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21K07222
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| Research Institution | Kagoshima University |
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Principal Investigator |
横山 勢也 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 助教 (20569941)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
谷本 昭英 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 教授 (10217151)
濱田 大治 鹿児島大学, 医歯学域医学系, 助教 (30771480)
東 美智代 鹿児島大学, 医歯学域鹿児島大学病院, 准教授 (60315405)
杉本 知之 滋賀大学, データサイエンス学部, 教授 (70324829)
赤羽 俊章 鹿児島大学, 医歯学総合研究科, 特任研究員 (70754480)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | PDAC / DNA methylation / MPS / BSAS / prognosis prediction |
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| Outline of Annual Research Achievements |
当該プログラムにおいては，膵癌臨床検体（針生検検体・細胞診検体・凍結組織検体・摘出組織検体・FFPE組織検体・体液検体）において，各ムチン遺伝子を含むがん遺伝子・がん抑制遺伝子のDNAメチル化状況と，その組織における発現との相関を明らかにする．さらに，予後を含む臨床情報を用いて統計的因果分析ならびに高次予測可能機械学習を行うことで摘出術奏功性評価を含めた悪性度予測モデルの構築，ならびにリキッドバイオプシへ向けたバイオマーカー開発の可能性を探索する．
本年度においてDNAメチル化解析を用いた機械学習モデルへ適応可能な臨床検体の検討を行った．細胞診検体の余剰分への適応範囲を広げるために，細胞診検体において凍結保存・FFPE保存・LBC保存における解析結果への影響を確認した．微量検体より抽出可能なＤＮＡ量においても対応可能なＮＧＳによるアンプリコンシークエンスを応用した当該方法は，約１％程度のメチル化より検出可能であった．当該方法を臨床検体に適応することで，膵臓癌の悪性度を予測可能な検出法となりえると考えられる．今後は針生検検体・体液検体とより低侵襲性でチャレンジングな検体での解析結果とその予後を含めた臨床情報との比較検討を行わなければならない．現行法では手のつけようのない膵臓癌の克服に向けて，悪性度予測モデルの構築を目指す．当研究計画により針生検などの微小組織検体や低侵襲的に採取可能な膵液・胆汁液検体を用いた摘出術奏功性評価を含めた診断法の有用性を世界に先駆けて報告できると考えている．
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
細胞診検体よりのDNA抽出工程を完了している．
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| Strategy for Future Research Activity |
BSASパネル解析用のライブラリー作成およびシークエンスを行い，細胞診検体のDNAメチル化解析を完了する．膵臓腫瘍の悪性度の異なる各病型・前癌病変・膵癌の各ステージにおける，各遺伝子のメチル化指数・発現量解析結果を用いて，因果推論分野，数理統計分野，機械学習分野と共同し膵癌悪性度判別システムを開発する．予後や再発・治療の奏功性においても同様の解析を行い，膵癌における術後リスクマーカーとしての有用性を評価する．
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| Causes of Carryover |
次年度においてライブラリー作成への使用を改革している．
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