2021 Fiscal Year Research-status Report
腫瘍Microbiome-Viromeから探る難治性悪性リンパ腫バイオマーカー
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21K07231
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science |
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Principal Investigator |
大保木 啓介 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副参事研究員 (80415108)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
貞任 大地 東京都立駒込病院(臨床研究室), 臨床検査科, 臨床研究支援員(ゲノム情報解析) (20868773)
下山 達 東京都立駒込病院(臨床研究室), 腫瘍内科, 医長 (70450591)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | virome / がん |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）等を対象とする研究を計画している。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い（不均一な）疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。
本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異（遺伝子異常）、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的とする。本年度は分担研究者の協力のもと、DLBCL患者リンパ節試料から、DNAおよびRNAを抽出し、次世代シークエンス技術による、遺伝子変異検出のためのターゲットシークエンス、およびRNAシークエンスを開始した。ターゲットシークエンスにおける遺伝子の選択については、文献のほか、日本血液学会による造血器腫瘍ゲノム検査ガイドラインから対象遺伝子を選定し、DLBCL用のパネル設計を完了した。次に、病院で保存されている試料のうち、病理診断に用いられたFFPE試料（ホルマリン固定パラフィン置換試料）の可用性の確認、および臨床医による試料作成依頼からシークエンス実施、解析、レポート作成までの工程と所要時間の確認を開始した。RNAシークエンスについては、FFPE試料からではなく、凍結保存試料からRNA抽出を開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
ターゲットシークエンスによる体細胞変異検出系の準備は整い、RNAシークエンスについても解析を開始し一部については解析を進めている。しかしながら、解析数の不足により１年目の目標としていた、RNAシークエンスによるバイオマーカー候補の選定には至っていないことから、進行はやや遅れていると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
ターゲットシークエンスについては、抽出したDNAを用いた次世代シークエンス解析を実施し、遺伝子変異を同定し診断につなげてゆくための解析アルゴリズムを最適化してゆく。また、凍結保存試料からのRNAシークエンスとその費用調達を急ぐほか、当初計画の解析数に至らない場合についての再計画案についても立案を急ぐ。
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| Causes of Carryover |
雇用中の研究技術員が年度途中で産休・育休となり人件費支出が計画よりも少なくなったため繰越金が生じた。当該分は育休からの復帰後に充てられる予定である。
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[Presentation] Mutation Analysis of Very Late Relapse of Myeloid Malignancies after Stem Cell Transplantation2021
Author(s)
Takashi Toya, Daichi Sadato, Yasuhiro Kanbara, Chizuko Hirama, Kyoko Haraguchi, Hiroaki Shimizu, Yuho Najima, Takeshi Kobayashi, Yoshiki Okuyama, Keisuke Oboki, Hironori Harada, Kazuteru Ohashi, Yuka Harada, Noriko Doki.
Organizer
14th The JSH International Symposium 2021 in Kamakura
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[Presentation] Clinical, Cytogenetic, and Molecular Characteristics Analysis in Myelodysplastic Syndromes with Elevated Ferritin Levels.2021
Author(s)
Atsushi Wada, Naoki Shingai, Daichi Sadato, Chizuko Hirama, Satoshi Sakai, Chika Kato, Yasuhiro Kanbara, Shiori Nakashima, Yuya Atsuta, Ryosuke Konuma, Yuya Kishida, Yusuke Uchibori, Daishi Onai, Akihiko Nishijima, Junichi Mukae, T Toya, H Shimizu, Y Najima, T Kobayashi, K Oboki, H Harada, K Ohashi, Y Harada, N Doki
Organizer
63RD ASH ANNUAL MEETING
