2022 Fiscal Year Research-status Report
腫瘍Microbiome-Viromeから探る難治性悪性リンパ腫バイオマーカー
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21K07231
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan Institute of Medical Science |
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Principal Investigator |
大保木 啓介 公益財団法人東京都医学総合研究所, ゲノム医学研究センター, 副参事研究員 (80415108)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
貞任 大地 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 臨床検査科, 臨床研究支援員(ゲノム情報解析) (20868773)
下山 達 地方独立行政法人東京都立病院機構東京都立駒込病院(臨床研究室), 腫瘍内科, 部長 (70450591)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 悪性リンパ腫 / バイオマーカー |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究はリンパ腫の中で最も頻度の高い、びまん性大細胞型B細胞性リンパ腫（DLBCL）等を対象とする研究を計画している。DLBCLは遺伝子異常の面から異質性の高い（不均一な）疾患であり、“Cell-of-Origin”や“Double hit lymphoma”などの分類法はあるものの、これまでのところ、難治性のDLBCLを感度・特異度良く予測できるバイオマーカーや遺伝子プロファイルは明らかにされていない。
本研究では、病院で収集保存された患者試料のDNAやRNAから微生物プロファイルを探索・同定し、体細胞変異（遺伝子異常）、内在性mRNA等の遺伝子発現情報との組み合わせによって、診断に有用な難治性DLBCLの予後予測法を開発することを目的とする。本年度は研究分担者の協力のもと、DLBCL患者リンパ節試料からDNAおよびRNAを抽出し、次世代シークエンス技術による遺伝子異常検出のためのターゲットシークエンスを実施した。採用したターゲットシークエンスはPCRアンプリコンを多数作成して行う方式であり、おおよそ自動化されたシステムによって一塩基変異や挿入・欠失変異を検出することができた。一方で、DLBCLの分類に重要な要素である体細胞性のコピー数変化の検出は、このターゲットシークエンス方式においてはコンセンサスのある基準が確立されていない。そのため、追加で対照（非腫瘍性）DNAのターゲットシークエンスデータの取得を行ったほか、解析ツールの選定、その解析環境構築とテスト、閾値の設定についての文献調査を実施し、検体組織の腫瘍含有率を考慮した合理性のある判定基準を作成した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
解析数の不足により１年目の目標としていた、RNAシークエンスによるバイオマーカー候補の選定には至っていないことから、進行はやや遅れていると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
ターゲットシークエンスについては、コピー数変化判定のための解析フローを確立できたことから、体細胞性のコピー数変化データを加えた変異による検体の分類を進めてゆく。また、凍結保存試料からのRNAシークエンスとその費用調達を急ぐほか、当初計画の解析数に至らない場合についての再計画案についても立案を急ぐ。
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| Causes of Carryover |
雇用予定者の育休延長により本年度の人件費支出が計画よりも少なくなったため繰越金が生じた。
繰越金は今年度請求予算と共に、主に解析費用等に充てることで執行する計画である。
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Research Products
(6 results)
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[Journal Article] Labile CD22 and CD19 expression in a case of Philadelphia chromosome-like acute lymphoblastic leukemia.2022
Author(s)
Mukae J, Sadato D, Toya T, Watanabe S, Hirama C, Konuma R, Shimizu H, Najima Y, Kobayashi T, Kato M, Ohki K, Oboki K, Harada H, Ohashi K, Deguchi T, Harada Y, Doki N
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Journal Title
Leuk Lymphoma
Volume: 63
Pages: 3261-3264
DOI
Peer Reviewed
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[Presentation] TKIに抵抗性を示し、同種移植後早期にCNS再発を認めたCMLの1例2022
Author(s)
酒井 知史, 清水 啓明, 貞任 大地, 平間 千津子, 神原 康弘, 小沼 亮介, 和田 敦司, 内堀 雄介, 尾内 大志, 西島 暁彦, 迎 純一, 新谷 直樹, 遠矢 嵩, 名島 悠峰, 小林 武, 大保木 啓介, 原田 浩徳, 坂巻 壽, 大橋 一輝, 原田 結花, 土岐 典子
Organizer
第16回日本血液学会関東甲信越地方会会
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