DNAメチル化パネルによる多癌種鑑別診断技術の確立

2023 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K07240
• Research Institution: Nagoya University
• Principal Investigator: 清水 大 名古屋大学, 医学部附属病院, 病院講師 (50723037)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2025-03-31
• Keywords: DNAメチル化 / ctDNA / 診断

Outline of Annual Research Achievements

研究代表者は、2019年度若手研究での「cfDNAを用いた大腸癌特異的メチル化マーカーによる大腸癌存在診断法の開発」を発展させ、27癌種にのぼる多癌種を鑑別診断し得るメチル化パネルの構築に成功している。作成したメチル化パネルの診断能は、自施設で入手した大腸癌・胃癌・乳癌の組織検体や、別の公共データベースから得られた腫瘍組織のメチル化データを用いることで検証し、その結果、人種・組織検体の保存法（凍結もしくはパラフィン包埋）・DNAメチル化の検出手法（アレイもしくはシーケンス）によらず、さらに腫瘍内不均一性の影響を受けずに、高い精度で27種の悪性腫瘍の診断に用いることができることを示し
た。また、血液中のcirculating tumor DNA（ctDNA）のメチル化状態からも、どの臓器由来の悪性腫瘍が存在するかを診断できる可能性が示された。さらには、原発不明癌症例の血液検体からも原発臓器を同定できる可能性が示された。
本研究では、その先行研究で得られた知見を発展させるため、多癌種でのctDNA解析を計画実行中である。血性を含む臨床検体は順調に収集されている。メチル化検出には次世代シーケンサーを用いる予定であるが、現行のメチル化検出手法であるバイサルファイト処理は、その処理過程における核酸の損失が多く、微量なctDNAのメチル化検出には適さない。現状の研究のボト確立されていない所にある。
当初の研究計画に記載したGenomedia社での開発に限らず、有用なものを選択して用いる予定であるが、微量かつ貴重な検体を供与できる技術にまだ至っていない。

Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

検体収集は進んでいるが、検出技術の確立が未成熟であり、メチル化検出に提出できない状況である。解析に至っておらず、想定した予定より遅れている。

Strategy for Future Research Activity

検体は有限であり、収集収集は可能な限り継続する。収集した検体からは、いつでもシーケンスに提出できるよう、核酸抽出を行っておく。

Causes of Carryover

シーケンスベースの検査にまだ提出できていないため。来年度以降、メチル化検出技術の検索を行いつつ、適切な検出手法が開発され次第、シーケンスベースの検査に使用予定である。