2022 Fiscal Year Research-status Report
マスト細胞の酸化還元応答に関与する遺伝子群の網羅的解析と治療・創薬開発への応用
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21K07747
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
寺田 知新 岐阜大学, 医学部, 教授 (30345780)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
富田 美穂子 日本体育大学, 保健医療学部, 期限付一般研究員 (00366329)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | マスト細胞 / 加重遺伝子共発現ネットワーク分析 / GO解析 / pathway解析 / hub genes |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度は、前年度に加重遺伝子共発現ネットワーク分析（WGCNA）を用いて得られたマスト細胞の
1. 無刺激群とDNA-IgE感作群において上位のMS（module significance）値を持つyellow、brown、magenta、redの4つのモジュールおよび
2. DNA-IgE感作群とDNA-IgE感作+DNA-BSA刺激群において上位のMS値を持つturquoise、yellow、blue moduleの3つのモジュールについてさらに解析を行った。まず、BIND、BioGRID、CORUM、DIP、HPRD、InnateDB、IntAct、MatrixDB、MINT、MPact、MPIDB、MPPIなどの主要なPPIデータベースを集約したiRefIndexデータとBioPlex2.0データなどを統合して、合計で22,616のノードと515,015のエッジで構成されるヒト全PPI（protein-protein interaction）ネットワークを構築した。これに各モジュールの遺伝子をマッピングして、各々のモジュールのPPIネットワークを構築した。また、PPIネットワークとして各々のモジュールの最大連結成分を抽出した。さらに密に接続されたPPIクラスターを同定するためにCytoscapeのアプリであるMCODEを使用して解析し、1. yellow、brown、magenta、red モジュールについて各々15、21、1、3つのPPIクラスターを検出し、2. turquoise、yellow、blue モジュールについては各々38、34、15のPPIクラスターを同定した。また、これらのクラスターについてReactome pathway解析を行った。高いスコアを持つクラスターについては、細胞周期やミトコンドリアの翻訳、mRNAのスプライシングなどに関与するパスウェイをいくつか同定した。さらにCytoHubbaを用いて、他の遺伝子と高度に連結したハブ遺伝子の同定を行い、接続数の多いハブ遺伝子の候補となる複数の遺伝子を同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
前年度の遅れを取り戻し、概ね計画通りに研究が進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
GWASのアレルギー疾患に関与する遺伝子や進化に関与する遺伝子（positive selection, gene HAR）などが、我々が同定したどのPPIクラスターに濃縮されているかを検討し、重要なpathwayやハブ遺伝子を絞り込み、確定する。
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| Causes of Carryover |
理由：購入を予定していた試薬や物品について、こちらが予定していたよりも安く買えたため。
使用計画：次年度の物品や試薬の購入に支出する。
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Research Products
(3 results)
