2023 Fiscal Year Annual Research Report
マスト細胞の酸化還元応答に関与する遺伝子群の網羅的解析と治療・創薬開発への応用
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21K07747
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| Research Institution | Gifu University |
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Principal Investigator |
寺田 知新 岐阜大学, 医学部, 教授 (30345780)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
富田 美穂子 日本体育大学, 保健医療学部, 期限付一般研究員 (00366329)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | マスト細胞 / 加重遺伝子共発現ネットワーク分析 / GO解析 / pathway解析 / hub genes |
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| Outline of Annual Research Achievements |
マウスBMMC（骨髄由来培養マスト細胞）に対して無刺激、DNA-IgEで一晩感作した、およびDNA-IgEで一晩感作したのちDNA-BSAで2時間刺激したサンプルの遺伝子発現プロファイルが抽出されているマイクロアレイデータをGene Expression Omnibus (GEO)のデータベースからダウンロードした。
シグナル強度を正規化した後、発現変動遺伝子のスクリーニングを行った。また、加重遺伝子共発現ネットワーク分析（WGCNA）を用いて、遺伝子間ネットワークを抽出し、10のモジュールを同定した。各モジュールの有意性（MS）を計算し、上位のMS値を持つモジュールについて無刺激群とDNA-IgE感作群、DNA-IgE感作群とDNA-IgE感作+DNA-BSA刺激群で固有遺伝子発現を比較し、各々統計学的に有意差が認められた。これらのモジュールの中に創薬のターゲットとなる標的遺伝子（群）が含まれている可能性を検討するため、モジュールの遺伝子群についてGO解析を行った。この結果、重要度が高いと考えられるいくつかのGO termおよび遺伝子群を同定した。次に各モジュールのPPIネットワークを構築した。さらに密に接続されたPPIクラスターを同定するためにMCODEを使用した。yellow、brown、magenta、red モジュールについて各々15、21、1、3つのPPIクラスターを検出し、turquoise、yellow、blue モジュールについては各々38、34、15のPPIクラスターを同定した。また、Reactome pathway解析を行い、細胞周期やミトコンドリアの翻訳、mRNAのスプライシングなどに関与するパスウェイ等をいくつか同定した。さらにCytoHubbaを用いて、他の遺伝子と高度に連結したハブ遺伝子の同定を行い、ハブ遺伝子の候補を同定した。
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