2022 Fiscal Year Research-status Report
ChIP-Seqを用いた若年性骨髄単球性白血病の網羅的ヒストン修飾解析
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21K07771
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
村松 秀城 名古屋大学, 医学部附属病院, 講師 (00572570)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
奥野 友介 名古屋市立大学, 医薬学総合研究院(医学), 教授 (00725533)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | JMML |
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| Outline of Annual Research Achievements |
若年性骨髄単球性白血病（juvenile myelomonocytic leukemia; JMML）は、主に5歳未満の小児に発症する予後不良な造血器腫瘍である。唯一の根治療法は同種造血細胞移植であるが、一部の症例は無治療で長期生存することも知られており、予後を正確に予測するバイオマーカーに基づく最適医療（Precision Medicine）の実現が求められている。我々は、これまでの研究で網羅的遺伝子解析の技術を用いて遺伝子変異/遺伝子発現/遺伝子メチル化の各プロファイリングを行い、多くのJMMLの予後予測因子を明らかにした。
本研究では、クロマチン免疫沈降シーケンス（ChIP-Seq）を用いてヒストン修飾の網羅的プロファイリングを行い、JMMLの疾患特異的なエンハンサー領域の同定およびこれまでに得られている網羅的ゲノム情報との統合解析を通じて、分子学的発症メカニズムの全体像を明らかにすることを目標としている。これまでに、24例のJMML臨床検体を用いてChIP-Seq解析を完了し、JMML特異的にH3K27acのヒストンマークが濃縮しているエンハンサー領域の候補を抽出した。さらに、2021年度にはSingle-cell RNA-seqの解析手法を確立し、少数例ではあるがJMML臨床検体での解析を実施した。2022年度には、さらにsingle-cell RNA-seqの解析検体を増やし、現在、すでに完了している他のゲノム解析結果（DNAシーケンス、RNAシーケンス、遺伝子メチル化解析）との統合解析を遂行中である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
当初の計画に基づき、JMML臨床検体を用いたChiP-Seq解析を遂行できている。ChiP-Seqの解析に十分な保存細胞数が確保できた24例の解析を実行済である。さらに、single cell RNA-seqとの統合解析を進めている。
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| Strategy for Future Research Activity |
ChiP-Seq解析の結果を、これまでに実行済のゲノム解析（DNAシーケンス、RNAシーケンス、遺伝子メチル化解析）の結果と統合的な解析を行う。さらに、2021年度に確立したSingle-cell RNA-seqの解析手法を用いて、2022年度には解析検体を増加させており、さらなる統合ゲノム解析を推進する予定である。
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| Causes of Carryover |
年度内に納品予定していた検体解析の納期が遅れたため、次年度へ繰り越すことになった。次年度依頼分の検体解析費に充てる予定である。
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