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2021 Fiscal Year Research-status Report

Implementation of 3-D Facial Image-based Diagnosis Assistance of Ultrarare Congenital Malformation Syndromes

Research Project

Project/Area Number 21K07800
Research InstitutionNagasaki University

Principal Investigator

三嶋 博之  長崎大学, 原爆後障害医療研究所, 助教 (10513319)

Project Period (FY) 2021-04-01 – 2024-03-31
Keywords希少疾患 / 診断支援 / 3次元 / 機械学習 / ダウン症候群 / 顔貌
Outline of Annual Research Achievements

臨床診断が難しい先天形態異常症候群の確定診断には、遺伝型情報と臨床遺伝専門医による表現型の記述、とくに大きな手がかりとなる顔貌特徴との統合が重要である。研究代表者は、2次元顔貌解析技術 Face2Gene が本邦症例でもすでに高い性能を持つが、極めてまれな症候群の診断補助には能力不足であることを報告した。本研究の目的は、研究代表者の仮説である「3 次元顔貌画像が持つ情報量と線形的な情報特性を活かせば、学習症例数が制限された極めてまれな遺伝症候群においても診断補助の限界克服が可能である」ことの実証である。そのために本研究は、(1)研究代表者がすでに導入済みの3次元カメラを用いた日本人3次元顔貌データ収集と、(2)顔貌計測値の定義詳細まで含めた情報共有のための基盤技術の確立、(3)顔貌計測値と3次元曲面形状の機械学習による診断補助技術の開発を行う。この研究の成果は、今後さらに規模を拡大した国内の3次元顔貌情報の収集と共有、あるいは国際的な情報共有による超希少疾患の診断能力の向上へむけた先駆けとなるものである。
これらをふまえ、初年度の研究実施計画として、(A)患者および健常ボランティアからの3次元顔貌データと臨床情報の収集/本邦における先天性遺伝疾患患者およびコントロール群からの独自データ収集、(B)複数の定義が混在する顔貌計測点と顔貌測定値を考慮したデータ表現を確立することとした。(A)については概ね順調に独自のデータ収集をすすめることができている。(B)については、既存のデータ表現の調査と限界についての考察をすすめている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

初年度の研究実施計画として、(A)患者および健常ボランティアからの3次元顔貌データと臨床情報の収集/本邦における先天性遺伝疾患患者およびコントロール群からの独自データ収集、(B)複数の定義が混在する顔貌計測点と顔貌測定値を考慮したデータ表現を確立することとした。(A)については、疾患群33症例、コントロール群7名の収集を終えている。(B)については、既存のデータ表現の調査と限界についての考察をすすめている。

Strategy for Future Research Activity

患者および健常ボランティアからの3次元顔貌データと臨床情報の収集をさらに継続する。また、データ解析を開始する基本的な収集サンプル数に達したことから、統計的データ解析を進める。複数の定義が混在する顔貌計測点と顔貌測定値を考慮したデータ表現を確立については、海外の研究者とも連絡を取り合い、改善点を提案してゆく。

Causes of Carryover

当初予定していた計算サーバー新規導入は、既存のシステムの改修によって初年度のデータ計算需要をまかなえる見通しとなったため見送った。旅費は参加予定の学術集会のオンライン開催への変更に伴い使用しなかった。次年度は、データ解析のための計算需要に必要な性能のサーバーを購入する予定、又はクラウドサーバーの使用費として使用するつもりである。

  • Research Products

    (10 results)

All 2022 2021

All Journal Article (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 1 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results)

  • [Journal Article] gnomAD(特集: ゲノム医療におけるデータベース―使い方とコツ)2022

    • Author(s)
      三嶋博之
    • Journal Title

      遺伝子医学

      Volume: 12 Pages: 60-64

  • [Journal Article] Heterozygous missense variant of the proteasome subunit β-type 9 causes neonatal-onset autoinflammation and immunodeficiency2021

    • Author(s)
      Kanazawa N.、Hemmi H.、Kinjo N.、Ohnishi H.、Hamazaki J.、Mishima H.、et al.
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 12 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-021-27085-y

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] BCS1L mutations produce Fanconi syndrome with developmental disability2021

    • Author(s)
      Kanako Kojima-Ishii、Sakakibara Nana、Murayama Kei、Nagatani Koji、Murata Satoshi、Otake Akira、Koga Yasutoshi、Suzuki Hisato、Uehara Tomoko、Kosaki Kenjiro、Yoshiura Koh-ichiro、Mishima Hiroyuki、Ichimiya Yuko、Mushimoto Yuichi、Horinouchi Tomoko、Nagano China、Yamamura Tomohiko、Iijima Kazumoto、Nozu Kandai
    • Journal Title

      Journal of Human Genetics

      Volume: 67 Pages: 143~148

    • DOI

      10.1038/s10038-021-00984-0

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Patient with Kabuki Syndrome Mutation Presenting with Very Severe Aplastic Anemia2021

    • Author(s)
      Tamura Shinobu、Kosako Hideki、Furuya Yoshiaki、Yamashita Yusuke、Mushino Toshiki、Mishima Hiroyuki、Kinoshita Akira、Nishikawa Akinori、Yoshiura Ko-Ichiro、Sonoki Takashi
    • Journal Title

      Acta Haematologica

      Volume: 145 Pages: 89~96

    • DOI

      10.1159/000518227

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Itpr1 regulates the formation of anterior eye segment tissues derived from neural crest cells2021

    • Author(s)
      Kinoshita Akira、Ohyama Kaname、Tanimura Susumu、Matsuda Katsuya、Kishino Tatsuya、Negishi Yutaka、Asahina Naoko、Shiraishi Hideaki、Hosoki Kana、Tomiwa Kiyotaka、Ishihara Naoko、Mishima Hiroyuki、Mori Ryoichi、Nakashima Masahiro、Saitoh Shinji、Yoshiura Koh-ichiro
    • Journal Title

      Development

      Volume: 148 Pages: -

    • DOI

      10.1242/dev.188755

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functionally validated SCN5A variants allow interpretation of pathogenicity and prediction of lethal events in Brugada syndrome2021

    • Author(s)
      Ishikawa Taisuke、Kimoto Hiroki、Mishima Hiroyuki、et al.
    • Journal Title

      European Heart Journal

      Volume: 42 Pages: 2854~2863

    • DOI

      10.1093/eurheartj/ehab254

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Bile extracellular vesicles from end-stage liver disease patients show altered microRNA content2021

    • Author(s)
      Nakashiki Suguru、Miuma Satoshi、Mishima Hiroyuki、Masumoto Hiroshi、Hidaka Masaaki、Soyama Akihiko、Kanda Yasuko、Fukushima Masanori、Haraguchi Masafumi、Sasaki Ryu、Miyaaki Hisamitsu、Ichikawa Tatsuki、Takatsuki Mitsuhisa、Eguchi Susumu、Yoshiura Koh-ichiro、Nakao Kazuhiko
    • Journal Title

      Hepatology International

      Volume: 15 Pages: 821~830

    • DOI

      10.1007/s12072-021-10196-5

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Multifaceted array‐based keloidal gene expression profiling reveals specific MDFI upregulation in keloid lesions2021

    • Author(s)
      Asai M.、Koike Y.、Kuwatsuka Y.、Yagi Y.、Kashiyama K.、Tanaka K.、Mishima H.、Yoshiura K.、Utani A.、Murota H.
    • Journal Title

      Clinical and Experimental Dermatology

      Volume: 46 Pages: 1255~1261

    • DOI

      10.1111/ced.14698

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] ヒトゲノムデータの利活用の実際(特集・みんなのバイオDX)2021

    • Author(s)
      三嶋博之
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 39 Pages: 3014-3017

  • [Presentation] 先天性形態異常症候群の診断補助システムの現状2021

    • Author(s)
      三嶋博之
    • Organizer
      第58回日本小児外科学会学術集会
    • Invited

URL: 

Published: 2022-12-28  

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