2021 Fiscal Year Research-status Report
炎症性腸疾患における免疫細胞の分化可塑性の機序と病態の解明
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21K07895
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| Research Institution | Osaka University |
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Principal Investigator |
村上 真理 大阪大学, 医学系研究科, 助教 (10801293)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | 炎症性腸疾患 / 獲得免疫細胞 / シングルセル解析 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
T細胞の過剰な免疫応答は炎症性腸疾患発症の主たる誘因である。疾患特異的な獲得免疫機構を明らかにするため、これまでに炎症性腸疾患の摘出腸管検体より単離したT細胞の包括的な解析を単一細胞レベルで行い、クローン病において優勢に増加するT細胞サブセットを同定した。さらに、このサブセットを単離するための細胞表面マーカーセットについても明らかにしてきた。
本研究ではこれらの研究から得られた知見と手法をさらに発展させ、クローン病腸管で優勢に増加するT細胞サブセットが誘導されるメカニズムについて明らかにすることを目的とする。これまでの研究で確立した方法を用いてクローン病患者の切除腸管病変部および大腸癌患者の非癌部（コントロール）の腸管粘膜固有層よりクローン病で優勢に増加するT細胞サブセットを単離し、シングルセルRNA-seq解析を施行した。クローン病で優勢に増加するT細胞は遺伝子発現パターンによってさらに複数のT細胞サブセットに分類され、それぞれのサブセットに特徴的な機能が示唆された。また、クローン病群において、コントロール群とは発現遺伝子の特徴が明瞭に異なるクローン病特異的サブセットを検出することができた。さらに、シングルセルATAC-seqを行い、クローン病特異的サブセットにおいて他のサブセットに比して有意に発現の高いモチーフを複数のバイオインフォマティクス解析手法を用いて絞り込みつつある段階である。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
解析手法の獲得と確立に時間を要するが、概ね計画通りに進行している。
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| Strategy for Future Research Activity |
クローン病患者の腸管粘膜固有層より単離したT細胞のシングルセルATAC-seq＋遺伝子発現解析を行い、上述の研究結果にエピゲノムの情報を組み合わせることによって、クローン病特異的T細胞サブセットの誘導因子を絞りこむ。
さらに本年度の研究成果により、クローン病特異的T細胞サブセットを規定する細胞表面マーカーセットが明らかになたことから、クローン病特異的細胞サブセットを単離し、そのサイトカイン分泌能や上皮細胞および他の免疫細胞との相互作用についてin vitroの実験にて検証する。これにより、クローン病特異的T細胞サブセットの機能と病態との関連を明らかにすることができる。さらに生検検体を用いて、クローン病特異的T細胞サブセットの割合と病態との相関関係を明らかにすることにより、診断のバイオマーカーとしての有用性を検証する。
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| Causes of Carryover |
実験至適条件の検討に予定よりも時間を要したため、本年度に行うことのできた解析の対象数が当初の予定数よりも少なく、未使用額が生じた。検体は順調に入手できている状況であり、今後も引き続き検体を解析するため未使用額はその経費に充てることとし、当初の計画を遂行する予定である。
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