2021 Fiscal Year Research-status Report
がん細胞のインターフェロンシグナルを制御する長鎖noncoding RNAの解析
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21K07945
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| Research Institution | Sapporo Medical University |
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Principal Investigator |
新沼 猛 札幌医科大学, 医学部, 講師 (60708113)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
鈴木 拓 札幌医科大学, 医学部, 教授 (20381254)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | long noncoding RNA / IFNシグナリング |
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| Outline of Annual Research Achievements |
消化器癌におけるDLEU1の機能解析を行うために大腸癌細胞株RKO、HCT116、DLD1、SW480を用いてDLEU1をノックダウンし細胞増殖に与える影響についてCCK-8を用いたcell viability assayを行った。大腸癌についてはいずれの細胞株においてもDLEU1のノックダウンは細胞増殖を抑制した。DLEU1のノックダウンがIFNシグナルに与える影響を調べるためにDLD1、SW480においてIFITM1、IFITM3の発現をRT-qPCRにて解析したところ、口腔扁平上皮癌と異なり、これらのISGｓは発現が不変～上昇傾向であった。HCT116においてはDLEU1のノックダウンによりIFITM1は発現低下、IFITM3は発現上昇、RKOにおいてはIFITM1は発現低下が認められた。DLD1、SW480ではIFITM1、IFITM3ともDLEU1のノックダウンにより発現が上昇傾向であった。さらに他の消化器癌においてDLEU1の機能を解析するために食道癌細胞株であるTE5、TE9、TE15を用いてDLEU1をノックダウンし、細胞増殖に与える影響についてcell viability assayを行った。異なるsiRNAを用いて解析したが、食道癌においてはDLEU1のノックダウンにより増殖の亢進、抑制いずれも起こり一定の傾向が認められなかった。ISGｓに与える影響についてもRT-qPCRによりIFITM3、IFITM1の発現も解析したが、発現の上昇・低下いずれも認められ一定の傾向を示さなかった。TE-5においてはIFITM1、IFITM3は発現が低下傾向であったが、TE-9においてはIFITM3は発現が上昇、TE-15はIFITM1の発現が低下傾向であった。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
3: Progress in research has been slightly delayed.
Reason
大腸癌においてはDLEU1のノックダウンにより口腔扁平上皮癌での解析と同様に、細胞増殖が抑制される結果であったが、IFNシグナルに与える影響は少ないと考えられた。食道癌にいおいてはDLEU1のノックダウンが細胞増殖に与える影響については口腔扁平上皮癌と異なると考えられ、IFNシグナルに与える影響にいても異なっていた。多くのlncRNAと同様にDLEU1も複数のバリアントが存在しており、構造の大きく異なるバリアントも存在することが分かっている。癌種によりどのバリアントが優位に作用しているのか、そのバリアント毎の機能を解析する必用があると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
siRNAを用いたノックダウン実験のみではバリアントを考慮した機能解析は困難である可能性があり、今後はプラスミドベクター、レンチウイルスベクターを用いた異なるバリアントの過剰発現系も用いて機能解析やIFNシグナルに与える影響について解析する。また、胃癌、膵癌、肝がん細胞株を用いた機能解析、IFNシグナルに与える影響についても解析を継続する。ISGｓに与える影響は口腔扁平上皮癌とは異なる可能性もあるが、その際でもDLEU1の他の作用メカニズムが存在するか、遺伝子発現やH3K4me3,H3K27acなどのヒストン修飾について解析することで検討する事とする。
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| Causes of Carryover |
本年は消化器癌細胞株のうち大腸癌、食道癌細胞株を用いて主にqRT-PCR法を用いてDLEU1がインターフェロンシグナルに与える影響を解析した。しかしながら、口腔扁平上皮癌とは異なり、大腸癌・食道癌においてはDLEU1がISGｓの発現に与える影響は少ないものと思われる。そのため遺伝子発現をマイクロアレイなどで、ヒストン修飾状態をChIP-sequencingにより網羅的に解析する予定であったが、研究の遅れによりこれらの解析が行えなかった。本年度は胃癌細胞株、膵癌細胞株、肝がん細胞株などを用いて解析を継続する予定としている。これらの細胞株においてもDLEU1がISGｓに与える影響が口腔扁平上皮癌とは異なる可能性も考えられるが、その際は他のメカニズムが存在するかについても検討する。次年度使用額については遺伝子発現マイクロアレイ解析費用、シークエンス解析費用、遺伝子発現解析試薬・細胞機能解析試薬類の購入を予定している。
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Research Products
(4 results)
