肝癌治療効果を予測するための肝癌内細菌かつ腸内細菌を用いたバイオマーカーの開発

2021 Fiscal Year Research-status Report

• Project/Area Number: 21K07979
• Research Institution: Kanazawa University
• Principal Investigator: 飯田 宗穂 金沢大学, 附属病院, 助教 (40705604)
• Project Period (FY): 2021-04-01 – 2024-03-31
• Keywords: 肝細胞癌

Outline of Annual Research Achievements

肝癌は癌による死因の中で第5位を占めており、肝癌を制御するための薬剤開発は年々進歩しているが、多種類の分子標的薬のうち、どのような特徴の肝癌にどの薬剤を用いるかを選択する判断材料となるバイオマーカーはほとんど明らかになっていない。治療薬選択のためのバイオマーカーの発見が求められている。
癌患者の癌組織の外科切除標本からDNAを抽出し、細菌に特異的な16SリボソームDNAを増幅したところ複数の菌種が見つかったことが報告され、癌組織の内部の細菌が抗癌剤の治療効果や癌患者の予後と相関しており、バイオマーカーの候補となりうることが報告された。しかし、肝癌内の細菌の存在について詳しく調べた報告が少なく、治療効果との関連は分かっていない。肝癌組織内にはどのような細菌が検出されるのか、その細菌が抗癌治療の効果や予後とどう相関するかを調べ、肝癌内細菌と同一患者の腸内・口腔内細菌との関連も検討し、非侵襲的な便、唾液の細菌検出から肝癌内細菌を予測できるかを検討する。
本年度においては34例の肝癌患者から、癌組織、便、唾液の3種の検体を収集した。便検体につき、イルミナ社のMiseqのMiseqを用いて全ゲノムショットガンシーケンシングを行った。平均1,623,405リードのシーケンスが１検体あたり得られ、細菌叢の同定を行った。唾液からDNA抽出を行い品質の確認を実行した。また患者の臨床情報について整理を行った。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度においては34例の肝癌患者から、癌組織、便、唾液の3種の検体を収集した。便検体につき、イルミナ社のMiseqのMiseqを用いて全ゲノムショットガンシーケンシングを行った。平均1,623,405リードのシーケンスが１検体あたり得られ、細菌叢の同定を行った。

Strategy for Future Research Activity

さらに肝癌患者からの組織、便、唾液の3種の検体の収集を継続する。現時点で集まっている唾液検体からのDNA抽出と全ゲノムショットガンシーケンシングを実行する。また癌組織からのDNA抽出を行い、16SrDNA増幅シーケンシングに備えて保存を行う。

Causes of Carryover

本年度においては検体の収集と臨床情報の収集を主に実施したため未使用額が生じた。これら収集した検体を用いたシーケンシングは次年度に集中して行うことを予定している。そのため次年度にはこれら使用額を用いて複数回のシーケンシングを行う計画である。