2022 Fiscal Year Research-status Report
Highly Sensitive Detection for HBV Driver Mutations and Construction of a PRS Model
| Project/Area Number |
21K07997
|
|---|
| Research Institution | National Center for Global Health and Medicine |
|---|
Principal Investigator |
西田 奈央 国立研究開発法人国立国際医療研究センター, 肝炎・免疫研究センター, 客員研究員 (50456109)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)
吉住 朋晴 九州大学, 医学研究院, 教授 (80363373)
|
|---|
| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
|
| Keywords | 次世代シークエンサー / hepatocellular carcinoma / hepatitis B virus / B型肝炎 |
|---|
| Outline of Annual Research Achievements |
研究協力施設である東京大学、九州大学、久留米大学において収集された182症例のB型肝炎を背景とする肝がん患者由来の肝細胞がん組織（がん部、非がん部）を対象として、カスタムキャプチャーパネルを用いたディープシークエンス（SureSelect解析）を実施した。さらに開発済であるがんゲノム解析パイプラインを使用して、SNV、InDel、SV（構造多型）、HBV-DNA挿入の検出を行った。R4年度中に、さらに56症例のB型肝炎を背景とする肝細胞がん組織試料を研究協力施設から収集した。
令和3年度にカスタムキャプチャーパネルによるディープシークエンスが完了していた95症例について、核酸アナログによる治療歴や再発の有無といった詳細な臨床情報を収集し、キュレーションを実施した。さらにWGSデータからHLA遺伝子型を決定し、がんゲノム解析パイプラインを用いてHBV-DNA挿入の総数やウイルス変異の有無などを明らかにしてリストにまとめた。HBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値が存在し、特定のウイルス変異がHBV-DNA挿入数に影響を与えることを明らかにした。
また、カスタムキャプチャーシークエンスによる高感度検出系の精度評価を目的として、肝細胞がん組織のがん部と非がん部から抽出したDNAを混合することで、低頻度に存在する変異を疑似的に作成し、カスタムキャプチャーシークエンスを実施した。来年度は、低頻度に存在する変異を精度高く検出するために、がんゲノム解析パイプラインの最適なパラメータ選択を行う予定である。
|
| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
研究開発期間中に200症例の肝がん患者由来の肝細胞がん組織試料を対象としたゲノム解析を実施する計画であるが、令和3年度と令和4年度で182症例のがんゲノム解析を実施できたことからおおむね順調に進展していると判断をした。カスタムキャプチャーシークエンスの結果から、HBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値やウイルス変異を明らかにできたことは特筆すべき成果といえる（論文報告の準備中）。
もう一つの目標であるカスタムキャプチャーシークエンスによる高感度検出系の精度評価についても、ライブラリ調整が完了しており、令和5年度中にがんゲノムパイプラインの改良が完了する目途が立っている。
|
| Strategy for Future Research Activity |
【肝がんドライバー変異の同定】
95症例の肝がん患者由来の肝がん組織試料のカスタムキャプチャーシークエンスから得られた変異（SNV、InDel、SV、HBV integration）に対して、SIFTやPolyPhenといったソフトを使用してミスセンス変異の注釈付けを最初に行い、各遺伝子が有する変異の質と量を考慮したburden testによってドライバー遺伝子を同定する。特にHBV-DNA挿入数に影響を与える臨床検査値やウイルス変異を有する症例を対象として、ドライバー変異の同定を進める。
【高感度検出系の精度評価】
がん関連変異を高感度に検出するために、既存のがんゲノム解析パイプラインの改良を進める。
|
| Causes of Carryover |
試薬がキャンペーン中で計画より安価に購入することができたために、次年度使用額が生じた。多くの試薬は値上げが予定されていることから、翌年度分として請求した助成金と合わせて使用する予定である。
|
-
[Journal Article] Prediction Model with HLA-A*33:03 Reveals Number of Days to Develop Liver Cancer from Blood Test2023
Author(s)
Nishida N, Ohashi J, Suda G, Chiyoda T, Tamaki N, Tomiyama T, Ogasawara S, Sugiyama M, Kawai Y, Khor SS, Nagasaki M, Fujimoto A, Tsuchiura T, Ishikawa M, Matsuda K, Yano H, Yoshizumi T, Izumi N, Hasegawa K, Sakamoto N, Mizokami M, Tokunaga K.
-
Journal Title
Int J Mol Sci
Volume: 24
Pages: 4761
DOI
Peer Reviewed / Open Access
-
-
[Journal Article] Genome-Wide Association Study for Chronic Hepatitis B Infection in the Thai Population2022
Author(s)
Ashouri S, Khor SS, Hitomi Y, Sawai H, Nishida N, Sugiyama M, Kawai Y, Posuwan N, Tangkijvanich P, Komolmit P, Tsuiji M, Shotelersuk V, Poovorawan Y, Mizokami M, Tokunaga K.
-
Journal Title
Front Genet
Volume: 13
Pages: 887121
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
-
-
-
-
-
