2023 Fiscal Year Annual Research Report
Highly Sensitive Detection for HBV Driver Mutations and Construction of a PRS Model
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21K07997
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
西田 奈央 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 准教授 (50456109)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大橋 順 東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 教授 (80301141)
吉住 朋晴 九州大学, 医学研究院, 教授 (80363373)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | ターゲットキャプチャーシークエンス / hepatocellular carcinoma / hepatitis B virus |
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| Outline of Annual Research Achievements |
ターゲットキャプチャーシークエンスによりホストやウイルスの変異を高感度に検出する実験プロトコルおよび解析パイプラインを構築した。肝がん組織からQualityの高いDNAおよびRNAを抽出するための凍結組織試料の作成方法を確立し、研究期間中に200症例を超える肝がん患者の肝がん組織を収集した。また、がんの変異検出を目的とした解析パイプラインの感度と特異度を評価し、適切なパラメータを決定した。
200症例を超える肝がん組織由来DNAを対象としてターゲットキャプチャーシークエンスを実施し、がん変異を検出する解析パイプラインのデバック作業を進め、がん変異解析を実施した。これまでのWGS研究ではHBVのTERT遺伝子への挿入は15.9%のサンプルで検出されたという報告があったが、この研究では46.2%のサンプルで検出されることを明らかとした。
さらに本研究では、従来の解析では見逃されている低頻度変異を検出することを目的として、解析パイプラインの改良を行った。同一の症例由来のがん部DNAと非がん部DNAを混合比を変えて希釈することで低頻度の変異を有する肝がん組織サンプルを人工的に作成した。これらのサンプルを対象としたターゲットキャプチャーシークエンスデータを用いて、低頻度の体細胞変異の検出に適したパラメータを有する解析パイプラインへの改良を行った。200症例を超える肝がん患者のがん組織のターゲットキャプチャーシークエンスデータを用いて、低頻度変異と通常の解析で検出される変異の比較を現在実施中である。
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[Journal Article] Prediction Model with HLA-A*33:03 Reveals Number of Days to Develop Liver Cancer from Blood Test2023
Author(s)
Nishida N, Ohashi J, Suda G, Chiyoda T, Tamaki N, Tomiyama T, Ogasawara S, Sugiyama M, Kawai Y, Khor SS, Nagasaki M, Fujimoto A, Tsuchiura T, Ishikawa M, Matsuda K, Yano H, Yoshizumi T, Izumi N, Hasegawa K, Sakamoto N, Mizokami M, Tokunaga K.
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Journal Title
Int J Mol Sci
Volume: 24
Pages: 4761
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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