2021 Fiscal Year Research-status Report

Comprehensive analysis of genetic mutations and fusions in Japanese melanoma

Research Project

Project/Area Number	21K08304
Research Institution	Sapporo Medical University
Principal Investigator	肥田時征札幌医科大学, 医学部, 講師 (90464487)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	井戸川雅史札幌医科大学, 医学部, 准教授 (00404749)
Project Period (FY)	2021-04-01 – 2025-03-31
Keywords	メラノーマ / 遺伝子 / ドライバー変異 / 融合遺伝子
Outline of Annual Research Achievements	カスタムパネルシーケンスによる変異解析については、これまで6回のシーケンスランを行い、全41例（皮膚型15例、末端型22例、粘膜型4例）の結果を得た。このほか、登録済でまだ解析できていない症例が30例ある。この中には多施設共同研究により主施設外から得られた症例検体も含まれる。解析完了した41例の中間結果によると、皮膚型には海外で報告されているようにBRAF変異型が多いことが確認された。一方、末端型や粘膜型には皮膚型にない変異が多く検出された。コピー数解析でも、末端型と粘膜型ではがん遺伝子の増幅の頻度が高かった。ドライバー変異が検出されなかったのは皮膚型3例、末端型4例、粘膜型1例であった。これらの症例にはRNAシーケンスを行い、融合遺伝子の検出を試みた。1例からSPRED1-DYNC1融合遺伝子が検出されたが、キナーゼドメインを活性化するような融合遺伝子は検出されなかった。これらの中間結果について、2021年日本皮膚科学会総会、2021年日本色素細胞学会で発表した。
Current Status of Research Progress	Current Status of Research Progress 2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned. Reason 当初60例の解析を予定していたが、現時点で71例が登録でき、十分な症例数を確保できている。パネルシーケンスは全例解析できていないものの、2022年度の上半期には解析を終えられる予定である。融合遺伝子は当初予想していたほど検出できていない。RNAシーケンスの手技を変更する必要がある。
Strategy for Future Research Activity	引き続き症例収集を行い、最終的に80例の解析を目指して、パネルシーケンスを進める。変異の検出できない症例については、RNAベースの新規カスタムパネルを作成し、融合遺伝子の検出を進める。本年度中に論文発表を目指す。
Causes of Carryover	令和3年度内に購入が間に合わなかった試薬を令和4年4月に購入し、令和3年度の予算はほぼ消化した。令和4年度にはひきつづきシーケンス解析を行うため、当初予定の助成金が必要である。