2021 Fiscal Year Research-status Report
Molecular basis of MDS pathogenesis and construction of novel MDS prognostic model
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21K08366
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
大島 基彦 東京大学, 医科学研究所, 助教 (70506287)
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2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | MDS / 骨髄異形成症候群 / ATAC-seq |
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| Outline of Annual Research Achievements |
MDS 病態の包括的な分子基盤を明らかにし、新規の予後予測システムを構築することを目的として、これまでの準備段階で得られていたデータに新規検体を加えて、 MDS/AML 及び ICUS 検体の幹細胞及び前駆細胞を用いた、RNA-seq, ATAC-seq 及び TDS の解析を行った。MDS 検体と正常検体のATAC-seq の比較により、変動領域（DARs）を同定した。これらの中には AML/MRC や ICUS と共通するものがある一方で、MDS に固有の変動領域も多く見られた。更に、MDS 幹細胞、及び前駆細胞それぞれにおいて変動する、複数の転写因子結合モチーフを見出した。特に MDS 幹細胞において変動が見られる転写因子結合モチーフの多くは、正常幹細胞から前駆細胞への分化において変動するモチーフと共通することが示された。一方で、遺伝子発現変動においてはそのような傾向は認められなかった。また MDS における多くの変動ピークの近傍にある遺伝子の発現はピークの変化と相関しておらず、 ATAC-seq に固有の変化が多く見られることが明らかになった。また機械学習により、ATAC-seq および、 RNA-seq プロファイルを用いた、既存の MDS 予後予測システム IPSS-R スコア、及び関連する臨床情報の予測を行い、予測において高い寄与率を示した複数の ATAC 領域、及び遺伝子を同定した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
一部予定と異なる点もあるが、新規性の高いデータが多く得られており、おおむね順調に進展している。
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| Strategy for Future Research Activity |
ATAC-seq と RNA-seq の詳細な比較と、TDS 解析による遺伝子変異との関連について更に詳細な検証を行う。また、MDS 細胞株を用いた変動因子の機能解析を計画しており、一部においては結果が得られている。
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Research Products
(5 results)
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[Journal Article] DHODH inhibition synergizes with DNA-demethylating agents in the treatment of myelodysplastic syndromes2021
Author(s)
Kayamori K, Nagai Y, Zhong C, Kaito S, Shinoda D, Koide S, Kuribayashi W, Oshima M, Nakajima-Takagi Y, Yamashita M, Mimura N, Becker HJ, Izawa K, Yamazaki S, Iwano S, Miyawaki A, Ito R, Tohyama K, Lennox W, Sheedy J, Weetall M, Sakaida E, Yokote K, Iwama A.
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Journal Title
Blood Advances
Volume: 5
Pages: 438～450
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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