2023 Fiscal Year Annual Research Report
Significance of genomic diversity of NOX2 complex in onset and pathogenesis of systemic lupus erythematosus
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21K08470
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
川崎 綾 筑波大学, 医学医療系, 助教 (30532816)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
河野 肇 帝京大学, 医学部, 教授 (60585074)
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| Project Period (FY) |
2021-04-01 – 2024-03-31
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| Keywords | NCF1 / NCF2 / 全身性エリテマトーデス / 疾患感受性遺伝子 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
活性酸素の産生に関わるNOX2複合体の構成遺伝子であるNCF1は全身性エリテマトーデス(SLE)の疾患感受性に寄与しており、ミスセンスバリアント(p.Arg90His)において非常に強い関連が認められている。NCF1には塩基配列の大部分が一致している偽遺伝子(NCF1B, NCF1C)が存在するため、NCF1領域のゲノム解析は非常に困難であり、NCF1遺伝子の正確なバリアント情報は入手困難である。本研究では、NCF1領域を特異的PCRにより増幅後、PacBio社Sequel IIeシステムによりロングリードシークエンス解析を行い、NCF1遺伝子の配列情報、および、バリアント情報の取得を行った。本年度はSLE群52例と健常対照群48例のシークエンス解析を実施し121個のバリアントを検出した。そのうち5個は新規のバリアントであった。さらにSLE群と健常対照群で関連解析を行ったところ、p.Arg90Hisの関連を確認するとともに、3個のバリアントで関連傾向(P<0.05)を検出した。
NCF1と同様にNOX2複合体を構成するNCF2についてもSLEとの関連研究を行った。NCF2のミスセンスバリアントのうち、マイナーアリル頻度が1%以上のバリアントについてSLE群456例と健常対照群 約54000例（日本人多層オミックス参照パネル jMorpのデータを使用）間でアリル頻度の比較を行った。統計解析の結果、p.Arg395Trpにおいて有意関連が検出された。p.Arg395Trpは東アジア系集団を対象とした大規模ゲノム解析により関連が報告されており、本研究によりp.Arg395TrpとSLEの関連が確認された。
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